PDB-5v7r: Cyrstal structure of anti-Tau antibody CBTAU-7.1 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v7r

タイトル

Cyrstal structure of anti-Tau antibody CBTAU-7.1 Fab

要素

CBTAU-7.1 Fab heavy chain
CBTAU-7.1 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / tau protein / alzheimer's disease

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhu, X. / Zhang, H. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Acta Neuropathol. / 年: 2017
タイトル: Immunological memory to hyperphosphorylated tau in asymptomatic individuals.
著者: Pascual, G. / Wadia, J.S. / Zhu, X. / Keogh, E. / Kukrer, B. / van Ameijde, J. / Inganas, H. / Siregar, B. / Perdok, G. / Diefenbach, O. / Nahar, T. / Sprengers, I. / Koldijk, M.H. / der ...

履歴

登録	2017年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v7r.cif.gz	186.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v7r.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v7r_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v7r_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	5v7r_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	5v7r_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v7uC 3fn0S 3qegS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mx3-1 3qnx-d 1vpo-d 5lgh-d 4kvc-d 6cjk-2 4odu-1 1ucb-d 6dwi-4 2gk0-2 5ezl-2 2ak1-d 6arp-1 2eh7-d 5bk5-4 7lsi-1 3qnz-d 7k8p-d 6mef-d 6y1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: CBTAU-7.1 Fab light chain

H: CBTAU-7.1 Fab heavy chain

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.903, 83.903, 109.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: 抗体	CBTAU-7.1 Fab light chain 分子量: 23588.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CBTAU-7.1 Fab heavy chain 分子量: 24452.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.171 Å / Num. obs: 33665 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.03 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 52.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC_1/2: 0.821 / R_pim(I) all: 0.34 / R_sym value: 0.79 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QEG, 3FN0

3qeg

3fn0

解像度: 2.3→39.171 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	1704	5.07 %
R_work	0.1713	-	-
obs	0.174	33608	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.171 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	0	87	3396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.232	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.381	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3677	0.3625	128	0.2797	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3677-2.4441	0.3015	160	0.2566	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.5314	0.2841	143	0.2446	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5314-2.6328	0.3094	126	0.2451	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.7526	0.3091	141	0.2502	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7526-2.8976	0.2731	142	0.2226	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-3.0791	0.258	147	0.2257	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0791-3.3167	0.2408	141	0.2101	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3167-3.6503	0.2728	150	0.197	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6503-4.178	0.2224	140	0.1641	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.178-5.2618	0.1521	145	0.1115	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2618-39.177	0.1828	141	0.123	2677	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5504	-1.554	1.8952	4.2737	-0.3064	3.4391	0.2793	0.7463	-0.928	0.0696	0.1514	0.2011	0.4806	0.1978	-0.3633	0.4379	-0.105	-0.0153	0.8124	-0.2237	0.5276	13.7301	-40.7193	-11.8193
2	7.6275	-2.2279	2.2287	3.6944	0.0743	3.1192	-0.1197	1.6591	-0.0968	-0.597	0.121	-0.2196	-0.1166	0.7138	-0.0303	0.6007	-0.131	-0.0545	1.0962	0.0064	0.5118	11.4637	-31.1931	-19.0056
3	2.5316	-1.958	2.1806	4.5228	0.08	3.1366	0.0816	1.5306	-0.3005	-0.332	-0.1407	-0.2908	0.2085	0.646	-0.2666	0.5845	-0.0851	0.0177	1.3964	-0.1733	0.5726	20.8011	-37.1052	-17.4333
4	7.5676	-2.0232	2.4556	3.139	0.0104	2.3731	-0.5445	1.4219	0.0281	-0.1347	0.6391	0.6043	0.1756	0.2486	-0.016	0.454	-0.1562	-0.0491	0.8178	0.108	0.5696	6.3047	-30.63	-11.4699
5	8.5509	-1.8314	3.0768	0.3075	-0.6981	1.1467	0.3552	1.0525	-0.9424	0.0824	-0.232	0.0933	0.2797	-0.2315	0.1917	0.4613	-0.0517	0.0036	0.6886	-0.1773	0.5025	30.507	-39.4104	-6.2011
6	4.2585	-1.3692	-0.881	2.2982	-0.5564	4.8076	-0.0991	-0.2799	0.2937	0.2336	-0.098	-0.1634	-0.5919	-0.2374	0.2123	0.4809	-0.0479	-0.034	0.3695	-0.0628	0.3472	37.0804	-29.6966	12.8584
7	3.6096	-1.863	0.4481	3.2472	-2.6226	5.8132	-0.4411	-0.5861	0.0212	0.5242	0.1824	0.0759	-0.658	-0.4488	0.1617	0.5028	-0.0401	0.0348	0.4579	-0.0577	0.4107	32.5252	-34.8289	19.0012
8	4.8584	-0.1844	-0.1852	3.4596	0.7331	5.9215	-0.1258	-0.0069	0.2892	0.0098	-0.1943	-0.1166	-1.039	-0.3878	0.1761	0.4834	-0.0235	-0.0368	0.3024	-0.0537	0.3912	33.8183	-29.2635	10.5216
9	4.7336	-0.751	-0.4109	4.0752	1.0355	8.8244	0.0814	-0.2983	0.0878	0.9038	-0.2357	-0.342	0.5142	0.6913	0.209	0.4654	-0.0448	-0.0573	0.4045	-0.0042	0.4553	43.401	-35.7184	15.8633
10	4.8873	0.6385	1.0109	3.7455	1.784	3.4575	-0.6415	0.7406	1.7949	-0.3616	0.2185	0.8926	-0.521	0.191	0.3373	0.5071	-0.1233	-0.1934	0.6795	0.1786	1.1865	5.6762	-14.974	-7.1131
11	8.7421	1.273	0.0824	2.2337	0.7333	3.8238	0.0991	-0.6338	0.6531	-0.0096	-0.0928	-0.0838	-0.1883	0.0859	0.1751	0.7248	-0.0267	-0.0584	0.3978	-0.1278	0.5459	35.1593	-19.6269	11.2829
12	6.5823	-0.4999	-0.6523	2.5398	1.4613	3.7239	0.0181	0.1719	0.9591	-0.14	-0.1993	0.0166	-0.6582	-0.1697	0.0906	0.67	0.0445	-0.0503	0.319	-0.0251	0.5287	34.3599	-16.571	5.9678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 26 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 70 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 84 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 102 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 114 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 151 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 164 through 188 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 189 through 214 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 1 through 111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 112 through 147 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 148 through 229 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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