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- PDB-5v7n: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7n
タイトルCrystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in complex with NADP and 2-Keto-D-gluconic acid
要素NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / NADP / NYSGRC / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto-D-gluconic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Miks, C.D. / Kutner, J. / Matelska, D. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117080 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HG008424 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_ec
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / Structure summary / カテゴリ: atom_site / chem_comp
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,28535
ポリマ－137,4344
非ポリマー4,85131
水24,2481346
1
A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,27019
ポリマ－68,7172
非ポリマー2,55317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
2
C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,01616
ポリマ－68,7172
非ポリマー2,29914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.902, 175.902, 135.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-811-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA3 - 3194 - 320
21ALAALABB3 - 3194 - 320
12ALAALAAA3 - 3194 - 320
22ALAALACC3 - 3194 - 320
13ALAALAAA3 - 3194 - 320
23ALAALADD3 - 3194 - 320
14ILEILEBB3 - 3204 - 321
24ILEILECC3 - 3204 - 321
15ILEILEBB3 - 3204 - 321
25ILEILEDD3 - 3204 - 321
16ILEILECC3 - 3204 - 321
26ILEILEDD3 - 3204 - 321

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / 2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 34358.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMc04462 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92LZ4, hydroxypyruvate reductase
#3: 糖
ChemComp-8YV / 2-keto-D-gluconic acid / (3S,4R,5R)-3,4,5,6-tetrahydroxy-2-oxohexanoic acid / D-fructosonic acid / 2-ケト-D-グルコン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7

-
非ポリマー , 8種, 1373分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.2 uL 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADP, 100 mM 2-keto-D-gluconic acid hemicalcium salt + 0.2 uL TOP96 ...詳細: 0.2 uL 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADP, 100 mM 2-keto-D-gluconic acid hemicalcium salt + 0.2 uL TOP96 condition #24 (0.2 M magnesium formate, pH 5.9, 20% w/v PEG3350), equilibrated against 1.5 M sodium chloride in a 96-well, 3-drop crystallization plate (Swissci), incubated with 1/20 v/v 1 mg/mL rTEV at 289 K for 3 hours prior to crystallization

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月11日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.247
11K, H, -L20.753
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 156897 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.113 / Χ2: 2.082 / Net I/av σ(I): 19.8 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
1.75-1.784.90.8781.8787678760.6070.4470.9870.8780.846100
1.78-1.814.90.7520.6870.3810.8440.915100
1.81-1.8550.640.7530.3230.7180.975100
1.85-1.8950.5210.8180.2630.5841.115100
1.89-1.934.90.4770.8490.2420.5351.462100
1.93-1.9750.3720.8990.1870.4171.428100
1.97-2.0250.3140.9150.1570.3511.508100
2.02-2.0750.2860.9370.1440.3211.85499.9
2.07-2.145.10.2370.9520.1180.2651.98100
2.14-2.25.10.2040.9640.1020.2282.307100
2.2-2.2850.2160.9550.1090.2422.65799.9
2.28-2.385.10.1720.9760.0870.1932.344100
2.38-2.4850.1570.9770.0790.1762.55199.9
2.48-2.6150.1430.9810.0730.1612.81799.9
2.61-2.784.90.130.9780.0670.1462.77899.7
2.78-2.994.80.1150.9830.060.132.96199.6
2.99-3.294.60.1020.9860.0550.1163.08599.1
3.29-3.774.40.0910.9880.050.1043.16998.2
3.77-4.754.20.0810.990.0450.0932.97197.4
4.75-504.30.0730.990.0410.0842.49497.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5J23

5j23


解像度: 1.75→45.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.017 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1666 7836 5 %RANDOM
Rwork0.1439 ---
obs0.1451 148739 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.6 Å2 / Biso mean: 32.918 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9468 0 301 1350 11119
Biso mean--32.7 41.28 -
残基数----1273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5022.00513665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.999322219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78651283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50622.371367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1151512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.03915100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022016
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A198780.05
12B198780.05
21A198980.05
22C198980.05
31A201540.03
32D201540.03
41B199360.03
42C199360.03
51B198240.05
52D198240.05
61C199280.05
62D199280.05
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 652 -
Rwork0.178 10855 -
all-11507 -
obs--98.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1342-0.33291.31351.4935-0.21372.4795-0.00030.05680.0838-0.01170.0183-0.1132-0.04420.1207-0.0180.0625-0.01260.05150.0720.00120.118370.27881.99820.854
224.1058-5.6129-1.34996.5940.95653.58-0.0966-0.66760.13850.56060.0176-0.21890.11760.24930.07910.2127-0.0547-0.00770.1381-0.01390.203474.49690.2730.347
30.2477-0.1897-0.04041.61040.49480.30560.0285-0.01060.01850.1259-0.00880.030.0349-0.0197-0.01980.0503-0.00760.01890.0724-0.00440.090862.84757.69521.977
43.1854-0.0901-1.06516.98761.93354.42280.02280.18080.0769-0.0487-0.10820.7733-0.1143-0.59930.08540.1603-0.0130.06820.23940.00650.212846.6251.38932.282
50.50380.0866-0.15622.0169-0.19160.95020.0083-0.1475-0.05040.3870.0103-0.16310.11610.0545-0.01860.1352-0.0031-0.01570.0689-0.01750.122566.13450.8128.761
61.659-0.3293-1.07682.23820.74072.44180.08880.01230.1699-0.0088-0.04580.1576-0.1879-0.1062-0.04290.0509-0.00120.03460.0478-0.0140.133654.84781.60625.809
72.75760.4120.67914.72952.87954.2190.0378-0.0792-0.23490.0897-0.0144-0.29170.09640.2163-0.02350.08290.0339-0.04610.11760.02030.173664.99514.2043.121
84.46651.1539-1.10913.5597-0.4313.8580.0118-0.0434-0.13370.0037-0.05-0.1730.09360.1570.03820.0940.0169-0.0570.09050.02440.134264.72214.2296.977
90.2880.22790.13631.51110.4350.45580.03740.0309-0.0478-0.1250.0111-0.0845-0.00060.0142-0.04840.0467-0.0043-0.0070.06620.00050.107662.92735.5842.121
101.0030.06951.07260.57880.44453.97650.0391-0.05180.0173-0.1089-0.0760.2713-0.0826-0.51290.03690.13970.0219-0.05710.1742-0.01870.309846.5148.228-1.254
110.53160.13950.12451.6279-0.08820.78840.02770.13120.0465-0.2713-0.0053-0.0823-0.08960.0824-0.02250.0898-0.0060.0050.0865-0.01820.103463.92343.776-2.713
121.6077-0.27181.04941.4497-0.30853.12590.0638-0.0492-0.2122-0.0467-0.05720.22870.2479-0.1859-0.00670.0755-0.0161-0.03820.0849-0.01860.1548.72315.064-2.29
133.9071-1.86862.46846.4468-2.79614.7174-0.0572-0.15590.19380.18430.05750.2142-0.1731-0.3142-0.00040.0987-0.03450.04120.15230.03370.1716-18.94338.34531.655
141.7342-0.0251-0.06351.8764-0.24771.79840.03180.1961-0.0686-0.0313-0.00960.29580.1721-0.3111-0.02220.1117-0.0342-0.00650.16990.07390.231-18.01538.16324.509
151.221-1.36380.52582.0108-0.94990.59920.04890.1249-0.0123-0.0178-0.00350.06040.02440.0107-0.04540.1076-0.0111-0.02520.10330.02090.1493.9326.3632.843
161.1098-0.73820.1691.1629-0.46650.940.05470.26070.2196-0.0539-0.0797-0.1493-0.11740.11030.02510.1287-0.0359-0.0130.16910.04820.198515.9828.89526.452
171.3548-0.69720.11331.0175-0.19980.48670.08940.2792-0.0805-0.0987-0.0611-0.01490.1030.0265-0.02820.1289-0.029-0.02820.14520.03110.14162.66825.49825.718
182.9043-0.49020.5442.6301-1.94423.7926-0.0470.11240.2550.1186-0.04120.0554-0.2035-0.20360.08830.1189-0.01590.00110.14490.07170.1903-9.62851.98422.089
194.8059-0.5392-0.85381.32970.02972.37580.00610.06-0.2313-0.01960.0859-0.02480.23780.0559-0.09210.19990.0058-0.05160.076-0.05990.208437.8572.14344.463
205.32072.9305-2.70512.6818-0.40062.5515-0.1532-0.0738-0.46060.0983-0.0277-0.25430.2894-0.04240.18090.32130.0141-0.0710.15340.02230.309834.372-6.51654.749
211.7829-0.4470.52590.3487-0.17610.3912-0.0489-0.09-0.05330.09480.0914-0.01340.0169-0.0256-0.04240.1565-0.0047-0.04470.0648-0.01360.14819.0316.69248.748
221.27690.10941.37281.2115-1.25955.4427-0.2519-0.07620.46790.23310.0149-0.1767-0.61410.27980.23710.3290.0304-0.15480.1749-0.11230.484720.15635.14352.324
231.1472-0.50760.04521.38870.00980.6992-0.2047-0.46490.10360.34520.17950.0278-0.1471-0.13760.02510.22940.0783-0.03560.2183-0.03560.171310.53923.24559.089
242.6079-0.31720.8510.63630.03310.9883-0.0528-0.1115-0.11010.11840.1037-0.01550.0108-0.0108-0.05080.15080.0183-0.04430.0293-0.01870.149128.32612.57250.299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3A44 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4A168 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5A187 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6A290 - 320
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 13
8X-RAY DIFFRACTION8B14 - 31
9X-RAY DIFFRACTION9B32 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10B159 - 187
11X-RAY DIFFRACTION11B188 - 296
12X-RAY DIFFRACTION12B297 - 320
13X-RAY DIFFRACTION13C3 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14C16 - 80
15X-RAY DIFFRACTION15C81 - 126
16X-RAY DIFFRACTION16C127 - 213
17X-RAY DIFFRACTION17C214 - 303
18X-RAY DIFFRACTION18C304 - 320
19X-RAY DIFFRACTION19D3 - 25
20X-RAY DIFFRACTION20D26 - 43
21X-RAY DIFFRACTION21D44 - 158
22X-RAY DIFFRACTION22D159 - 182
23X-RAY DIFFRACTION23D183 - 256
24X-RAY DIFFRACTION24D257 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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