PDB-5v72: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v72

タイトル

Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in complex with citrate

要素

NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / NADP / NYSGRC / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Cooper, D.R. / Matelska, D. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094662	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117080	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	HG008424	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.

履歴

登録	2017年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_ec
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5v72.ent.gz	409 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5v72_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v72_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	5v72_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	5v72_validation.cif.gz	83.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4weqC 4z0pC 5j23C 5unnC 5uogSC 5v6qC 5v7gC 5v7nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v6q-2 5j23-2 5uog-2 4xkj-d 2ekl-1 5v7n-1 4prk-d 6v89-1 5j23-1 3wnv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012132 TargetTrack: 012132

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.188, 157.926, 64.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	3 - 316	3 - 316
2	1	ARG	ARG	B	B	3 - 316	3 - 316
1	2	GLN	GLN	A	A	3 - 321	3 - 321
2	2	GLN	GLN	C	C	3 - 321	3 - 321
1	3	ARG	ARG	A	A	3 - 318	3 - 318
2	3	ARG	ARG	D	D	3 - 318	3 - 318
1	4	ARG	ARG	B	B	3 - 316	3 - 316
2	4	ARG	ARG	C	C	3 - 316	3 - 316
1	5	ARG	ARG	B	B	3 - 317	3 - 317
2	5	ARG	ARG	D	D	3 - 317	3 - 317
1	6	ALA	ALA	C	C	3 - 319	3 - 319
2	6	ALA	ALA	D	D	3 - 319	3 - 319

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase 分子量: 34271.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: His-tag-labelled protein was subjected to limited proteolysis by chymotrypsin immediately prior to crystallization. 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: SMc04462 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q92LZ4, hydroxypyruvate reductase

#1: タンパク質

NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

分子量: 34271.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: His-tag-labelled protein was subjected to limited proteolysis by chymotrypsin immediately prior to crystallization.
由来: (組換発現)

Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMc04462 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q92LZ4, hydroxypyruvate reductase

-
非ポリマー , 5種, 1162分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 uL of 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG Suite II condition #9 (0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% ...詳細: 0.2 uL of 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG Suite II condition #9 (0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG6000), equilibrated against 1.5 M sodium chloride in a 96-well 3-drop crystallization plate (Swissci), incubated with 1/50 v/v 2 mg/mL chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours prior to crystallization

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 uL of 13 mg/mL protein in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 0.1% sodium azide, 0.5 mM TCEP + 0.2 uL MCSG Suite II condition #9 (0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 68211 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.115 / R_sym value: 0.096 / Χ²: 1.096 / Net I/av σ(I): 12.5 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.2	0.431	2.3	3445	0.834	0.279	0.515	0.431	0.813	99.1
2.14-2.18	3.2	0.384	2.6		0.85	0.25	0.46	0.384	0.823	99.9
5.7-50	3.1	0.061			0.989	0.04	0.073	0.061	1.563	89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5UOG

5uog

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 10.266 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.177
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	3350	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1642	-	-	-
obs	0.1662	64518	98.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.14 Å² / B_iso mean: 35.344 Å² / B_iso min: 14.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	-0 Å²	-1.07 Å²
2-	-	2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9315	0	28	1151	10494
B_iso mean	-	-	38.11	39.86	-
残基数	-	-	-	-	1264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	9542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.982	13016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	21288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.904	5	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.347	22.638	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.873	15	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.175	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1889

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18260	0.07
1	2	B	18260	0.07
2	1	A	18710	0.08
2	2	C	18710	0.08
3	1	A	18370	0.07
3	2	D	18370	0.07
4	1	B	18626	0.05
4	2	C	18626	0.05
5	1	B	18540	0.05
5	2	D	18540	0.05
6	1	C	18802	0.06
6	2	D	18802	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	262	-
R_work	0.25	4825	-
all	-	5087	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7699	-0.4129	0.9976	1.622	-0.0694	1.9184	-0.0443	-0.1669	0.0565	0.1273	0.0426	-0.0063	-0.0834	-0.1136	0.0017	0.1992	0.0367	-0.0253	0.0699	0.0084	0.0826	30.575	80.003	89.12
2	0.0392	0.0334	0.1636	0.2849	-0.0603	0.9096	-0.0042	0.0093	-0.0037	-0.0108	0.013	-0.0175	-0.033	0.1047	-0.0088	0.175	0.027	-0.0185	0.0882	0.0045	0.0841	35.241	83.676	56.842
3	5.4681	-1.4524	2.1108	3.6929	0.7337	6.2303	-0.0373	-0.1641	-0.1669	0.2283	0.0546	-0.4398	0.4753	0.3456	-0.0172	0.1628	0.0433	-0.0181	0.2409	-0.0157	0.1649	52.644	80.627	56.648
4	7.3428	-1.9635	4.9411	5.6995	3.0019	19.1419	0.0106	-0.249	0.2613	0.2286	0.0952	-0.3604	0.1059	0.0601	-0.1059	0.1804	-0.0138	-0.0368	0.1734	0.003	0.2106	50.198	93.775	58.188
5	2.4159	0.0318	-0.3505	1.4849	0.2197	2.9392	0.0617	-0.1616	0.3394	0.1628	0.0156	-0.0974	-0.2757	0.2523	-0.0773	0.2149	0.0034	-0.0208	0.114	-0.0521	0.1707	38.792	95.99	59.326
6	0.9423	-0.49	1.1397	0.8154	-0.668	2.5599	0.0745	-0.0042	-0.0954	0.0045	-0.0147	-0.1023	0.1501	0.0797	-0.0598	0.189	0.0147	-0.0389	0.0525	0.0075	0.0833	36.016	71.416	81.983
7	3.2243	0.2385	1.385	2.1481	-0.1613	6.8268	0.1237	0.136	-0.1615	-0.3835	-0.2549	0.1808	0.9798	-0.1686	0.1311	0.4544	0.0059	0.0104	0.191	-0.0213	0.1895	-24.372	27.305	38.104
8	1.2899	0.5371	-0.3342	0.9462	0.3619	0.4762	-0.0412	0.1879	0.2553	-0.0124	0.0462	0.1181	-0.0614	-0.0505	-0.005	0.3347	-0.0237	-0.0438	0.0478	0.0613	0.1405	-1.576	37.475	45.27
9	1.3005	0.1142	-0.0872	2.1241	-0.2481	1.8347	0.0529	-0.0607	0.1377	0.2153	0.0008	0.1957	-0.1204	0.0307	-0.0538	0.2972	-0.0128	-0.0294	0.0047	0.0068	0.1538	8.374	46.944	50.053
10	3.7627	-1.3056	2.2417	7.8555	-0.0894	6.536	0.0074	-0.2404	0.0533	0.2123	-0.1002	0.563	-0.1342	-0.5671	0.0929	0.246	-0.0144	-0.0394	0.0897	0.0246	0.1901	-0.217	59.553	40.071
11	3.3488	0.7132	0.6599	3.2163	0.005	3.4067	-0.0592	0.2897	0.0798	-0.2005	0.0841	0.1712	0.0658	-0.1201	-0.0249	0.2337	0.0034	-0.038	0.0526	0.0345	0.1275	6.634	46.46	34.269
12	2.8937	1.1107	0.4629	0.8728	0.3985	1.2142	0.0026	-0.0272	0.2483	-0.0261	-0.0287	0.1719	-0.066	-0.1648	0.0262	0.2898	0.008	-0.033	0.0389	0.042	0.1985	-11.3	36.778	41.269
13	1.2229	-0.3838	0.6443	2.1197	-0.25	1.7806	-0.0557	0.0304	0.0813	-0.0909	0.0229	0.2547	-0.1123	-0.1601	0.0328	0.1918	0.0087	-0.0564	0.0646	0.0036	0.1095	27.109	88.192	16.36
14	0.5015	0.2573	0.0897	0.2352	-0.2493	1.2602	0.0175	-0.0525	0.0234	-0.0336	-0.0035	0.0657	0.0137	-0.0293	-0.0139	0.2018	0.0209	-0.0488	0.0393	0.0133	0.0955	25.636	81.486	48.247
15	2.6501	0.7041	2.909	2.88	-0.9985	15.1457	-0.1315	0.0541	-0.2693	0.0279	0.1618	-0.0787	0.1865	-0.0505	-0.0304	0.1706	0.0413	-0.0092	0.0636	-0.0189	0.1246	32.238	69.587	46.543
16	3.0866	-0.036	0.0888	2.282	-0.121	1.5897	0.0352	0.152	-0.2717	-0.132	-0.0167	-0.0252	0.2012	-0.0087	-0.0184	0.2133	0.0005	-0.0498	0.0402	-0.0161	0.0954	16.725	68.267	43.958
17	0.5837	0.2639	-0.2824	0.4169	-0.3089	1.6357	-0.0506	-0.034	0.0589	-0.02	0.043	0.0759	0.0365	-0.0614	0.0077	0.1891	0.0114	-0.0441	0.0154	0.0063	0.0797	24.685	81.944	34.038
18	10.7892	1.9232	-6.1951	7.1411	1.2313	4.3825	-0.1846	0.178	-0.318	0.4757	-0.0876	0.0284	0.3086	-0.1545	0.2723	0.331	-0.008	-0.0155	0.166	-0.0134	0.2105	37.902	72.968	6.269
19	3.5679	-0.5628	1.9613	4.7672	1.644	4.3613	-0.1661	0.7599	-0.251	-0.2344	0.868	-0.484	-0.0982	1.6395	-0.7019	0.3766	-0.0528	0.0618	0.6879	-0.3002	0.2557	39.434	49.508	60.085
20	1.1485	-2.306	-1.6164	4.7983	4.0208	8.0125	0.6269	0.443	-0.5408	-1.1623	-0.5682	0.9191	0.2289	2.3939	-0.0587	0.679	0.7872	-0.3218	2.0375	-0.5976	0.7985	48.419	43.916	69.763
21	3.9815	1.336	3.9048	1.6613	1.8856	5.9236	0.1423	0.1803	-0.4644	0.3142	0.3023	-0.378	0.4413	0.5889	-0.4446	0.3295	0.0667	-0.1042	0.1869	-0.047	0.2124	31.947	47.787	71.888
22	0.8122	0.369	-0.0772	1.4437	0.646	1.5439	0.1374	-0.2462	0.133	0.4807	-0.1169	0.2019	-0.0173	0.0571	-0.0205	0.414	-0.0527	0.0298	0.0927	-0.0177	0.1445	3.072	37.823	64.222
23	1.6099	1.6424	-0.5358	1.8351	-0.1926	1.5419	0.1206	-0.1799	-0.0895	0.3243	-0.1316	-0.1156	0.1784	0.1565	0.0109	0.4237	0.005	-0.0826	0.0793	0.0242	0.1381	15.005	33.23	63.473
24	6.8735	4.0793	4.1285	7.6276	3.226	3.2105	-0.379	0.276	0.2325	-0.1157	0.3525	-0.0839	-0.4397	0.407	0.0264	0.2665	-0.0039	-0.0393	0.145	-0.0306	0.1397	33.483	59.56	72.648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	202 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	223 - 277
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	278 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	76 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	128 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	166 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	195 - 252
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	253 - 317
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	3 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	81 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	151 - 167
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	168 - 243
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	244 - 315
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	316 - 322
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	3 - 32
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	33 - 45
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	46 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	101 - 230
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	231 - 295
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	296 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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