PDB-5v45: Crystal structure of the F270M, K291M, L318M mutant of SR1 domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v45

タイトル

Crystal structure of the F270M, K291M, L318M mutant of SR1 domain of human sacsin

要素

Sacsin

キーワード

CHAPERONE / alpha-beta sandwich / Bergerat fold

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / low-density lipoprotein particle receptor binding / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein-folding chaperone binding / protein folding / axon / dendrite / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Menade, M. / Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of ubiquitin-like (Ubl) and Hsp90-like domains of sacsin provide insight into pathological mutations.
著者: Menade, M. / Kozlov, G. / Trempe, J.F. / Pande, H. / Shenker, S. / Wickremasinghe, S. / Li, X. / Hojjat, H. / Dicaire, M.J. / Brais, B. / McPherson, P.S. / Wong, M.J.H. / Young, J.C. / Gehring, K.

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v45.cif.gz	201.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v45.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v44C 5v46C 5v47C 5vsxC 5vszC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v47-2 5gyi-d 5v47-1 5v44-2 4xko-d 6yvx-d 1uoz-d 2r2d-8 4xka-d 5gy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (3) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sacsin

B: Sacsin

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sacsin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sacsin

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.679, 41.360, 74.106
Angle α, β, γ (deg.)	99.55, 95.26, 107.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29 分子量: 28781.553 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 89-336 / 変異: F270M, K291M, L318M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZJ4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 28% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 32566 / % possible obs: 96.19 % / 冗長度: 7.9 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 43.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2240 / R_sym value: 0.456 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.91→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 7.312 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.152

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22404	1961	5.7 %	RANDOM
R_work	0.18608	-	-	-
obs	0.18826	32566	96.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	-0.15 Å²	-0.14 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0.08 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3707	0	0	167	3874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.964	5189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.623	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.497	2.424	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.624	1.808	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.877	17.169	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.906→1.956 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	128	-
R_work	0.222	2240	-
obs	-	-	89.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.571	1.4866	4.5839	0.4147	0.8767	3.5293	0.2626	-0.487	-0.0256	0.0001	-0.1173	0.0556	0.321	-0.3355	-0.1453	0.2126	0.0441	-0.0519	0.246	-0.0832	0.0937	43.9562	-0.8457	97.8835
2	1.1938	-0.7353	0.4077	3.2989	-0.1251	1.3642	-0.0309	-0.174	0.0292	0.4275	0.0511	0.0239	-0.0028	-0.0265	-0.0202	0.1095	-0.0192	0.014	0.1411	0.0021	0.0772	33.4399	-10.449	77.4195
3	3.0867	-2.1135	-1.6752	6.1329	2.4388	3.6532	0.0996	0.04	0.3007	0.1753	0.0544	-0.3598	-0.2569	0.2418	-0.154	0.0547	-0.0159	0.0019	0.15	-0.0496	0.1628	44.8174	-1.5414	79.7194
4	1.7516	-0.9426	-0.1748	2.6586	1.0527	0.87	-0.0176	-0.2486	-0.0128	0.4784	0.1227	-0.0816	0.1712	0.0233	-0.105	0.1177	-0.0097	-0.0058	0.1476	0.0178	0.0512	35.6721	-13.4002	79.3019
5	2.3581	-0.0137	0.1044	6.397	-0.2213	1.6129	-0.0374	-0.0665	-0.1705	-0.0556	-0.0779	0.1663	0.0362	-0.201	0.1153	0.0801	0.005	-0.0091	0.1694	-0.0023	0.1106	25.302	-4.4269	69.1696
6	3.1702	1.2053	0.2202	14.9315	-3.2579	3.9747	0.0523	0.0808	-0.1066	-0.2045	-0.0234	0.2877	0.1932	-0.2652	-0.0289	0.0567	-0.009	-0.0106	0.1721	-0.0211	0.1442	19.3836	-7.5091	67.7647
7	0.4681	1.1043	0.7299	5.6117	4.3634	4.6728	-0.0638	0.0786	-0.0639	-0.0748	0.0723	0.073	-0.1843	0.0748	-0.0085	0.1545	0.0316	-0.0446	0.2405	-0.0235	0.0794	24.7125	-20.4406	22.5404
8	4.7399	-0.0271	2.7224	8.2	-4.5664	10.9239	0.0454	0.3429	-0.1629	-0.5396	0.0647	0.2357	0.3312	0.0921	-0.1102	0.046	0.003	0.0171	0.1508	-0.0194	0.1322	21.519	-16.1649	48.3194
9	2.7642	-0.2529	-0.3625	1.455	-0.4585	2.2042	0.0255	0.2318	-0.1402	-0.191	0.1416	-0.0591	0.0156	0.0031	-0.1671	0.044	-0.0355	0.0386	0.1427	-0.0151	0.0827	36.9855	-13.5171	44.1102
10	1.7866	-0.7387	0.7839	1.7921	-0.0676	2.0866	0.1069	0.2208	-0.0444	-0.2941	0.0402	-0.1141	-0.0739	0.1055	-0.1471	0.06	-0.0213	0.0443	0.1544	-0.0102	0.0844	38.4916	-15.6723	41.7951
11	10.6745	4.212	-4.1909	4.9762	-0.943	4.0234	0.1734	0.1754	0.4259	-0.2199	0.0048	0.5437	-0.1335	-0.4466	-0.1782	0.1384	0.0431	-0.0514	0.1488	0.0591	0.1601	19.7518	-1.9984	46.7013
12	4.4279	1.5447	0.761	3.2981	0.9158	1.773	0.1199	-0.2514	0.0372	0.1186	-0.1379	0.0666	-0.1746	-0.139	0.018	0.0808	0.0228	0.0225	0.1473	0.0195	0.0887	24.1988	-6.5212	55.5047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	88 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	307 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	326 - 335
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	84 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	129 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	174 - 289
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	290 - 306
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	307 - 335

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)