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- PDB-5v42: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v42
タイトルCrystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with inhibitor TAM3
要素Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Thioesterase domain / TAM3 complex / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / alpha/beta hydrolase / thioesterase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / hydrolase activity, acting on ester bonds / fatty acid synthase activity / biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioesterase / Thioesterase domain / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...Thioesterase / Thioesterase domain / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I66 / Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.987 Å
データ登録者Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13.
著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / Floyd, D. / Scullion, P. / Riley, J. / Epemolu, O. / Norval, S. / Snavely, T. / Robertson, G.T. / Rubin, E.J. / Ioerger, T.R. / Sirgel, F.A. / van der Merwe, R. / van Helden, P.D. / Keller, P. / Bottger, E.C. / Karakousis, P.C. / Lenaerts, A.J. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2017年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)
B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2864
ポリマ－63,5552
非ポリマー7312
水4,450247
1
A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1432
ポリマ－31,7781
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1432
ポリマ－31,7781
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.362, 109.399, 56.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYTHRTHRchain AAA1454 - 17277 - 280
2GLNGLNARGARGchain BBB1451 - 17264 - 279

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)


分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pks, ERS027654_02263 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-I66 / ethyl 5-hydroxy-2-phenyl-4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)-1-benzofuran-3-carboxylate


分子量: 365.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0032 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.987→50 Å / Num. obs: 34501 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.956 / Net I/av σ(I): 18.811 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.99-2.024.40.4580.6331.07283.8
2.02-2.064.80.6140.5041.08389.3
2.06-2.14.90.6280.4751.16291.8
2.1-2.145.10.6360.4361.19592.60.94
2.14-2.195.20.7070.381.22392.80.8170.906
2.19-2.244.50.7290.4821.281730.989
2.24-2.34.30.7950.2641.62271.50.5260.593
2.3-2.365.50.8540.2281.43194.70.50.553
2.36-2.435.50.9090.1881.48893.80.4150.458
2.43-2.515.50.9240.1561.61193.80.3460.381
2.51-2.65.50.9510.1341.61893.40.2980.328
2.6-2.75.50.9680.1061.93193.60.2370.26
2.7-2.825.50.9730.0882.12393.50.1970.217
2.82-2.975.50.9830.0682.27592.90.1530.168
2.97-3.165.40.990.0542.56792.10.120.132
3.16-3.45.30.9930.0432.89991.20.0930.103
3.4-3.744.80.9920.0393.23862.30.0810.091
3.74-4.295.30.9960.0313.39890.20.0680.075
4.29-5.45.60.9960.0263.11588.90.0580.064
5.4-505.60.9980.0192.31186.10.0420.047

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5V3W

5v3w


解像度: 1.987→33.763 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 1718 4.99 %Random selection
Rwork0.1943 ---
obs0.1963 34440 87.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.9 Å2 / Biso mean: 44.2683 Å2 / Biso min: 22.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.987→33.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 54 247 4416
Biso mean--37.4 46.16 -
残基数----538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1195802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4551551
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2331X-RAY DIFFRACTION7.757TORSIONAL
12B2331X-RAY DIFFRACTION7.757TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9869-2.04530.33391470.29732511265883
2.0453-2.11130.3321360.27442842297892
2.1113-2.18680.28311530.25572822297593
2.1868-2.27430.38441090.34222081219068
2.2743-2.37780.29461600.22462892305294
2.3778-2.50310.29611500.20342881303194
2.5031-2.65990.22691430.20272887303094
2.6599-2.86520.27871310.20372917304893
2.8652-3.15330.24621660.20032853301992
3.1533-3.60910.23961440.17322687283188
3.6091-4.54540.16631370.15482459259684
4.5454-33.76820.1821420.16872890303287
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32050.1854-0.36731.3161-0.33152.61220.0178-0.1065-0.07140.09770.05950.05860.143-0.0625-0.06050.30740.0115-0.01030.26670.00830.265118.787929.198124.5643
20.85030.3993-0.91731.1371-0.4941.37360.09520.09480.1581-0.0160.18330.22-0.06740.003-0.13260.29180.02030.02680.28040.00130.35199.981238.525117.948
31.9064-0.1279-0.27142.96331.59033.7034-0.16620.3619-0.0629-0.278-0.13720.2901-0.31550.3070.08070.3791-0.0103-0.04830.4202-0.00270.4838-7.339325.59273.4288
42.38270.30070.55221.66060.12430.89880.07850.0856-0.23720.0373-0.07670.12480.1592-0.15150.00140.3479-0.01490.01510.3592-0.01840.311.230926.143512.375
52.3660.90041.47792.0818-0.67512.43250.06640.20240.1429-0.0848-0.04130.1504-0.0958-0.3549-0.04490.22250.02940.02560.3240.040.29716.589339.67348.8943
61.998-0.363-0.19291.4765-1.00310.8093-0.03190.17480.3419-0.0019-0.1033-0.2326-0.06320.27160.09790.2908-0.00980.01250.28910.02290.312625.465238.500614.0591
71.8791-0.01560.03992.58140.50442.15160.02520.08460.1852-0.09610.0399-0.4367-0.04070.1191-0.03710.279200.02220.26470.01290.345526.957966.61774.8092
81.41120.12721.37722.67580.27791.3211-0.1923-0.1133-0.0257-0.38250.43170.3276-0.0373-0.253-0.11250.418-0.0965-0.03080.47480.10460.40145.247370.0025-17.2452
90.84280.06240.60911.7559-1.20421.943-0.0440.1609-0.0869-0.14170.14050.03740.22730.0376-0.07820.3317-0.02930.01410.3056-0.01430.376115.481759.0789-1.8592
100.96280.2357-0.47182.10270.42971.4278-0.1004-0.230.13260.52180.079-0.07090.124-0.03470.00140.37710.0237-0.01920.30310.02630.323119.77359.214515.5796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1454 through 1549 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1550 through 1571 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1572 through 1590 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1591 through 1664 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1665 through 1689 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1690 through 1727 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1451 through 1571 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1572 through 1626 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1627 through 1689 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1690 through 1726 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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