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- PDB-5v3m: mouseZFP568-ZnF1-11 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3m
タイトルmouseZFP568-ZnF1-11 in complex with DNA
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • Zinc finger protein 568
キーワードdna binding protein/dna / C2H2 type Zinc fingers / DNA binding / transferase-dna complex / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / convergent extension involved in neural plate elongation / embryonic placenta morphogenesis / regulation of cell communication / transcription corepressor binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription ...convergent extension involved in axis elongation / convergent extension involved in neural plate elongation / embryonic placenta morphogenesis / regulation of cell communication / transcription corepressor binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 568
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Patel, A. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: DNA Conformation Induces Adaptable Binding by Tandem Zinc Finger Proteins.
著者: Patel, A. / Yang, P. / Tinkham, M. / Pradhan, M. / Sun, M.A. / Wang, Y. / Hoang, D. / Wolf, G. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Macfarlan, T. / Cheng, X.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (28-MER)
B: DNA (28-MER)
C: Zinc finger protein 568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,91913
ポリマ－53,2643
非ポリマー65410
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.954, 92.758, 353.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-131-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8784.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8428.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Zinc finger protein 568


分子量: 36051.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Znf568, chato, Zfp568
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: E9PYI1
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% Isopropanol, 0.1M Bicine(pH 8.5) and 30% (W/V) PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→32.245 Å / Num. obs: 53292 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1160 / CC1/2: 0.91 / Rsym value: 0.159 / Χ2: 1.002 / % possible all: 32.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.091→32.245 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 2661 5 %
Rwork0.2128 --
obs0.2148 53174 78.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.091→32.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 1142 10 139 3352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0253441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0954827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.9391825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0914-2.12950.5048370.3364774X-RAY DIFFRACTION23
2.1295-2.17040.4071600.31351087X-RAY DIFFRACTION33
2.1704-2.21470.2773680.29591259X-RAY DIFFRACTION38
2.2147-2.26290.3871880.28041727X-RAY DIFFRACTION50
2.2629-2.31550.36741010.28651907X-RAY DIFFRACTION58
2.3155-2.37340.3181190.26212437X-RAY DIFFRACTION69
2.3734-2.43750.34361420.27672639X-RAY DIFFRACTION80
2.4375-2.50920.33931600.27323000X-RAY DIFFRACTION89
2.5092-2.59020.3151640.27073117X-RAY DIFFRACTION91
2.5902-2.68270.30471680.27123138X-RAY DIFFRACTION95
2.6827-2.79010.3111680.27833249X-RAY DIFFRACTION95
2.7901-2.9170.34481760.26633303X-RAY DIFFRACTION98
2.917-3.07060.32541720.26983244X-RAY DIFFRACTION96
3.0706-3.26280.26241730.22953174X-RAY DIFFRACTION93
3.2628-3.51450.24111710.20213176X-RAY DIFFRACTION96
3.5145-3.86760.25721700.18453258X-RAY DIFFRACTION96
3.8676-4.42610.1841770.17083326X-RAY DIFFRACTION98
4.4261-5.57170.20161760.17723357X-RAY DIFFRACTION100
5.5717-32.24920.18831710.1673341X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.19653.9071-5.29674.1859-2.81776.8996-0.1421-0.01790.38180.0820.16522.30211.0151-1.249-0.03790.8108-0.16840.10840.7576-0.02061.0667-26.7694-14.8552-38.0945
23.4726-0.6510.58037.2646-2.76252.0399-0.16660.411-0.7119-0.2390.361-0.25341.21240.2905-0.18930.50530.04810.02880.2584-0.12580.4638-8.9466-12.3972-25.7044
31.98670.0495-2.13822.18582.21014.65480.09030.1379-0.71020.27490.1105-0.18381.39140.1467-0.2050.5815-0.03120.03490.1984-0.0250.3862-12.2499-10.2295-14.2596
43.1752-0.04820.37951.9745-1.20951.2044-0.0568-0.24470.24410.33690.14860.5048-0.4607-0.5-0.04490.28840.07760.04240.2256-0.05380.2821-22.89823.5603-14.4485
51.8852-1.7762-1.42462.25131.58621.1824-0.1276-0.02150.4545-0.07820.07040.6254-0.7949-0.44590.00630.63480.1542-0.12910.2763-0.02570.4269-21.900513.5254-17.0157
61.48760.18260.61642.04330.76471.1751-0.43420.63710.1286-0.39030.4739-0.1269-0.64340.5456-0.04140.7977-0.39140.08580.53450.00570.3059-8.60288.0248-33.9261
75.09380.9367-2.01587.0174-6.2886.1485-0.14620.5610.342-0.0428-0.0193-0.1428-0.8817-0.20150.08551.0004-0.3270.02780.81730.15840.1823-20.511211.6556-49.1375
82.8244-0.5845-1.29190.45530.04690.7340.65750.671.12220.194-0.3997-0.3431-0.99660.081-0.40211.793-0.45020.0151.24460.5720.8649-11.280424.6159-55.4182
92.1346-0.0725-1.77811.4791-0.08372.97460.08740.72130.0318-0.8177-0.201-0.605-0.66720.72710.09911.2322-0.52770.10712.21420.10260.5369-2.683611.4458-68.3257
101.23660.86770.68891.97811.45942.13840.08040.5138-0.1314-0.9698-0.18760.26260.2875-0.16080.02711.9685-0.0355-0.15412.127-0.08920.3362-14.97679.1036-80.6795
112.012-1.8588-0.99751.83730.75392.71610.07510.95320.3576-0.6136-0.1722-0.0833-0.6608-0.1473-0.11390.8963-0.520.11551.31560.05770.2902-12.26889.1992-56.4762
122.04120.911-2.14281.5624-1.93573.1275-0.40710.42720.0521-0.43920.35690.0915-0.93440.46420.0680.5196-0.1559-0.01940.20170.01370.273-8.73057.7963-19.9468
130.50011.01750.26092.1525-0.08746.1654-0.00840.08820.0332-0.0330.2178-0.1491-0.9310.5262-0.21450.3321-0.09030.00830.2253-0.00270.2565-9.63916.0896-13.9297
140.44230.20171.06260.99110.72082.6287-0.0261.18750.1032-0.27050.4486-0.1209-0.72620.5001-0.22670.9848-0.4508-0.04720.98970.11130.3716-10.33279.314-47.208
152.3734-0.2293-0.43950.4726-0.20628.930.04480.8268-0.11640.25460.56080.1427-0.7655-1.2086-0.52251.5326-0.4068-0.33132.20280.13760.6653-18.953811.8059-70.0867
160.612-0.64691.05981.9632-0.51542.12110.171-0.61180.2136-1.09230.4733-0.5276-1.41521.8579-0.59112.0454-0.37880.08873.11140.13150.7788-12.60516.6048-83.8078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 362 through 388 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 389 through 413 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 414 through 430 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 431 through 452 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 453 through 468 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 469 through 564 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 565 through 580 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 581 through 598 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 599 through 638 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 5 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 6 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 16 through 28 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 11 through 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 21 through 25 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 26 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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