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万見
- PDB-5v3j: mouseZFP568-ZnF1-10 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3j
タイトルmouseZFP568-ZnF1-10 in complex with DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Zinc finger protein 568
キーワードtransferase/dna / C2H2 type Zinc fingers / DNA binding / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / convergent extension involved in neural plate elongation / embryonic placenta morphogenesis / regulation of cell communication / transcription corepressor binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger ...: / Krueppel-associated box (KRAB) profile. / KRAB box / krueppel associated box / Krueppel-associated box / KRAB domain superfamily / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 568
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Mus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.064 Å
データ登録者Patel, A. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: DNA Conformation Induces Adaptable Binding by Tandem Zinc Finger Proteins.
著者: Patel, A. / Yang, P. / Tinkham, M. / Pradhan, M. / Sun, M.A. / Wang, Y. / Hoang, D. / Wolf, G. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Macfarlan, T. / Cheng, X.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (26-MER)
B: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
E: Zinc finger protein 568
F: Zinc finger protein 568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,57830
ポリマ－96,9776
非ポリマー1,60124
水6,449358
1
A: DNA (26-MER)
B: DNA (26-MER)
E: Zinc finger protein 568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,28915
ポリマ－48,4893
非ポリマー80112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
2
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
F: Zinc finger protein 568
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,28915
ポリマ－48,4893
非ポリマー80112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.787, 65.706, 73.022
Angle α, β, γ (deg.)100.52, 104.25, 97.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8167.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus (ネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7811.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus (ネズミ)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Zinc finger protein 568


分子量: 32510.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Znf568, chato, Zfp568 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9PYI1

-
非ポリマー , 4種, 382分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 8% Tacsimate(pH 5.0) and 20% (W/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→34.5 Å / Num. obs: 58341 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.425 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5723 / CC1/2: 0.941 / Rpim(I) all: 0.425 / Χ2: 1.002 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.064→34.503 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 1996 3.43 %
Rwork0.192 --
obs0.1936 58177 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.064→34.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4199 2123 38 358 6718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0499486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2773623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007877
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0637-2.11530.40611340.32373794X-RAY DIFFRACTION93
2.1153-2.17250.37041410.29364001X-RAY DIFFRACTION97
2.1725-2.23640.35491430.28634013X-RAY DIFFRACTION97
2.2364-2.30860.3731420.30143992X-RAY DIFFRACTION97
2.3086-2.39110.31391410.26213980X-RAY DIFFRACTION98
2.3911-2.48680.32271440.25274046X-RAY DIFFRACTION98
2.4868-2.59990.27381430.23474057X-RAY DIFFRACTION98
2.5999-2.7370.26951440.22514019X-RAY DIFFRACTION98
2.737-2.90840.28791430.23324058X-RAY DIFFRACTION98
2.9084-3.13280.26811440.22524046X-RAY DIFFRACTION98
3.1328-3.44780.22631430.1873973X-RAY DIFFRACTION96
3.4478-3.94610.21911440.15934050X-RAY DIFFRACTION98
3.9461-4.96930.20941460.14884103X-RAY DIFFRACTION99
4.9693-34.50750.13581440.13564049X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6961-1.41341.36921.4808-0.52072.4832-0.104-0.8893-0.74880.7369-0.3754-0.3730.31030.57680.35250.82360.0112-0.1450.66850.35010.7611-25.2998-2.44146.0292
25.4409-1.28250.68385.5335-4.76377.31440.3751-0.0786-0.2653-0.2092-0.1418-0.16020.0836-0.1683-0.23690.3162-0.0517-0.00170.2321-0.03550.2269-34.775115.4819-19.1021
30.2828-0.33111.06983.4665-4.34017.28120.12640.5565-0.0488-0.103-0.04010.2101-0.1084-0.0935-0.03970.51810.13530.15580.62080.07820.3619-38.721427.578-41.8916
49.27025.8459-6.733.8113-4.14064.9730.80.2610.9313-0.0245-0.2806-0.3038-0.94531.0692-0.56870.76680.09240.19330.86510.240.486-37.133535.4916-41.1239
56.0337-2.54313.92972.9499-1.91518.21880.2405-0.2209-0.0644-0.09360.07880.00590.2899-0.344-0.2780.2356-0.02060.05820.22330.00380.2515-34.991118.3571-21.846
65.62630.30830.7084.8951-3.30328.21320.2584-0.7228-0.46380.59580.38380.15710.4473-0.2942-0.57360.7107-0.0265-0.14130.47990.25020.7285-25.8955-1.84574.9908
76.31525.0153-0.65544.9304-2.07856.2688-0.3838-0.11971.1855-0.7377-0.7493-1.2099-0.70940.30471.11440.77430.16470.01930.74640.05861.1996-11.57578.3019-31.3302
82.1818-0.64580.24531.7873-0.60412.07570.30110.2511-0.0031-0.1813-0.2188-0.23950.0380.1785-0.08180.2831-0.0090.02830.2940.00560.3488-32.425118.2794-25.3936
91.2233-0.55221.48757.9393-2.082.03110.1583-0.0175-0.07690.4566-0.20810.8862-0.0114-0.07250.06160.4645-0.04540.08440.54270.10040.5811-35.9392-6.45544.2358
100.08640.1259-0.45141.1919-1.0953.0037-0.53870.98950.9572-0.50820.13580.0717-0.5662-0.2083-0.00110.7951-0.1316-0.35560.88230.53880.825-9.418152.999-30.649
113.71150.0666-1.0215.8202-2.3717.5106-0.0195-0.321-0.31790.30990.05250.16660.10030.11390.00620.10030.00170.00480.2935-0.00160.2215-1.663428.05011.8803
123.7208-0.2731-0.83856.8637-4.37926.33670.1289-0.2147-0.0659-0.1268-0.04250.143-0.16160.3483-0.0140.1896-0.03340.02850.2309-0.09320.1777-1.178832.0354-2.2881
130.64580.1132-1.36833.3663-3.32325.702-0.34990.92931.0685-0.3931-0.0418-0.1318-0.12790.2143-0.16060.9115-0.151-0.34581.05990.6630.9892-8.993557.8937-35.7675
144.64744.97125.01015.46155.43575.4324-0.3376-0.65761.39090.19360.3861-0.9839-1.28320.3673-0.16150.95040.0604-0.11580.8714-0.26861.4021-17.642253.54313.9214
157.9705-1.65292.12923.2672-0.26757.1768-0.0704-0.5245-0.44960.2006-0.13420.73910.0932-0.43990.18070.2220.03060.08410.4570.02170.4694-19.680231.50336.729
162.1408-0.04350.59741.5657-0.15182.4306-0.0529-0.09030.0836-0.10170.04990.0466-0.1998-0.065-0.01410.2113-0.00870.03050.25110.00450.2508-2.569435.7605-4.7125
173.0855-0.90810.91651.99370.89213.2617-0.37631.50810.5959-0.30030.2830.07550.27240.1790.11940.7989-0.2368-0.1781.10590.38890.6459-4.686448.963-35.011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 26 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 362 through 388 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 389 through 598 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 599 through 638 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 15 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 16 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 16 through 26 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 362 through 387 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 388 through 430 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 431 through 570 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 571 through 638 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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