PDB-5v2z: Ethylene forming enzyme in complex with manganese, 2-oxoadipic ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v2z

タイトル

Ethylene forming enzyme in complex with manganese, 2-oxoadipic acid and L-arginine

要素

2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-oxoadipic acid / alpha-Ketoadipic acid / 2-oxohexanedioic acid / 2-oxoadipate / ethylene biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / ethylene biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Fellner, M. / Martinez, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structures and Mechanisms of the Non-Heme Fe(II)- and 2-Oxoglutarate-Dependent Ethylene-Forming Enzyme: Substrate Binding Creates a Twist.
著者: Martinez, S. / Fellner, M. / Herr, C.Q. / Ritchie, A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

履歴

登録	2017年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / software Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v2z.cif.gz	227.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v2z.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v2z_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v2z_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	5v2z_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	5v2z_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v2tSC 5v2uC 5v2vC 5v2xC 5v2yC 5v31C 5v32C 5v34C 5vkaC 5vkbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vkb-d 6cba-d 5v2y-d 5vka-d 5v2x-1 5v2x-2 5v2u-d 6b2w-2 1w22-2 6zej-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.450, 81.860, 87.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme / Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine ...Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) 分子量: 39716.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア) 遺伝子: efe / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) 参照: UniProt: P32021, 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming), EC: 1.14.11.34
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OOG / 2-OXOADIPIC ACID / 2-オキソアジピン酸分子量: 160.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₅
#4: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 % / Mosaicity: 0.27 °
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5 ul 64 mg/ml EFE (+1 mM manganese chloride, 25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP, +3 mM L-arginine, +3 mM 2-oxoadipic acid) was mixed with 0.2 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of ...詳細: 0.5 ul 64 mg/ml EFE (+1 mM manganese chloride, 25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP, +3 mM L-arginine, +3 mM 2-oxoadipic acid) was mixed with 0.2 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of 200 ul contained 25% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM NaCl. The crystal was soaked for about a minute in 25% w/v Polyethylene glycol 400, 75% reservoir solution before freezing it.

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 % / Mosaicity: 0.27 °

結晶化

温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5 ul 64 mg/ml EFE (+1 mM manganese chloride, 25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP, +3 mM L-arginine, +3 mM 2-oxoadipic acid) was mixed with 0.2 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→48.45 Å / Num. obs: 100282 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 9.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Num. unique all: 4164 / CC_1/2: 0.816 / R_pim(I) all: 0.311 / R_rim(I) all: 0.699 / % possible all: 84.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.85 Å	43.78 Å
Translation	5.85 Å	43.78 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1-2575	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.7.16	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V2T

5v2t

解像度: 1.23→41.69 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 14.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.16	4928	4.9 %
R_work	0.141	-	-
obs	0.142	96252	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→41.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2758	0	24	439	3221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	4138
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.166	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.23-1.244	0.2607	274	0.2639	5023	X-RAY DIFFRACTION	81
1.244-1.2586	0.2699	308	0.2575	5367	X-RAY DIFFRACTION	88
1.2586-1.274	0.2468	334	0.2339	5854	X-RAY DIFFRACTION	94
1.274-1.2901	0.2275	324	0.2187	5955	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2901-1.3071	0.2272	319	0.2014	6250	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3071-1.325	0.1911	325	0.1857	6102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.325-1.3439	0.1872	315	0.1772	6237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3439-1.364	0.1743	274	0.1705	6205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.364-1.3853	0.1796	317	0.1722	6232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3853-1.408	0.2018	293	0.1669	6173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.408-1.4323	0.1836	328	0.1665	6187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4323-1.4583	0.1688	325	0.1572	6141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4583-1.4864	0.171	291	0.1541	6255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4864-1.5167	0.1678	354	0.1475	6164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5167-1.5497	0.1545	348	0.1417	6081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5497-1.5857	0.148	331	0.1322	6208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6254	0.1496	322	0.1315	6164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6254-1.6693	0.1619	353	0.1303	6199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6693-1.7185	0.1387	336	0.131	6147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7185-1.7739	0.1458	378	0.1291	6109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7739-1.8373	0.1558	301	0.123	6214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8373-1.9109	0.1291	331	0.1199	6174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9109-1.9979	0.1451	276	0.122	6273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9979-2.1032	0.146	280	0.1203	6242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1032-2.235	0.1382	333	0.1223	6151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.4075	0.1461	300	0.1207	6236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4075-2.6498	0.1311	260	0.1239	6233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6498-3.0331	0.1557	346	0.1364	6143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0331-3.8209	0.1604	250	0.1327	6241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8209-41.7183	0.1586	301	0.1444	6117	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7038	0.0871	0.6497	0.2199	0.2377	1.5486	-0.0274	0.0115	0.0579	-0.0106	0.0122	-0.0243	-0.084	0.0182	0.0265	0.0606	-0.006	0.0081	0.0449	0.0014	0.0754	-2.323	4.245	2.321
2	0.337	0.0421	0.2594	0.3299	0.1693	1.4177	-0.0094	-0.035	0.0021	0.0138	-0.0035	0.013	0.0435	-0.1178	0.0102	0.0602	-0.0052	0.0042	0.0688	-0.0014	0.0624	-9.227	-1.74	9.239
3	0.6848	0.0917	0.2441	0.5592	0.1721	1.1442	0.0011	0.0914	-0.0577	-0.0241	0.0526	-0.0973	0.0954	0.1305	-0.0385	0.0647	0.0061	0.0024	0.0708	-0.0192	0.0798	2.459	-5.075	-2.278
4	3.6628	1.3938	1.2931	3.0503	0.5891	2.094	0.212	-0.1208	-0.5223	0.2017	-0.0397	0.1188	0.5227	-0.3812	-0.1393	0.2446	-0.0402	-0.0262	0.1776	0.0236	0.2077	-2.819	-17.155	17.456
5	2.0017	1.9955	1.9999	1.9962	1.9952	2.0002	0.2262	0.1779	-0.1884	0.0336	-0.0967	-0.0515	0.1541	0.1633	-0.0892	0.1125	0.0163	-0.0006	0.1528	-0.0202	0.1375	6.247	-5.805	4.81

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2:93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 94:175 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 176:317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 318:350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 403:403 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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