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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v2u | ||||||
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Title | Ethylene forming enzyme apo form | ||||||
![]() | 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha-Ketoglutaric acid / 2-Ketoglutaric acid / 2-Oxoglutaric acid / Oxoglutaric acid / ethylene biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / 2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / ethylene biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. / Martinez, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures and Mechanisms of the Non-Heme Fe(II)- and 2-Oxoglutarate-Dependent Ethylene-Forming Enzyme: Substrate Binding Creates a Twist. Authors: Martinez, S. / Fellner, M. / Herr, C.Q. / Ritchie, A. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 421 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 422.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5v2tSC ![]() 5v2vC ![]() 5v2xC ![]() 5v2yC ![]() 5v2zC ![]() 5v31C ![]() 5v32C ![]() 5v34C ![]() 5vkaC ![]() 5vkbC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40138.809 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N-terminal fusion to SH Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: efe / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P32021, 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming), EC: 1.14.11.34 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.96 % / Mosaicity: 0.2 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.5 ul 72 mg/ml EFE (25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP) was mixed with 0.5 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of 200 ul contained 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, ...Details: 0.5 ul 72 mg/ml EFE (25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP) was mixed with 0.5 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of 200 ul contained 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000. The crystal was direcly frozen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.058→45.91 Å / Num. obs: 21539 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5V2T Resolution: 2.058→43.416 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 23.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.67 Å2 / Biso mean: 18.8089 Å2 / Biso min: 5.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.058→43.416 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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