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万見
- PDB-5v1l: Structure of S-GNA dodecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1l
タイトルStructure of S-GNA dodecamer
要素RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA / Glycol Nucleic Acid / GNA / RNA X-ray structure / Nuclease Stability / modified RNA
機能・相同性SPERMINE / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Chirality Dependent Potency Enhancement and Structural Impact of Glycol Nucleic Acid Modification on siRNA.
著者: Schlegel, M.K. / Foster, D.J. / Kel'in, A.V. / Zlatev, I. / Bisbe, A. / Jayaraman, M. / Lackey, J.G. / Rajeev, K.G. / Charisse, K. / Harp, J. / Pallan, P.S. / Maier, M.A. / Egli, M. / Manoharan, M.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine / refine / software
Item: _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_number_reflns_all ..._refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _software.classification
改定 2.02022年6月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,13313
ポリマ－15,2294
非ポリマー9039
水6,017334
1
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0806
ポリマ－7,6152
非ポリマー4654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area4290 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0537
ポリマ－7,6152
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area4400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.951, 46.239, 82.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-362-

HOH

21A-369-

HOH

31D-671-

HOH

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*(ZTH)P*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3807.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Oligonucleotide (0.6 mM), sodium cacodylate (20 mM, pH 6.0), lithium chloride (20 mM), strontium chloride (40 mM), magnesium chloride (10 mM), spermine tetrahydrochloride (6 mM), and 2-methyl- ...詳細: Oligonucleotide (0.6 mM), sodium cacodylate (20 mM, pH 6.0), lithium chloride (20 mM), strontium chloride (40 mM), magnesium chloride (10 mM), spermine tetrahydrochloride (6 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD; 5% (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→27.6 Å / Num. obs: 40705 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 32.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2MD-2 diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
SHELXL精密化
精密化解像度: 1.2→27.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 2034 5 %Random
all-38614 --
obs--99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1008 22 334 1364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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