[日本語] English
万見
- PDB-2z2h: NMR Structure of the IQ-modified Dodecamer CTCG[IQ]GCGCCATC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z2h
タイトルNMR Structure of the IQ-modified Dodecamer CTCG[IQ]GCGCCATC
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DAP*DG)-3')
キーワードDNA / Nar1IQ2 / rMD / NOESY / COSY / IQ
機能・相同性3-METHYL-3H-IMIDAZO[4,5-F]QUINOLIN-2-AMINE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing restrained molecular dynamics
データ登録者Wang, F. / Elmquist, C.E. / Stover, J.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: DNA sequence modulates the conformation of the food mutagen 2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline in the recognition sequence of the NarI restriction enzyme
著者: Wang, F. / Elmquist, C.E. / Stover, J.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_database_related.db_name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DC)-3')
B: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DAP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5263
ポリマ－7,3282
非ポリマー1981
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 12structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3599.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The unmodified oligodeoxynucleotide 5'-d(GATGGCGCCGAG)-3' was obtained from the Midland Certified Reagent Company, and had been purified by anion exchange chromatography. The IQ-adducted ...詳細: The unmodified oligodeoxynucleotide 5'-d(GATGGCGCCGAG)-3' was obtained from the Midland Certified Reagent Company, and had been purified by anion exchange chromatography. The IQ-adducted oligodeoxynucleotide 5'-d(CTCGXCGCCATC)-3' was synthesized and purified as described in paper by Elmquist, C. Eric[ JACS, vol. 126, No.36, 2004].
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DAP*DG)-3')


分子量: 3728.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GIQ / 3-METHYL-3H-IMIDAZO[4,5-F]QUINOLIN-2-AMINE / 2-AMINO-3-METHYLIMIDAZO[4,5-F]QUINOLINE / IQ


分子量: 198.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N4

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D NOESY
221Magnitude COSY
331E-COSY
341DQF-COSY
351P-COSY
1622D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM modified duplex, 10mM phosphate buffer with 0.1M NaCl and 0.05mM Na2EDTA (pH 7.0), D2O10mM phosphate buffer with 0.1M NaCl and 0.05mM Na2EDTA (pH 7.0), D2O
20.7mM modified duplex, 10mM phosphate buffer with 0.1M NaCl and 0.05mM Na2EDTA (pH 7.0), 90% H2O and 10% D2O10mM phosphate buffer with 0.1M NaCl and 0.05mM Na2EDTA (pH 7.0), 90% H2O and 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.1M NaCl 71 atm278 K
20.1M NaCl 71 atm288 K
30.1M NaCl 71 atm298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker TXIBrukerTXI8001
Bruker QXIBrukerQXI6002
Bruker TXIBrukerTXI5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger精密化
Felix95Biosym/MSI解析
MARDIGRAS5.2Borgiasiterative matrix relaxation
CORMA5.2Keepersiterative matrix relaxation
精密化手法: simulated annealing restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る