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- PDB-5v1b: Structure of PHD1 in complex with 1,2,4-Triazolo-[1,5-a]pyridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1b
タイトルStructure of PHD1 in complex with 1,2,4-Triazolo-[1,5-a]pyridine
要素Egl nine homolog 2
キーワードOxidoreductase/Inhibitor / HIF Prolylhydroxylase Domain-1 / Inhibitor / momodentate binding / Oxidoreductase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / oxygen sensor activity / regulation of neuron apoptotic process / estrogen receptor signaling pathway ...peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / oxygen sensor activity / regulation of neuron apoptotic process / estrogen receptor signaling pathway / cell redox homeostasis / regulation of cell growth / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8UY / : / Prolyl hydroxylase EGLN2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Skene, R.J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: 1,2,4-Triazolo-[1,5-a]pyridine HIF Prolylhydroxylase Domain-1 (PHD-1) Inhibitors With a Novel Monodentate Binding Interaction.
著者: Ahmed, S. / Ayscough, A. / Barker, G.R. / Canning, H.E. / Davenport, R. / Downham, R. / Harrison, D. / Jenkins, K. / Kinsella, N. / Livermore, D.G. / Wright, S. / Ivetac, A.D. / Skene, R. / ...著者: Ahmed, S. / Ayscough, A. / Barker, G.R. / Canning, H.E. / Davenport, R. / Downham, R. / Harrison, D. / Jenkins, K. / Kinsella, N. / Livermore, D.G. / Wright, S. / Ivetac, A.D. / Skene, R. / Wilkens, S.J. / Webster, N.A. / Hendrick, A.G.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0345
ポリマ－26,5651
非ポリマー4684
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.717, 112.082, 66.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 2 / Estrogen-induced tag 6 / HPH-3 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 1 / HPH-1 / Prolyl ...Estrogen-induced tag 6 / HPH-3 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 1 / HPH-1 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 1 / PHD1


分子量: 26565.438 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 167-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN2, EIT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96KS0, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-8UY / 4-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-5-yl)benzonitrile


分子量: 220.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8N4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 3350, Bis-Tris 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 8476 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 34505
反射 シェルΧ2: 1.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.49→43.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2036 / WRfactor Rwork: 0.1623 / FOM work R set: 0.7591 / SU B: 30.645 / SU ML: 0.272 / SU R Cruickshank DPI: 0.6936 / SU Rfree: 0.2837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.694 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 447 5 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.1917 8475 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.68 Å2 / Biso mean: 69.198 Å2 / Biso min: 43.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.01 Å2-0 Å2
3---2.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1771 0 28 92 1891
Biso mean--96.38 64.61 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9652494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3115223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6821.76585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85115288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2561521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211436
LS精密化 シェル解像度: 2.493→2.557 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 30 -
Rwork0.45 569 -
all-599 -
obs--90.76 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.592 Å / Origin y: 18.167 Å / Origin z: -2.172 Å
111213212223313233
T0.0492 Å20.0096 Å20.0285 Å2-0.1257 Å2-0.003 Å2--0.0325 Å2
L2.6538 °2-0.3594 °2-0.1616 °2-2.0436 °2-0.1715 °2--1.5673 °2
S0.095 Å °-0.0119 Å °0.1079 Å °-0.0149 Å °-0.1062 Å °0.0106 Å °0.011 Å °-0.0684 Å °0.0112 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 403
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 504
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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