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Yorodumi- PDB-4g8d: Crystal structures of N-acyl homoserine lactonase AidH S102G mutant -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g8d | ||||||
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Title | Crystal structures of N-acyl homoserine lactonase AidH S102G mutant | ||||||
Components | Alpha/beta hydrolase fold proteinAlpha/beta hydrolase superfamily | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / AHL-lactonase / AHL-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Ochrobactrum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Liang, D.C. / Yan, X.X. / Gao, A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: High-resolution structures of AidH complexes provide insights into a novel catalytic mechanism for N-acyl homoserine lactonase Authors: Gao, A. / Mei, G.Y. / Liu, S. / Wang, P. / Tang, Q. / Liu, Y.P. / Wen, H. / An, X.M. / Zhang, L.Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g8d.cif.gz | 261.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g8d.ent.gz | 212.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g8d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4g5xSC 4g8bC 4g8cC 4g9eC 4g9gC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30623.342 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S102G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ochrobactrum (bacteria) / Strain: T63 / Gene: aidH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D2J2T6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 30% PEG8000, 0.2M LiAc, 0.1M NaAc, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 180 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2011 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.35→20 Å / Num. obs: 99376 / % possible obs: 50.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 9.23 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.35→1.4 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4G5X Resolution: 1.35→19.825 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9161 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 96.004 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 237.19 Å2 / Biso mean: 17.8113 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→19.825 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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