+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v0h | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RNA duplex with 2-MeImpG analogue bound-one binding site | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / analogue | 機能・相同性 | Chem-8OS / リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Tam, C.P. / Szostak, J.W. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 | タイトル: Structural Rationale for the Enhanced Catalysis of Nonenzymatic RNA Primer Extension by a Downstream Oligonucleotide. 著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Zhou, L. / Oh, S.S. / Wang, J. / Szostak, J.W. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v0h.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5v0h.ent.gz | 21.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4858.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8305 M Malonic acid, 0.25 M Ammonium citrate tribasic, 0.12 M Succinic acid, 0.3 M DL-Malic acid, 0.4 M Sodium acetate trihydrate, 0.5 M Sodium formate, and 0.16 M Ammonium tartrate dibasic, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 7273 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.115 / Χ2: 1.245 / Net I/σ(I): 10.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.9 / Rsym value: 0.434 / Χ2: 0.992 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HBX 解像度: 1.9→37.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.765 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.859 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→37.11 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|