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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v0a | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (D225A) in complex with 5' recessed-end DNA (rVIII) | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / exonuclease / endonuclease / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) ...double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / exonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 5'-3' DNA exonuclease activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / meiotic cell cycle / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / DNA repair / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shi, Y. / Beese, L.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Interplay of catalysis, fidelity, threading, and processivity in the exo- and endonucleolytic reactions of human exonuclease I. 著者: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 787.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 791.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5uzvC ![]() 5v04C ![]() 5v05C ![]() 5v06C ![]() 5v07C ![]() 5v08C ![]() 5v09C ![]() 5v0bC ![]() 5v0cC ![]() 5v0dC ![]() 5v0eC ![]() 3qeaS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 Z
#1: タンパク質 | 分子量: 40310.754 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-352 / 変異: D225A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UQ84, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#2: DNA鎖 | 分子量: 3942.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 104分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/D5M.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/D5M.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-D5M / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 7.0, 10 mM potassium chloride, 2-4% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 20768 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.896 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 33.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 998 / Rrim(I) all: 0.685 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3QEA 解像度: 2.38→38.37 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→38.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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