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Yorodumi- PDB-5v0c: Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v0c | |||||||||
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Title | Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex with 5' flap DNA (f2I) | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / exonuclease / endonuclease / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) ...double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / exonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 5'-3' DNA exonuclease activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / meiotic cell cycle / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Hydrolases; Acting on ester bonds / nuclear body / DNA repair / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.58 Å | |||||||||
Authors | Shi, Y. / Beese, L.S. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Interplay of catalysis, fidelity, threading, and processivity in the exo- and endonucleolytic reactions of human exonuclease I. Authors: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v0c.cif.gz | 177.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v0c.ent.gz | 138.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v0c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v0c_validation.pdf.gz | 439.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v0c_full_validation.pdf.gz | 446 KB | Display | |
Data in XML | 5v0c_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5v0c_validation.cif.gz | 20 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5uzvC 5v04C 5v05C 5v06C 5v07C 5v08C 5v09C 5v0aC 5v0bC 5v0dC 5v0eC 3qeaS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40354.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-352 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EXO1, EXOI, HEX1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9UQ84, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: DNA chain | Mass: 3926.573 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3662.404 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 100 mM sodium acetate, pH 7.0, 10 mM potassium chloride, 2-4% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→50 Å / Num. obs: 28650 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.74 % / CC1/2: 0.877 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 19.82 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.73 Å / Redundancy: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4605 / Rrim(I) all: 0.662 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3QEA Resolution: 2.58→46.331 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / Phase error: 30.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.58→46.331 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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