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万見
- PDB-5uz0: Crystal structure of AICARFT bound to an antifolate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uz0
タイトルCrystal structure of AICARFT bound to an antifolate
要素Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / AICAR / AICARFT / AMZ
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / cellular response to interleukin-7 ...phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / cellular response to interleukin-7 / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / dihydrofolate metabolic process / animal organ regeneration / tetrahydrofolate biosynthetic process / cerebellum development / cerebral cortex development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cadherin binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #440 / AICAR transformylase, insert domain superfamily / AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily ...Helix Hairpins - #440 / AICAR transformylase, insert domain superfamily / AICAR transformylase, duplication domain / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Cytidine Deaminase; domain 2 / Cytidine deaminase-like / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8US / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / Bifunctional purine biosynthesis protein ATIC
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Atwell, S. / Wang, Y. / Fales, K.R. / Clawson, D. / Wang, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of N-(6-Fluoro-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-7-yl)-5-[(3R)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]thiophene-2-sulfonamide (LSN 3213128), a Potent and Selective Nonclassical Antifolate ...タイトル: Discovery of N-(6-Fluoro-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-7-yl)-5-[(3R)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]thiophene-2-sulfonamide (LSN 3213128), a Potent and Selective Nonclassical Antifolate Aminoimidazole-4-carboxamide Ribonucleotide Formyltransferase (AICARFT) Inhibitor Effective at Tumor Suppression in a Cancer Xenograft Model.
著者: Fales, K.R. / Njoroge, F.G. / Brooks, H.B. / Thibodeaux, S. / Torrado, A. / Si, C. / Toth, J.L. / Mc Cowan, J.R. / Roth, K.D. / Thrasher, K.J. / Frimpong, K. / Lee, M.R. / Dally, R.D. / ...著者: Fales, K.R. / Njoroge, F.G. / Brooks, H.B. / Thibodeaux, S. / Torrado, A. / Si, C. / Toth, J.L. / Mc Cowan, J.R. / Roth, K.D. / Thrasher, K.J. / Frimpong, K. / Lee, M.R. / Dally, R.D. / Shepherd, T.A. / Durham, T.B. / Margolis, B.J. / Wu, Z. / Wang, Y. / Atwell, S. / Wang, J. / Hui, Y.H. / Meier, T.I. / Konicek, S.A. / Geeganage, S.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
B: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
C: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
D: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,27819
ポリマ－263,1764
非ポリマー4,10315
水10,737596
1
A: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
B: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4709
ポリマ－131,5882
非ポリマー1,8827
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15180 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area42160 Å2
手法PISA
2
C: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
D: Bifunctional purine biosynthesis protein PURH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,80810
ポリマ－131,5882
非ポリマー2,2208
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area41430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.797, 105.121, 105.646
Angle α, β, γ (deg.)113.48, 99.42, 95.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional purine biosynthesis protein PURH


分子量: 65793.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATIC, PURH, OK/SW-cl.86 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P31939, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, IMP cyclohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-8US / N-(6-fluoro-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-7-yl)-5-[(3R)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]thiophene-2-sulfonamide


分子量: 409.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16FN3O4S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Hepes pH 7.3, 5% MPD, 28% PEG 3350, 200mM Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30 Å / Num. obs: 213181 / % possible obs: 95.64 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.22 Å2 / Net I/σ(I): 9.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→18.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9039 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8838 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 10759 5.05 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2035 213181 95.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6665 Å2-1.1868 Å25.0511 Å2
2--2.373 Å20.8091 Å2
3---1.2935 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.79→18.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17951 0 266 596 18813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0118567HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0625259HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6388SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes427HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2712HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18567HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.55
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2487SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22193SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 736 4.93 %
Rwork0.2105 14181 -
all0.2117 14917 -
obs--95.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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