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- PDB-5ux4: Crystal Structure of Rat Cathepsin D with (5S)-3-(5,6-dihydro-2H-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ux4
タイトルCrystal Structure of Rat Cathepsin D with (5S)-3-(5,6-dihydro-2H-pyran-3-yl)-1-fluoro- 7-(2-fluoropyridin-3-yl)spiro[chromeno[2,3- c]pyridine-5,4'-[1,3]oxazol]-2'-amine
要素Cathepsin D
キーワードHYDROLASE / Cathepsin D / Beta Amyloid Cleaving Enzyme / BACE1
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle endosomal processing / presynaptic endosome / Collagen degradation / cathepsin D / aspartic-type peptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Insulin receptor recycling / MHC class II antigen presentation / regulation of establishment of protein localization / vesicle-mediated transport in synapse ...synaptic vesicle endosomal processing / presynaptic endosome / Collagen degradation / cathepsin D / aspartic-type peptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Insulin receptor recycling / MHC class II antigen presentation / regulation of establishment of protein localization / vesicle-mediated transport in synapse / insulin catabolic process / lipoprotein catabolic process / Neutrophil degranulation / insulin receptor recycling / autophagosome assembly / GABA-ergic synapse / response to nutrient levels / endosome lumen / peptide binding / protein catabolic process / melanosome / peptidase activity / endopeptidase activity / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / endosome membrane / hydrolase activity / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / lysosomal membrane / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin D / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Cathepsin D / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UT / Cathepsin D
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.805 Å
データ登録者Sickmier, A.
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2017
タイトル: Development of 2-aminooxazoline 3-azaxanthene beta-amyloid cleaving enzyme (BACE) inhibitors with improved selectivity against Cathepsin D.
著者: Low, J.D. / Bartberger, M.D. / Chen, K. / Cheng, Y. / Fielden, M.R. / Gore, V. / Hickman, D. / Liu, Q. / Allen Sickmier, E. / Vargas, H.M. / Werner, J. / White, R.D. / Whittington, D.A. / Wood, S. / Minatti, A.E.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin D
B: Cathepsin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6368
ポリマ－93,6512
非ポリマー1,9856
水45025
1
A: Cathepsin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9204
ポリマ－46,8261
非ポリマー1,0943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cathepsin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7164
ポリマ－46,8261
非ポリマー8913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.514, 66.122, 99.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin D


分子量: 46825.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ctsd
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P24268, cathepsin D
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-3UT / (5S)-3-(5,6-dihydro-2H-pyran-3-yl)-1-fluoro-7-(2-fluoropyridin-3-yl)spiro[chromeno[2,3-c]pyridine-5,4'-[1,3]oxazol]-2'-amine


分子量: 448.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18F2N4O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 2% glycerol, 200 mM Lithium chloride cryo 20% glycerol, 20% PEG 3350, 200 mM lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 21453 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.93.30.3910.874196.7
2.9-3.023.60.3090.888199.2
3.02-3.153.70.2340.962199.7
3.15-3.323.70.1751.046199.6
3.32-3.533.70.131.039199.7
3.53-3.83.70.11.014199.8
3.8-4.183.70.0811.093199.9
4.18-4.783.70.0651.058199.8
4.78-6.023.60.0711.09199.5
6.02-303.50.061.048199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11_2558精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LYA

1lya


解像度: 2.805→29.675 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1098 5.12 %
Rwork0.1912 --
obs0.1937 21444 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.11 Å2 / Biso mean: 46.7496 Å2 / Biso min: 14.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.805→29.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 136 25 5405
Biso mean--64.22 36.47 -
残基数----677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6987529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0953223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8046-2.93210.31031240.22562398252294
2.9321-3.08660.33711400.23825192659100
3.0866-3.27970.28421270.229825612688100
3.2797-3.53260.24551360.214625352671100
3.5326-3.88740.25661340.199825782712100
3.8874-4.44830.20731440.165625622706100
4.4483-5.59820.18991570.152525462703100
5.5982-29.67670.22631360.18822647278399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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