PDB-5ux2: Protein 19 with aldehyde deformylating oxidase activity from Syne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ux2

タイトル

Protein 19 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus

要素

Aldehyde decarbonylase

キーワード

LYASE / decarbonylase / iron / ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / aldehyde oxygenase (deformylating) / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. RS9917 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein 19 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus
著者: Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ux2.cif.gz	100 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ux2.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ux2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ux2_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ux2_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	5ux2_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5ux2_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uw2S 5uwz 5ux1 5uxg 5uxi S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k52-2 4rc8-1 5uxi-d 1lbu-d 4rc8-2 4z5s-d 4pg1-d 4quw-d 5uwz-d 4rc7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldehyde decarbonylase

B: Aldehyde decarbonylase

ヘテロ分子

52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde decarbonylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aldehyde decarbonylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.986, 90.227, 109.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aldehyde decarbonylase / AD / Fatty aldehyde decarbonylase 分子量: 26285.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. RS9917 (バクテリア) 遺伝子: RS9917_12945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3Z6M0, aldehyde oxygenase (deformylating)
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID 分子量: 74.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25.9 mg/ml 17% PEG 4000, 8.5 isopropanol, 85 mM Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→109.06 Å / Num. obs: 33222 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UW2

5uw2

解像度: 1.99→109.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.522 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25355	1024	3.1 %	RANDOM
R_work	0.21106	-	-	-
obs	0.21238	31991	94.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.61 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.99→109.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3438	0	14	44	3496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.955	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	7714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.008	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.473	22.333	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.007	15	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.934	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.445	3.754	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.446	3.752	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.409	5.613	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.408	5.615	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.057	4.291	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.056	4.29	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.797	6.257	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.195	30.348	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.195	30.35	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	58	-
R_work	0.29	2084	-
obs	-	-	83.64 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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