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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ux2 | ||||||
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タイトル | Protein 19 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus | ||||||
![]() | Aldehyde decarbonylase | ||||||
![]() | LYASE / decarbonylase / iron / ferritin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein 19 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus 著者: Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5uw2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26285.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RS9917_12945 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25.9 mg/ml 17% PEG 4000, 8.5 isopropanol, 85 mM Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→109.06 Å / Num. obs: 33222 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UW2 解像度: 1.99→109.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.522 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.99→109.06 Å
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拘束条件 |
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