[日本語] English
万見
- PDB-5uwg: The crystal structure of Fz4-CRD in complex with palmitoleic acid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uwg
タイトルThe crystal structure of Fz4-CRD in complex with palmitoleic acid
要素Frizzled-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt / Frizzled / signalosome / cysteine-rich domain / Wnt5a / Wnt8 / Frizzled-4
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / locomotion involved in locomotory behavior / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / endothelial cell differentiation / establishment of blood-brain barrier / positive regulation of dendrite morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / cytokine receptor activity / cytokine binding / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / Ca2+ pathway / angiogenesis / response to hypoxia / cell population proliferation / cilium / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Frizzled-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Ke, J. / DeBruine, Z.J. / Gu, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Melcher, K.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK071662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104212 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR053293 米国
Van Andel Research Institute Foundation 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: Wnt5a promotes Frizzled-4 signalosome assembly by stabilizing cysteine-rich domain dimerization.
著者: DeBruine, Z.J. / Ke, J. / Harikumar, K.G. / Gu, X. / Borowsky, P. / Williams, B.O. / Xu, W. / Miller, L.J. / Xu, H.E. / Melcher, K.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4
B: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2136
ポリマ－28,2952
非ポリマー9184
水1086
1
A: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8444
ポリマ－14,1471
非ポリマー6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3692
ポリマ－14,1471
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.452, 109.373, 76.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Frizzled-4 / hFz4 / FzE4


分子量: 14147.333 Da / 分子数: 2 / 断片: Cysteine Rich Domain (UNP residues 40-164) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULV1
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: Rod-shaped crystal with the longest dimension of 0.15 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 28% w/v polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 14355 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.56→2.67 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1739 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CM4

5cm4


解像度: 2.56→30.83 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 744 5.19 %
Rwork0.2444 --
obs0.2456 14334 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→30.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1745 0 60 6 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1162505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.832690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5601-2.75760.31421550.31032670X-RAY DIFFRACTION100
2.7576-3.03490.32221770.30422656X-RAY DIFFRACTION100
3.0349-3.47360.3368990.27882746X-RAY DIFFRACTION100
3.4736-4.37430.24781640.24052707X-RAY DIFFRACTION100
4.3743-30.83190.25341490.22352811X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る