PDB-5uwb: Re-refined 4FCZ: lipid-bound crystal structure of toluene-toleran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uwb

タイトル

Re-refined 4FCZ: lipid-bound crystal structure of toluene-tolerance protein from Pseudomonas putida

要素

Toluene tolerance protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Lipid-binding / periplasmic / MlaC / transport

機能・相同性

Tgt2/MlaC / Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Toluene tolerance protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	K99GM112982	米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG-2140-12	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target PpR99
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 0

THIS ENTRY 5UWB REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R4FCZSF DETERMINED ...

Remark 200

AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4FCZ.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	5uwb.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uwb.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uwb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uwb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5uwb_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5uwb_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8608C 8610C 8611C 8612C 5uvnC 5uw2C 5uw8C 5uwaC 4fcz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dv4-d 3k9j-3 4fcz-2 2g3k-8 4fcz-1 2oxg-3 6s60-1 3rjz-d 5uwa-1 7kkq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Toluene tolerance protein

A: Toluene tolerance protein

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Toluene tolerance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Toluene tolerance protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.868, 40.883, 82.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Toluene tolerance protein 分子量: 25131.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: ttg2D, PP_0961 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88P91
#2: 化合物	ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL 分子量: 691.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₇₄NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.604→39.086 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 29.65

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2625	741	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2137	-	-	-
obs	0.2162	14801	92.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.604→39.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2916	0	176	4	3096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.54	4219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.895	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6036-2.8045	0.3306	117	0.2701	2154	X-RAY DIFFRACTION	72
2.8045-3.0867	0.3869	143	0.2637	2830	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0867-3.5331	0.2987	156	0.233	2935	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5331-4.4503	0.2186	160	0.1909	3025	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4503-39.0902	0.2208	165	0.1884	3116	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0313	-0.0117	-0.0765	0.0207	0.0689	0.3397	-0.0571	0.0172	-0.0448	0.104	-0.1327	-0.2835	0.1343	0.0431	-0.8012	0.1166	-0.0262	0.0624	0.1039	0.0866	0.3454	25.4179	-6.4206	7.4315
2	0.4141	0.1679	0.1778	0.2632	0.0612	0.3096	0.0706	0.0625	-0.2714	0.037	-0.0154	-0.0897	0.0833	0.038	0.3263	0.0762	-0.0757	0.0308	0.1883	-0.0088	0.2334	10.2823	4.63	4.8864
3	0.0759	-0.0404	-0.0122	0.1158	0.0064	0.134	0.0349	-0.0031	0.0679	0.0042	-0.0005	-0.0616	0.0264	0.0145	0.134	0.3216	0.0127	0.105	0.1602	-0.1245	0.4268	28.8038	-12.2302	-2.7855
4	0.0658	0.0231	-0.0773	0.0159	-0.0102	0.1286	0.0117	-0.0156	-0.0296	-0.012	-0.0004	-0.0314	0.0028	-0.1023	-0.0368	0.0979	-0.0235	0.1468	0.2755	-0.0339	0.4646	36.2118	10.4257	0.1042
5	0.011	-0.0011	-0.0012	0.0019	-0.0034	0.0074	0.0421	0.0311	0.0546	-0.0164	-0.0068	-0.0154	-0.0183	0.0099	0.2114	0.208	-0.0227	0.2019	0.2756	-0.1511	0.491	32.84	-8.6258	-10.099
6	0.1018	-0.01	-0.0663	0.0103	-0.0079	0.0657	-0.012	-0.0777	-0.0351	0.0067	0.0008	-0.0053	0.0004	0.0114	-0.1184	0.1302	-0.0237	0.0806	0.2732	-0.0613	0.5318	30.0488	7.1461	2.4887
7	0.3729	-0.0465	-0.0653	0.0099	-0.007	0.0619	-0.0139	0.0915	-0.0842	-0.0164	-0.0123	-0.0037	0.0198	-0.0111	0.0038	0.0747	0.0021	0.0594	0.1077	0.0135	0.2786	26.547	4.684	-1.3865
8	0.0496	-0.0323	0.0472	0.2409	-0.1497	0.1098	-0.0054	0.0848	0.1639	-0.0169	-0.1762	0.0342	-0.0302	-0.0958	-0.5025	0.1274	0.092	-0.0626	0.3669	-0.1236	0.3422	6.5937	6.6724	-4.151
9	0.0563	-0.0151	-0.051	0.0777	0.0172	0.0463	-0.049	0.0638	-0.0108	-0.0893	0.014	0.0338	-0.0126	-0.0427	0.0016	0.2354	-0.0774	0.0163	0.4709	-0.0519	0.1385	11.8574	-3.0738	-9.0603
10	0.1207	-0.1581	0.0709	0.2154	-0.1145	0.1208	-0.0196	-0.0515	-0.0265	0.1039	-0.0165	-0.1249	-0.0306	0.0906	0.1547	0.5934	-0.038	-0.2859	0.2057	0.1147	0.4674	26.5	-7.9834	30.763
11	0.2279	0.1581	-0.2267	0.1638	-0.2637	0.4352	0.0512	0.0046	0.0582	0.1039	0.0796	0.0364	-0.1911	-0.046	0.4021	0.3599	0.0125	-0.0685	0.145	0.0286	0.1255	16.9404	-0.8186	21.4928
12	0.2889	-0.0693	-0.0402	0.0522	-0.0747	0.2042	0.0567	-0.2117	0.0043	0.0481	0.0104	-0.0197	-0.1168	0.135	0.2784	0.2092	-0.0021	-0.0994	0.1877	-0.0449	0.1693	7.8264	-25.1686	21.0719
13	0.3665	0.0469	0.1122	0.0075	0.0029	0.1846	-0.0982	-0.0107	0.1925	0.0888	-0.0139	0.0144	-0.4011	0.0698	-0.0428	0.2814	0.0386	-0.024	0.1719	-0.0244	0.0918	7.0586	-12.4701	19.0947
14	0.1771	-0.0147	0.0103	0.2598	0.1137	0.0517	0.1072	-0.0325	-0.0051	0.0462	0.0428	-0.0714	0.1558	0.1112	0.1589	0.5748	0.0658	0.0257	0.2196	-0.0358	0.1489	17.3563	-1.2583	35.7376
15	0.0042	-0.0091	0.0018	0.0269	-0.0139	0.0149	-0.0136	-0.0089	0.0136	0.0549	-0.0015	-0.037	-0.0477	-0.0118	-0.1546	0.6498	0.0545	-0.2695	0.2532	0.0727	0.2999	25.0022	-23.9048	37.4033
16	0.014	0.0015	0.0021	0.0027	-0.0036	0.0074	0.0458	-0.0017	-0.0346	0.024	-0.0037	-0.0119	0.0276	0.0158	0.2254	0.7307	0.1517	-0.2577	0.336	-0.1296	0.3022	16.5257	-4.9036	44.1372
17	0.0508	0.0412	0.0352	0.1086	-0.007	0.0409	0.0329	-0.1017	0.038	0.0867	-0.0669	0.0063	-0.0851	-0.0124	0.0873	0.4839	-0.0254	-0.2654	0.2108	-0.0587	0.3592	21.2875	-20.5671	32.0114
18	0.0033	-0.0243	0.0071	0.1677	-0.0283	0.0992	-0.0161	-0.0025	-0.0271	0.2243	-0.067	0.0455	-0.0378	-0.0634	-0.0036	0.299	-0.1071	-0.0313	0.174	-0.0368	0.0862	6.6263	-19.1647	31.0593
19	0.0329	0.0149	-0.0283	0.0178	-0.0114	0.0243	0.0001	0.0058	-0.0084	-0.0142	0.0073	0.0091	-0.0101	0.003	0.0667	0.153	-0.0042	-0.0618	0.2725	-0.1592	0.3109	-3.7222	-19.7569	17.3408
20	0.0017	0.005	0.0077	0.0132	0.021	0.0336	0.0005	-0.0024	0.0204	-0.0161	-0.0022	-0.0094	0.0148	-0.01	-0.0422	0.2707	0.018	0.0938	0.3018	-0.0782	0.1611	-0.4862	-10.4574	31.7499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 23 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 76 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 105 through 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 121 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 133 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 146 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 156 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 169 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 195 through 209 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 23 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 44 through 66 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 67 through 87 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 88 through 104 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 105 through 120 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 121 through 132 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 133 through 145 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 146 through 155 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 156 through 184 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 185 through 194 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 195 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)