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- PDB-5uvg: Crystal structure of the human neutral sphingomyelinase 2 (nSMase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uvg
タイトルCrystal structure of the human neutral sphingomyelinase 2 (nSMase2) catalytic domain with insertion deleted and calcium bound
要素Sphingomyelin phosphodiesterase 3,Sphingomyelin phosphodiesterase 3
キーワードHYDROLASE / sphingomyelinase
機能・相同性
機能・相同性情報


chondrocyte development involved in endochondral bone morphogenesis / neutral sphingomyelin phosphodiesterase activity / sphingolipid mediated signaling pathway / cellular response to redox state / sphingomyelin metabolic process / mitotic nuclear division / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / dentinogenesis ...chondrocyte development involved in endochondral bone morphogenesis / neutral sphingomyelin phosphodiesterase activity / sphingolipid mediated signaling pathway / cellular response to redox state / sphingomyelin metabolic process / mitotic nuclear division / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / dentinogenesis / regulation of leukocyte migration / peptide hormone secretion / Golgi cis cisterna / polysaccharide transport / regulation of cartilage development / bone growth / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / extracellular matrix assembly / ceramide metabolic process / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / collagen metabolic process / cellular response to peptide / phosphatidic acid binding / endochondral ossification / positive regulation of exosomal secretion / Glycosphingolipid catabolism / cellular response to magnesium ion / phosphoric diester hydrolase activity / TNFR1-mediated ceramide production / lung alveolus development / DNA biosynthetic process / bone mineralization / G1 to G0 transition / phosphatidylserine binding / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of protein phosphorylation / multicellular organism growth / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to tumor necrosis factor / Golgi membrane / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelinase C/phospholipase C / Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingomyelin phosphodiesterase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Airola, M.V. / Guja, K.E. / Garcia-Diaz, M. / Hannun, Y.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM043825 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM100679 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100021 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)F30ES022930 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of human nSMase2 reveals an interdomain allosteric activation mechanism for ceramide generation.
著者: Airola, M.V. / Shanbhogue, P. / Shamseddine, A.A. / Guja, K.E. / Senkal, C.E. / Maini, R. / Bartke, N. / Wu, B.X. / Obeid, L.M. / Garcia-Diaz, M. / Hannun, Y.A.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingomyelin phosphodiesterase 3,Sphingomyelin phosphodiesterase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3892
ポリマ－41,3481
非ポリマー401
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17050 Å2
2
A: Sphingomyelin phosphodiesterase 3,Sphingomyelin phosphodiesterase 3
ヘテロ分子

A: Sphingomyelin phosphodiesterase 3,Sphingomyelin phosphodiesterase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7774
ポリマ－82,6972
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area30900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.610, 91.050, 50.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sphingomyelin phosphodiesterase 3,Sphingomyelin phosphodiesterase 3 / Neutral sphingomyelinase 2 / nSMase2 / Neutral sphingomyelinase II


分子量: 41348.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMPD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY59, sphingomyelin phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, calcium chloride, glycerol, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→43.85 Å / Num. obs: 29448 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.849→1.855 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 311 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.956 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.849→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1969 1369 5.02 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
obs0.1642 27267 86.85 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.39 Å2 / Biso mean: 24.93 Å2 / Biso min: 4.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3129 Å20 Å20 Å2
2---2.1587 Å20 Å2
3---1.8457 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.177 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.849→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2741 0 1 212 2954
Biso mean--30 34.87 -
残基数----348
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.88 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1635 34 6.08 %
Rwork0.1538 525 -
all0.1544 559 -
obs--86.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1208 Å / Origin y: 105.234 Å / Origin z: 64.2526 Å
111213212223313233
T-0.0635 Å2-0.0138 Å2-0.0007 Å2--0.0737 Å2-0.0013 Å2---0.0199 Å2
L0.7408 °20.2085 °20.2382 °2-1.1712 °20.0025 °2--0.8063 °2
S-0.0375 Å °0.0243 Å °-0.0111 Å °-0.1444 Å °-0.0043 Å °-0.0225 Å °-0.032 Å °0.0607 Å °0.0418 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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