[日本語] English
万見
- PDB-5uv5: Crystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Ac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uv5
タイトルCrystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase
要素
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / REVERSE TRANSCRIPTASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-Y55 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100890 米国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: A 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-Dione Active-Site RNase H Inhibitor Binds in Multiple Modes to HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Kirby, K.A. / Myshakina, N.A. / Christen, M.T. / Chen, Y.L. / Schmidt, H.A. / Huber, A.D. / Xi, Z. / Kim, S. / Rao, R.K. / Kramer, S.T. / Yang, Q. / Singh, K. / Parniak, M.A. / Wang, Z. / ...著者: Kirby, K.A. / Myshakina, N.A. / Christen, M.T. / Chen, Y.L. / Schmidt, H.A. / Huber, A.D. / Xi, Z. / Kim, S. / Rao, R.K. / Kramer, S.T. / Yang, Q. / Singh, K. / Parniak, M.A. / Wang, Z. / Ishima, R. / Sarafianos, S.G.
履歴
登録2017年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
C: Reverse transcriptase/ribonuclease H
D: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,11010
ポリマ－228,4044
非ポリマー7066
水00
1
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5555
ポリマ－114,2022
非ポリマー3533
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area45260 Å2
手法PISA
2
C: Reverse transcriptase/ribonuclease H
D: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5555
ポリマ－114,2022
非ポリマー3533
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.990, 88.670, 108.860
Angle α, β, γ (deg.)105.530, 93.410, 110.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT


分子量: 64105.441 Da / 分子数: 2 / 断片: p66 domain residues 600-1154 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET35a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 50096.539 Da / 分子数: 2 / 断片: p51 domain residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET35a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P03366
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-Y55 / 7-(furan-2-yl)-2-hydroxyisoquinoline-1,3(2H,4H)-dione


分子量: 243.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→62.43 Å / Num. obs: 45121 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 61.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 331908 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 0.674 / % possible all: 97.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.81 Å62.43 Å
Translation8.81 Å62.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSOct 15, 2015データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J1E

5j1e


解像度: 3→62.43 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 2174 4.82 %
Rwork0.2321 --
obs0.2347 45106 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.77 Å2 / Biso mean: 68.1267 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→62.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15330 0 40 0 15370
Biso mean--91.87 --
残基数----1873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65521429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8469505
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.06530.40011160.33332656277297
3.0653-3.13660.38891320.30162687281997
3.1366-3.2150.34071170.2772672278998
3.215-3.30190.33551640.26822671283597
3.3019-3.39910.34181480.26342629277796
3.3991-3.50880.33621520.25532592274496
3.5088-3.63420.31521250.25082665279097
3.6342-3.77970.29871280.23452702283099
3.7797-3.95170.32281420.21982676281899
3.9517-4.160.26541340.21532723285799
4.16-4.42060.24731400.20072691283199
4.4206-4.76180.24741330.20382696282999
4.7618-5.24070.27731490.21552726287599
5.2407-5.99860.29631460.22712695284199
5.9986-7.55550.26561270.24242726285399
7.5555-62.44630.22821210.21192725284699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0024-0.03170.04980.0188-0.0020.02690.02310.2201-0.0831-0.12040.03810.0232-0.0243-0.044900.80940.10340.08270.65190.09210.5204-1.644851.0238-60.075
20.03490.0112-0.01060.01330.04680.01550.01110.03390.0697-0.06480.002-0.1313-0.0056-0.003300.42280.03840.08150.4228-0.02770.4376.200641.0072-37.6067
3-0.0108-0.011-0.00410.0066-0.00720.0095-0.04930.0650.04590.069-0.09180.03420.09290.0752-00.72780.16160.07830.54070.04820.289-3.533946.5704-59.6308
40.01680.00190.02130.01630.02080.0455-0.1415-0.015-0.1007-0.04150.2082-0.2546-0.1232-0.163700.46950.00280.12370.4483-0.04150.471810.745131.5698-39.7915
5-0.0429-0.0039-0.0630.0452-0.0164-0.09370.33210.01080.09450.20690.42920.04780.09440.74340-0.0643-0.87560.3042-1.383-0.39580.63928.657461.1057-35.4939
60.0623-0.0055-0.09580.08740.00970.1401-0.0707-0.09290.15450.00870.1018-0.09450.03430.0233-00.186-0.0268-0.02020.2744-0.01680.27572.099853.8196-7.5276
70.1215-0.07420.02910.0777-0.03430.10640.0041-0.0521-0.0105-0.0249-0.0416-0.0619-0.0448-0.0506-00.30230.0478-0.00730.1243-0.03160.2199-18.771577.33022.9395
80.0110.02050.02110.17730.1460.1285-0.0088-0.0002-0.0032-0.0023-0.0293-0.02030.00190.0061-0.00080.7797-0.0105-0.14150.55080.04920.5187-29.751676.3262-3.6498
90.1087-0.0881-0.18250.09460.0340.12990.0160.1121-0.07410.09530.0124-0.02040.0623-0.0445-00.1912-0.0105-0.01550.2061-0.05260.2348-15.200333.6344-28.3374
100.0035-0.01510.0090.033-0.00770.0211-0.0912-0.0007-0.1786-0.04070.01980.32920.13730.065-00.427-0.09550.00260.4536-0.06170.5987-31.59828.6124-19.1262
110.00830.0116-0.02530.0111-0.00070.0346-0.02820.03140.0119-0.0692-0.15110.1233-0.13220.1573-00.3022-0.0705-0.05010.37610.01660.3669-12.181534.2669-33.8654
120.1007-0.1780.13460.0446-0.05310.0275-0.04540.23640.1580.26720.0078-0.15240.2246-0.309-00.4599-0.19590.03450.3644-0.07320.5402-32.243224.7518-12.82
130.0981-0.0561-0.04640.062-0.07190.08860.0667-0.0171-0.31220.08660.09820.1763-0.04640.066400.468-0.07450.07410.48070.01110.553-37.902962.36248.0614
140.0217-0.04090.0680.03980.04610.032-0.023-0.0228-0.0806-0.0461-0.00970.02-0.1624-0.0232-00.0202-0.01420.01420.12240.0490.1266-22.602645.9784-8.3457
150.03840.05390.02070.09920.03980.0948-0.1118-0.04950.02670.05070.17180.00750.0743-0.0206-00.31670.01590.01840.52980.16870.4035-32.725972.2298-24.2457
16-0.01810.0349-0.0053-0.05820.08170.0337-0.0706-0.0592-0.2105-0.03650.0968-0.1367-0.13090.0048-00.43520.0283-0.04180.46360.03190.4627-25.772584.3493-44.6278
17-0.0177-0.01970.04550.0123-0.0011-0.0021-0.0546-0.04680.00630.036-0.12860.1314-0.0477-0.083300.32460.1114-0.21270.35520.4653-0.1699-34.988974.8515-20.6522
180.02150.0249-0.0621-0.00460.01770.0327-0.06080.07190.23960.08760.1951-0.01120.14380.017400.4412-0.0394-0.00380.41280.00050.4472-20.787693.3331-41.9027
190.04520.02550.09860.0542-0.00680.04280.0373-0.16290.1171-0.28740.13480.190.13570.236200.26930.0208-0.08780.28890.03350.4098-25.40664.7478-49.3477
200.0799-0.05110.0124-0.01690.09220.0468-0.09280.2315-0.28790.26270.0723-0.2693-0.1524-0.1517-00.1705-0.02730.10380.4788-0.04870.4574-29.518475.4807-76.5224
210.0391-0.01340.00850.1508-0.01760.06720.12670.16850.2380.14920.2891-0.27460.3312-0.241200.38490.1161-0.12710.1183-0.13970.2921-50.028552.4903-89.0234
220.24590.0013-0.10760.00710.00610.05130.0158-0.01360.01030.00020.00940.00250.0047-0.01180.00040.79650.11340.05650.6086-0.05430.6148-62.262251.4587-82.8039
230.06630.0289-0.04780.13260.07690.05510.0086-0.029-0.1374-0.0141-0.0615-0.1353-0.1157-0.088200.24610.0061-0.00050.18910.01360.1561-46.435991.6772-53.4074
240.0001-0.02640.0229-0.00740.03440.02250.0873-0.20320.11-0.0562-0.11050.0373-0.1778-0.0732-00.56790.0287-0.10480.4927-0.03950.4486-63.994598.3842-62.1171
250.01070.0160.03210.0084-0.01510.02680.089-0.12970.0624-0.00770.02220.0030.11020.110900.22720.0685-0.02660.26970.03630.2708-44.232391.8397-48.0821
260.12370.0519-0.12310.00770.05340.0435-0.1003-0.05950.0239-0.16420.09450.0586-0.19650.0041-00.67560.0765-0.14150.4002-0.04410.3794-64.7276103.2854-67.7885
270.0260.04370.074-0.08280.1240.01020.2908-0.3183-0.0741-0.1950.28790.24730.1286-0.019600.13330.07250.0192-0.1243-0.11110.0318-69.596467.1599-92.7345
280.0257-0.002-0.03350.0754-0.05040.0666-0.0596-0.05150.0331-0.0424-0.0804-0.0026-0.01020.032400.1751-0.00770.00030.2226-0.00240.1219-54.839382.0642-75.2468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A and resseq 4:84A4 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2Chain A and resseq 85:120A85 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3Chain A and resseq 121:154A121 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4Chain A and resseq 155:215A155 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5Chain A and resseq 236:322A236 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6Chain A and resseq 323:427A323 - 427
7X-RAY DIFFRACTION7Chain A and resseq 428:553A428 - 553
8X-RAY DIFFRACTION8Chain A and resseq 601:603A601 - 603
9X-RAY DIFFRACTION9Chain B and resseq 1:84B1 - 84
10X-RAY DIFFRACTION10Chain B and resseq 85:120B85 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11Chain B and resseq 121:150B121 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12Chain B and resseq 151:247B151 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13Chain B and resseq 248:323B248 - 323
14X-RAY DIFFRACTION14Chain B and resseq 324:422B324 - 422
15X-RAY DIFFRACTION15Chain C and resseq 3:84C3 - 84
16X-RAY DIFFRACTION16Chain C and resseq 85:120C85 - 120
17X-RAY DIFFRACTION17Chain C and resseq 121:154C121 - 154
18X-RAY DIFFRACTION18Chain C and resseq 155:215C155 - 215
19X-RAY DIFFRACTION19Chain C and resseq 236:322C236 - 322
20X-RAY DIFFRACTION20Chain C and resseq 323:427C323 - 427
21X-RAY DIFFRACTION21Chain C and resseq 428:554C428 - 554
22X-RAY DIFFRACTION22Chain C and resseq 601:603C601 - 603
23X-RAY DIFFRACTION23Chain D and resseq 7:84D7 - 84
24X-RAY DIFFRACTION24Chain D and resseq 85:120D85 - 120
25X-RAY DIFFRACTION25Chain D and resseq 121:150D121 - 150
26X-RAY DIFFRACTION26Chain D and resseq 151:247D151 - 247
27X-RAY DIFFRACTION27Chain D and resseq 248:323D248 - 323
28X-RAY DIFFRACTION28Chain D and resseq 324:427D324 - 427

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る