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万見
- PDB-5ur7: Crystal structure of engineered CCL20 disulfide locked dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ur7
タイトルCrystal structure of engineered CCL20 disulfide locked dimer
要素C-C motif chemokine 20
キーワードIMMUNE SYSTEM / CCL20 / chemokine / Macrophage Inflammatory Protein-3 alpha / MIP3-alpha / chemotaxis / psoriasis / locked dimer / cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis ...thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ISOPROPYL ALCOHOL / C-C motif chemokine 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.0004 Å
データ登録者Getschman, A.E. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI058072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM097381 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)RO1 AR063091 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Protein engineering of the chemokine CCL20 prevents psoriasiform dermatitis in an IL-23-dependent murine model.
著者: Getschman, A.E. / Imai, Y. / Larsen, O. / Peterson, F.C. / Wu, X. / Rosenkilde, M.M. / Hwang, S.T. / Volkman, B.F.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 20
B: C-C motif chemokine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4758
ポリマ－16,1192
非ポリマー3556
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.679, 71.679, 71.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細Dimer confirmed by non-reducing SDS-PAGE analysis, mass spectrometry

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 20 / Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage ...Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / MIP-3-alpha / Small-inducible cytokine A20


分子量: 8059.634 Da / 分子数: 2 / 変異: S64C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL20, LARC, MIP3A, SCYA20 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78556
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1 M sodium HEPES, 25% v/v 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14186 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 22.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.169 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.039.50.20813601.031100
2.03-2.0710.20.191.051199.4
2.07-2.1110.20.1781.132199.7
2.11-2.1510.20.1561.1111100
2.15-2.210.20.1251.194199.9
2.2-2.2510.20.1191.219199.9
2.25-2.3110.30.1121.217199.9
2.31-2.3710.40.1011.2271100
2.37-2.4410.30.0931.2191100
2.44-2.5210.40.0851.21100
2.52-2.6110.40.0751.221100
2.61-2.7110.40.061.121100
2.71-2.8410.50.0541.1341100
2.84-2.9910.50.0491.2221100
2.99-3.1710.50.0381.1541100
3.17-3.4210.50.0311.1251100
3.42-3.7610.60.0281.1961100
3.76-4.3110.60.0231.0851100
4.31-5.4310.60.0211.0381100
5.43-5010.20.0251.461199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å46.89 Å
Translation2 Å46.89 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
HKL-2000708cデータ収集
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000708cデータ削減
HKL-2000708cデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CCL20 (PDB ID 1M8A)

1m8a


解像度: 2.0004→46.892 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.44
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 1398 9.95 %Random selection
Rwork0.1598 ---
obs0.1634 14051 99.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.65 Å2 / Biso mean: 26.3401 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.0004→46.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 24 104 1194
Biso mean--48.52 32.9 -
残基数----132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8661516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.677690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0004-2.07190.24891340.17841226136098
2.0719-2.15490.21441430.16741273141698
2.1549-2.2530.19221430.14761244138799
2.253-2.37170.20751410.1561241138299
2.3717-2.52030.21681360.15941266140299
2.5203-2.71490.21981450.16551263140899
2.7149-2.98810.21731380.180812761414100
2.9881-3.42030.19551390.158812661405100
3.4203-4.30880.19551400.144112981438100
4.3088-46.90460.15791390.16213001439100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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