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- PDB-3md2: Crystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3md2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus (A/California/04/2009 (H1N1)) | ||||||
![]() | matrix protein 1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SWINE FLU / H1N1 / INFLUENZA A VIRUS / M1 | ||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Q. / Kloss, B. / Skowronski, E.S. / Height, J. / Love, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus (A/California/04/2009 (H1N1)) Authors: Liu, Q. / Kloss, B. / SKOWRONSKI, E.S. / Height, J. / Love, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 227.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 184.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 454.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2z16S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 17232.914 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 2-158 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M Ammonium dihydrogen Phosphate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97904 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→40 Å / Num. obs: 23637 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3043 / % possible all: 84.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2Z16 Resolution: 2.2→34.868 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.04 / σ(I): 0 / Phase error: 26.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.881 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→34.868 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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