PDB-5uqh: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqh

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor p182

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / purine nucleotide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis in the presence of TBK6
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Gu, M. / Sacchettini, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqh.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqh.ent.gz	904.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqh_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqh_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	5uqh_validation.xml.gz	103.8 KB	表示
CIF形式データ	5uqh_validation.cif.gz	140.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5upuC 4r7jS 4mz1 4mz8 5upv 5upx 5upy 5uqf 5uqg 5urq 5urs 7mtx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mz1-1 5uqg-1 5urq-1 5uqg-2 5urq-2 4mz1-2 5uqf-3 4mz8-1 4r7j-1 5uqf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90781

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

356 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

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H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.441, 141.281, 121.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 43524.820 Da / 分子数: 8 変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with a glycine 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター), (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター) 遺伝子: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic 参照: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 43524.820 Da / 分子数: 8
変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with a glycine
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター), (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)
遺伝子: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic
参照: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 623分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-8L1 / N-{4-chloro-3-[4-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]phenyl}-N'-(2-{3-[(1E)-N-hydroxyethanimidoyl]phenyl}propan-2-yl)urea 分子量: 496.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀ClF₃N₄O₂S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 10 % (v/v) 2-propanol, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 163771 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 7421 / CC_1/2: 0.704 / R_sym value: 0.538 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R7J

4r7j

解像度: 2.201→46.721 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2127	7426	4.93 %	random
R_work	0.1715	-	-	-
obs	0.1736	150699	90.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→46.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21304	0	480	593	22377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	22077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	29807
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.139	8172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2014-2.2265	0.3152	77	0.2347	1590	X-RAY DIFFRACTION	30
2.2265-2.2526	0.2759	136	0.2274	2427	X-RAY DIFFRACTION	46
2.2526-2.2801	0.2656	159	0.2181	2836	X-RAY DIFFRACTION	54
2.2801-2.309	0.2732	195	0.2289	3311	X-RAY DIFFRACTION	64
2.309-2.3394	0.2783	190	0.2199	3793	X-RAY DIFFRACTION	72
2.3394-2.3714	0.2803	184	0.2174	4085	X-RAY DIFFRACTION	77
2.3714-2.4053	0.2669	235	0.2134	4460	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4053-2.4412	0.2716	266	0.2196	4806	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4412-2.4793	0.2654	261	0.2105	5048	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4793-2.52	0.2633	263	0.2097	5211	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.5634	0.3041	245	0.2078	5229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5634-2.61	0.2471	255	0.1963	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.6602	0.2451	272	0.1951	5294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6602-2.7145	0.2478	273	0.2004	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7145-2.7735	0.2594	291	0.2083	5283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7735-2.838	0.2456	265	0.2023	5246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-2.909	0.269	305	0.2007	5264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.909-2.9877	0.2275	286	0.206	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9877-3.0756	0.2626	268	0.2018	5316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0756-3.1748	0.2447	276	0.1955	5247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1748-3.2882	0.2229	314	0.1885	5230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2882-3.4199	0.2434	260	0.1862	5282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4199-3.5755	0.2149	300	0.1746	5283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5755-3.7639	0.191	247	0.1601	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7639-3.9996	0.1853	285	0.1455	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9996-4.3082	0.161	271	0.13	5318	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3082-4.7414	0.1571	264	0.1241	5301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7414-5.4266	0.1692	263	0.1321	5329	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4266-6.8335	0.1828	258	0.1495	5349	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8335-46.7313	0.1439	262	0.1388	5379	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2063	0.5471	0.1363	1.221	0.0847	1.1903	-0.0326	0.068	-0.3353	-0.03	-0.0125	-0.1714	0.0722	0.1202	0.0608	0.1913	0.0138	0.0232	0.2117	-0.0386	0.2211	40.4348	-53.6798	18.3632
2	2.1406	0.5368	-0.1031	4.8076	-1.5443	2.5325	-0.0628	-0.2717	-0.2266	0.4085	-0.0722	-0.3414	0.0678	0.3203	0.1459	0.1731	0.0502	-0.0504	0.3827	0.033	0.3494	57.0581	-52.7222	25.3826
3	1.3035	0.2531	0.0795	0.7516	-0.3924	0.6669	-0.0467	0.1755	-0.2092	-0.1027	-0.0137	-0.1546	0.0557	0.1625	0.0544	0.2014	-0.0085	0.0321	0.2823	-0.0525	0.2389	45.2993	-46.7518	13.2026
4	1.6511	-0.1796	-0.2244	1.6804	-0.2074	1.3473	-0.0034	0.0115	0.0786	0.1982	0.0724	-0.332	-0.2216	0.2938	0.0068	0.1908	-0.0402	-0.006	0.312	-0.0596	0.2031	43.717	-38.9884	21.7495
5	2.6742	-0.1861	-0.3116	1.1796	-0.0479	2.314	0.0564	0.0215	-0.0227	0.0095	-0.0141	-0.1357	0.0487	-0.1281	-0.0657	0.2475	-0.0513	0.0131	0.2365	-0.007	0.3295	23.7884	-54.3421	20.0459
6	7.1319	-0.5495	-0.5184	1.3475	0.4213	0.616	-0.1696	0.0035	-0.076	-0.1088	0.1052	0.0672	0.1844	-0.0767	0.0571	0.3098	-0.0744	-0.0258	0.3242	-0.0308	0.1855	3.3794	-52.3577	8.8813
7	2.4056	0.2808	0.5221	1.8195	-0.5134	2.4738	-0.0164	-0.2794	-0.4865	0.1533	-0.0351	0.1751	0.2684	-0.1987	0.0548	0.2554	-0.0744	0.0658	0.2628	0.057	0.3501	-1.1512	-65.8842	35.4565
8	1.9383	-0.1813	-0.3882	0.7801	-0.141	0.8982	-0.0288	0.0722	-0.5302	-0.0723	0.0001	0.0029	0.2409	-0.0481	0.0194	0.2466	-0.058	-0.0021	0.2132	-0.0346	0.3567	9.3854	-65.6859	21.6461
9	4.5135	1.2338	0.2091	3.5685	2.5006	2.0676	-0.0314	-0.5693	0.1062	0.2061	-0.0676	0.3063	0.1006	-0.1715	0.089	0.2512	-0.0276	-0.0007	0.3816	-0.0085	0.2103	7.28	-45.2452	40.7005
10	0.6091	-0.5446	-0.3929	1.3206	-0.2021	2.2043	-0.0745	-0.209	-0.0904	0.0998	0.0446	-0.0194	0.0335	-0.014	0.0374	0.175	-0.0501	0.0141	0.1767	0.0082	0.2254	5.7454	-51.6548	30.1257
11	2.3725	-0.6527	-0.416	3.0964	0.5722	1.5526	0.0023	-0.1111	0.359	0.14	-0.0999	-0.1803	-0.3466	0.0111	0.1032	0.4043	-0.0735	-0.074	0.4104	-0.0013	0.3439	-0.9931	-44.8554	14.7369
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 0 through 86 )
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 383 through 441 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 442 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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