PDB-5uqe: Multidomain structure of human kidney-type glutaminase(KGA/GLS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqe

タイトル

Multidomain structure of human kidney-type glutaminase(KGA/GLS)

要素

Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Glutaminase / human / kidney-type / KGA / GLS

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Pasquali, C.C. / Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The origin and evolution of human glutaminases and their atypical C-terminal ankyrin repeats.
著者: Pasquali, C.C. / Islam, Z. / Adamoski, D. / Ferreira, I.M. / Righeto, R.D. / Bettini, J. / Portugal, R.V. / Yue, W.W. / Gonzalez, A. / Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqe.cif.gz	472 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqe.ent.gz	388.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqe_validation.pdf.gz	984.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqe_full_validation.pdf.gz	1014.3 KB	表示
XML形式データ	5uqe_validation.xml.gz	80.3 KB	表示
CIF形式データ	5uqe_validation.cif.gz	106.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u0iC 5u0jC 5u0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1872 22639 6u96-d 20183 2xdf-d 1tfy-d 5aii-d 7kwo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

B: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

C: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

D: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

F: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

292 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

B: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

C: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

D: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

F: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

F: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

F: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.420, 144.420, 615.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS / K-glutaminase / L-glutamine amidohydrolase 分子量: 58144.418 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 137-656 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: O94925, glutaminase
#2: 化合物	ChemComp-04A / N,N'-[sulfanediylbis(ethane-2,1-diyl-1,3,4-thiadiazole-5,2-diyl)]bis(2-phenylacetamide) / BPTES / N,N′-[チオビス[エチレン(1,3,4-チアジアゾ-ル-2,5-ジイル)]]ビス(2-フェニルアセトアミド) 分子量: 524.681 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₆O₂S₃

#1: タンパク質

Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS / K-glutaminase / L-glutamine amidohydrolase

分子量: 58144.418 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 137-656 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: O94925, glutaminase

#2: 化合物

ChemComp-04A / N,N'-[sulfanediylbis(ethane-2,1-diyl-1,3,4-thiadiazole-5,2-diyl)]bis(2-phenylacetamide) / BPTES / N,N′-[チオビス[エチレン(1,3,4-チアジアゾ-ル-2,5-ジイル)]]ビス(2-フェニルアセトアミド)

分子量: 524.681 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₆O₂S₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: BIS-TRIS propane 0.1 M pH 6,8; Sodium Formate 1.8 M; Sodium Chloride 0.5 M; BPTES 1.2 mM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.6→49.642 Å / Num. obs: 143726 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / B_iso Wilson estimate: 102.97 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.349 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.357 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
3.6-3.67	20.8	2.214	0.716	0.494	2.269	100
18-49.64	19.8	0.067	0.995	0.015	0.068	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2733	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.6→49.642 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 35.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3127	7160	4.98 %
R_work	0.2743	-	-
obs	0.2762	143726	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18800	0	105	0	18905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	19334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.566	26105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.724	7111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	2856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.6409	0.4371	238	0.4027	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6409-3.6837	0.4329	221	0.4022	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6837-3.7286	0.3941	274	0.3676	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7286-3.7758	0.3534	239	0.3686	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7758-3.8255	0.4109	207	0.367	4547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8255-3.8779	0.3478	272	0.3731	4530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8779-3.9333	0.4268	259	0.3679	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9333-3.9919	0.3473	219	0.3251	4551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9919-4.0543	0.3262	244	0.3182	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0543-4.1207	0.3837	230	0.3255	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1207-4.1917	0.3569	233	0.3213	4551	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1917-4.2679	0.3201	251	0.3068	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2679-4.35	0.3762	252	0.3087	4557	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.4387	0.3654	248	0.3077	4484	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4387-4.5352	0.3294	220	0.2982	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5352-4.6406	0.3203	267	0.2825	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6406-4.7565	0.2959	216	0.2729	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7565-4.885	0.3383	199	0.262	4573	X-RAY DIFFRACTION	100
4.885-5.0287	0.3018	225	0.2757	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0287-5.1908	0.2924	240	0.2507	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1908-5.3761	0.2979	265	0.2568	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3761-5.5911	0.3052	237	0.2616	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5911-5.8452	0.3633	200	0.2646	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8452-6.1528	0.3142	257	0.271	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1528-6.5375	0.3351	249	0.2684	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5375-7.041	0.3129	252	0.2469	4525	X-RAY DIFFRACTION	100
7.041-7.7472	0.2768	236	0.2308	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7472-8.8627	0.2778	247	0.2146	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
8.8627-11.1452	0.2059	226	0.1885	4593	X-RAY DIFFRACTION	100
11.1452-49.6469	0.2627	237	0.2396	4542	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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