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Yorodumi- PDB-1tfy: How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use o... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 1tfy | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use of an oligonucleotide template | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/RNA / CCA-adding Complex / CTP / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationCCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Archaeoglobus fulgidus (archaea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2004Title: Mechanism of transfer RNA maturation by CCA-adding enzyme without using an oligonucleotide template. Authors: Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 1tfy.cif.gz | 385.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb1tfy.ent.gz | 309.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 1tfy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfy | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1sz1C ![]() 1tfwC ![]() 1r89S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 2
NCS ensembles :
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Components
-RNA chain , 4 types, 6 molecules EFHIGJ
| #1: RNA chain | Mass: 4172.542 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #2: RNA chain | Mass: 4461.723 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: RNA chain | | Mass: 3481.146 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #4: RNA chain | | Mass: 2541.577 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
|---|
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #5: Protein | Mass: 51469.137 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Archaeoglobus fulgidus (archaea) / Gene: CCA, AF2156 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 8 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CTP / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 |
| Detector | Detector: CCD |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 38861 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.42 Å / % possible all: 99.4 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1R89 Resolution: 3.2→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 85.655 / SU ML: 0.636 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.612 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 131.197 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→44.28 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Archaeoglobus fulgidus (archaea)
X-RAY DIFFRACTION
Citation












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