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Yorodumi- PDB-1tfy: How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use o... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1tfy | ||||||
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Title | How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use of an oligonucleotide template | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/RNA / CCA-adding Complex / CTP / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Archaeoglobus fulgidus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2004 Title: Mechanism of transfer RNA maturation by CCA-adding enzyme without using an oligonucleotide template. Authors: Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1tfy.cif.gz | 385.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1tfy.ent.gz | 309.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1tfy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1sz1C 1tfwC 1r89S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 2
NCS ensembles :
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-Components
-RNA chain , 4 types, 6 molecules EFHIGJ
#1: RNA chain | Mass: 4172.542 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #2: RNA chain | Mass: 4461.723 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: RNA chain | | Mass: 3481.146 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #4: RNA chain | | Mass: 2541.577 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
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-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#5: Protein | Mass: 51469.137 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus (archaea) / Gene: CCA, AF2156 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25 |
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-Non-polymers , 2 types, 8 molecules
#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CTP / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 |
Detector | Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 38861 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.42 Å / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1R89 Resolution: 3.2→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 85.655 / SU ML: 0.636 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.612 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 131.197 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→44.28 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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