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万見
- PDB-1sz1: Mechanism of CCA-adding enzymes specificity revealed by crystal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sz1
タイトルMechanism of CCA-adding enzymes specificity revealed by crystal structures of ternary complexes
要素
  • T-RNA (76-MER)
  • tRNA nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / CCA-adding enzyme / specificity / tRNA / complex / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.21 Å
データ登録者Xiong, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Mechanism of transfer RNA maturation by CCA-adding enzyme without using an oligonucleotide template.
著者: Xiong, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2004年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: T-RNA (76-MER)
F: T-RNA (76-MER)
A: tRNA nucleotidyltransferase
B: tRNA nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7194
ポリマ－152,7194
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.403, 218.403, 170.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12E
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASPAC1 - 4371 - 437
21METMETASPASPBD1 - 4371 - 437
12GGAAEA1 - 761 - 76
22GGAAFB1 - 761 - 76

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 T-RNA (76-MER)


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 tRNA nucleotidyltransferase / 2.7.7.25 / tRNA adenylyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / CCA-adding enzyme


分子量: 51469.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: (NH4)2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2H2O11
3(NH4)2SO412
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 6.21→50 Å / Num. obs: 10111 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル最高解像度: 6.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1R89

1r89


解像度: 6.21→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.715 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 2.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37962 574 5.4 %RANDOM
Rwork0.36023 ---
obs0.36131 10111 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.21→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7260 3296 0 0 10556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3782.34415706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9695872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18822.784388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.385151390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0021580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.027286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.25116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.27346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3210.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0072.54352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.01547028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77356756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.84788678
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1748tight positional0.010.05
1A1882medium positional0.020.5
2B1648medium positional0.090.5
1A1748tight thermal00.5
1A1882medium thermal0.022
2B1648medium thermal0.062
LS精密化 シェル解像度: 6.214→6.634 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 96 -
Rwork0.401 1724 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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