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- PDB-5uqc: Crystal structure of mouse CRMP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqc
タイトルCrystal structure of mouse CRMP2
要素Dihydropyrimidinase-related protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SUMOylation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


CRMPs in Sema3A signaling / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / Recycling pathway of L1 / positive regulation of glutamate secretion / regulation of neuron differentiation / synaptic vesicle transport / regulation of neuron projection development / cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytosis ...CRMPs in Sema3A signaling / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / Recycling pathway of L1 / positive regulation of glutamate secretion / regulation of neuron differentiation / synaptic vesicle transport / regulation of neuron projection development / cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytosis / nervous system development / myelin sheath / presynapse / growth cone / cell differentiation / cytoskeleton / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / dendrite / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Dihydropyrimidinase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Khanna, M. / Khanna, R. / Perez-Miller, S. / Francois-Moutal, L.
引用ジャーナル: Channels (Austin) / : 2017
タイトル: A single structurally conserved SUMOylation site in CRMP2 controls NaV1.7 function.
著者: Dustrude, E.T. / Perez-Miller, S. / Francois-Moutal, L. / Moutal, A. / Khanna, M. / Khanna, R.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
B: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0203
ポリマ-105,7672
非ポリマー2521
16,808933
1
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
B: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子

A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
B: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,0396
ポリマ-211,5354
非ポリマー5052
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area12550 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area60680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.412, 107.222, 81.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Dihydropyrimidinase-related protein 2 / DRP-2 / Unc-33-like phosphoprotein 2 / ULIP-2


分子量: 52883.629 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 15-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dpysl2, Crmp2, Ulip2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08553
#2: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C11H24O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→39.22 Å / Num. obs: 552156 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / % possible all: 82.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.459
最高解像度最低解像度
Rotation39.18 Å1.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.5.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSE
解像度: 1.78→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.141 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 4698 5 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.137 89737 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.38 Å2 / Biso mean: 23.91 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20.22 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7406 0 17 964 8387
Biso mean--40.03 35.47 -
残基数----961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8191.94910401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.124316855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.96324.699349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.135151318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.261544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 349 -
Rwork0.202 6564 -
all-6913 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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