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- PDB-5upv: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5upv
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis In the presence of G36
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


XMP biosynthetic process / IMP catabolic process / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KV / FORMIC ACID / INOSINIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis In the presence of G36
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Other
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6529
ポリマ－41,6431
非ポリマー1,0108
水2,864159
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,61036
ポリマ－166,5704
非ポリマー4,03932
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area28560 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area43560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.128, 88.128, 84.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH / IMPDH2


分子量: 41642.621 Da / 分子数: 1
変異: the CBS domain (residues 126-252) is replaced with GGLLV
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: guaB, guaB2, Rv3411c, MTCY78.17 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BM21(DE3) magic / 参照: UniProt: P9WKI7, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-8KV / N-{(1S)-1-[3-methoxy-4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]ethyl}-N'-phenylurea


分子量: 337.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N3O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 39240 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1628 / CC1/2: 0.412 / Rsym value: 0.788 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQR

4zqr


解像度: 1.63→35.708 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.75
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1839 1866 4.78 %random
Rwork0.163 ---
obs0.164 39031 97.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→35.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 69 159 2726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8953591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2421593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6301-1.67410.33521300.30792381X-RAY DIFFRACTION81
1.6741-1.72340.33371640.2932655X-RAY DIFFRACTION92
1.7234-1.7790.23391160.24412924X-RAY DIFFRACTION99
1.779-1.84260.27461170.21962913X-RAY DIFFRACTION98
1.8426-1.91640.2231480.19662937X-RAY DIFFRACTION100
1.9164-2.00360.20961380.17332938X-RAY DIFFRACTION100
2.0036-2.10920.20491650.16032900X-RAY DIFFRACTION100
2.1092-2.24130.19851430.15632924X-RAY DIFFRACTION99
2.2413-2.41440.1891240.15612949X-RAY DIFFRACTION100
2.4144-2.65730.18211540.15392926X-RAY DIFFRACTION100
2.6573-3.04160.15861430.15942925X-RAY DIFFRACTION99
3.0416-3.83140.16641970.15162874X-RAY DIFFRACTION98
3.8314-35.71620.15691270.14372919X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0421-2.54731.24362.5937-2.07531.7005-0.12320.8582-0.0104-0.33380.19120.15060.02820.1306-0.14850.2668-0.02220.02050.2775-0.00550.1781-6.280610.0792-16.8177
20.8768-0.32770.04661.63780.14750.6412-0.0105-0.05920.26980.06160.0094-0.2177-0.15710.0911-0.00480.2512-0.0294-0.00860.2395-0.00670.28319.507330.67390.4477
31.7721-0.56860.07350.67170.25150.67630.01950.05220.0727-0.0034-0.0249-0.0196-0.09610.02130.01970.2392-0.0062-0.00610.20740.00270.219112.236722.5951-6.4384
43.48-0.41560.5933.374-2.02794.54720.1599-1.0098-0.20010.8842-0.04160.0270.02-0.5205-0.05440.4383-0.0178-0.04610.52060.05570.240914.784419.909719.012
58.722-0.57533.62191.6809-0.55293.6892-0.0908-0.7729-0.10730.21530.18290.3487-0.2964-0.3209-0.060.3371-0.01180.00460.3607-0.01750.22486.120824.353413.2255
62.60230.0830.31072.59891.36071.87020.0042-0.1032-0.12620.08790.0522-0.15820.04720.0818-0.07510.18440.00660.00120.16630.02730.204623.21779.4745-3.5946
71.39340.8323-0.06212.82040.07170.8307-0.1086-0.4292-0.01640.15380.0933-0.1280.24330.4308-0.04281.3534-0.10310.08931.0546-0.11910.945416.5233-0.802710.2294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 303 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 304 through 396 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 397 through 422 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 423 through 469 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 470 through 508 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 509 through 526 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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