PDB-5uog: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uog

タイトル

Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in apo form

要素

NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase / NADP / NYSGRC / Sinorhizobium meliloti / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Cooper, D.R. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_ec / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uog.cif.gz	496 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uog.ent.gz	407.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uog_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uog_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	5uog_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	5uog_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4weqC 4z0pC 5j23SC 5unnC 5v6qC 5v72C 5v7gC 5v7nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v7n-1 5j23-2 5v72-2 2wwr-1 4u6s-1 1wwk-d 5v7g-1 6v89-1 5v6q-2 6bii-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012132

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

B: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

D: NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.583, 176.583, 135.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	3 - 319	25 - 341
2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	3 - 319	25 - 341
1	2	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	3 - 319	25 - 341
2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	3 - 319	25 - 341
1	3	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	3 - 318	25 - 340
2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	3 - 318	25 - 340
1	4	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	3 - 319	25 - 341
2	4	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	3 - 319	25 - 341
1	5	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 318	24 - 340
2	5	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 318	24 - 340
1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	3 - 318	25 - 340
2	6	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	3 - 318	25 - 340

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase 分子量: 36830.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: SMc04462 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92LZ4, hydroxypyruvate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #61 (0.1 M ...詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #61 (0.1 M Citric acid pH=3.5, 2 M Ammonium sulfate) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). The protein was crystallized with the His-tag

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP and 5 mM NADPH were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #61 (0.1 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月8日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.505
1	1	K, H, -L	2	0.495

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 61899 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 56.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.073 / R_sym value: 0.061 / Χ²: 1.117 / Net I/av σ(I): 22.7 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.4-2.44	3.2	0.63	2	3113	0.685	0.422	0.761	0.63	0.794	100
2.44-2.49	3.2	0.551			0.695	0.37	0.666		0.861	100
2.49-2.53	3.2	0.467			0.774	0.313	0.564		0.839	100
2.53-2.59	3.2	0.418			0.795	0.281	0.505		0.86	100
2.59-2.64	3.2	0.364			0.837	0.244	0.439		0.83	100
2.64-2.7	3.2	0.308			0.891	0.206	0.371		0.876	100
2.7-2.77	3.2	0.244			0.923	0.163	0.294		0.897	100
2.77-2.85	3.2	0.203			0.948	0.136	0.245		0.886	100
2.85-2.93	3.2	0.165			0.962	0.11	0.199		0.938	100
2.93-3.02	3.2	0.138			0.977	0.092	0.166		0.934	100
3.02-3.13	3.2	0.111			0.983	0.074	0.134		0.995	100
3.13-3.26	3.2	0.089			0.987	0.059	0.107		1.05	100
3.26-3.41	3.2	0.075			0.991	0.05	0.09		1.13	100
3.41-3.58	3.2	0.058			0.995	0.039	0.07		1.239	100
3.58-3.81	3.2	0.049			0.995	0.032	0.059		1.391	100
3.81-4.1	3.2	0.047			0.958	0.032	0.057		1.712	100
4.1-4.52	3.2	0.04			0.997	0.026	0.048		1.669	100
4.52-5.17	3.1	0.037			0.997	0.024	0.044		1.596	100
5.17-6.51	3.1	0.036			0.997	0.024	0.043		1.291	100
6.51-50	3.2	0.035			0.996	0.023	0.042		1.606	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J23

5j23

解像度: 2.4→36.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 7.249 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.0544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.041
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1904	2939	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1355	-	-	-
obs	0.1381	58425	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 130 Å² / B_iso mean: 57.536 Å² / B_iso min: 22.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.97 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-12.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	25.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→36.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9325	0	25	972	10322
B_iso mean	-	-	62.77	53.98	-
残基数	-	-	-	-	1271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	9516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.983	13021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.132	3	21434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.533	5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.688	22.819	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.657	15	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.002	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2027

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	38440	0.05
1	2	B	38440	0.05
2	1	A	38560	0.05
2	2	C	38560	0.05
3	1	A	37770	0.05
3	2	D	37770	0.05
4	1	B	37962	0.06
4	2	C	37962	0.06
5	1	B	37970	0.03
5	2	D	37970	0.03
6	1	C	37520	0.06
6	2	D	37520	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	204	-
R_work	0.156	4335	-
all	-	4539	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9722	0.2506	-0.8934	3.6622	0.0039	3.725	0.0199	0.075	0.0386	-0.2943	-0.0455	-0.6429	-0.2296	0.3292	0.0256	0.2075	0.0001	0.0656	0.264	-0.0056	0.1198	68.335	81.475	80.632
2	2.6392	-0.9339	2.3331	2.4534	-1.2492	3.5704	-0.0055	0.0937	0.23	0.0505	0.0729	-0.3578	-0.1523	0.2594	-0.0674	0.1773	-0.0023	0.026	0.2266	-0.0409	0.1631	70.458	83.56	87.352
3	2.272	-0.2748	-0.9886	2.075	-0.0434	2.6899	-0.0369	-0.2141	0.032	0.1904	0.145	-0.1394	0.2724	0.1286	-0.1082	0.233	0.0302	-0.0003	0.2613	0.0053	0.0377	61.487	77.87	93.219
4	0.5332	-0.171	0.0771	0.8434	0.0973	0.9456	-0.0037	-0.0183	-0.0188	0.1457	0.0388	0.078	0.0997	-0.1297	-0.0352	0.2368	-0.0107	0.0041	0.2386	-0.03	0.0408	61.313	47.293	86.276
5	0.5701	-0.6003	-0.3455	2.1073	0.797	0.3718	0.0318	-0.085	0.0105	0.0543	-0.0014	0.0062	-0.0023	-0.0265	-0.0304	0.2384	-0.0035	0.0168	0.2674	-0.0141	0.0409	62.137	69.423	84.848
6	4.1341	2.263	1.243	5.5178	1.2868	6.1086	-0.099	-0.0149	-0.1992	-0.0429	0.1234	-0.2745	0.068	0.274	-0.0244	0.2319	0.0238	-0.0629	0.2273	0.0044	0.1238	63.78	14.663	68.282
7	8.0049	-1.4707	-0.8053	1.4664	-4.163	15.7791	0.432	-0.2471	0.7687	-0.1067	-0.4101	-0.2119	0.0804	1.898	-0.0218	0.2677	-0.0403	0.056	0.6499	-0.2613	0.3402	73.065	14.889	59.066
8	2.2183	0.0133	0.1629	3.2933	0.6832	3.3672	-0.2138	0.2403	0.0142	-0.2727	0.2583	-0.1471	-0.2016	0.3933	-0.0446	0.2303	-0.0751	-0.0524	0.2551	-0.017	0.0546	61.605	18.594	55.223
9	0.3279	-0.3705	-0.0648	1.4213	-0.4743	0.3171	0.1554	0.0905	-0.0563	-0.2947	-0.1089	0.1705	0.052	-0.0476	-0.0466	0.2494	0.0073	-0.0782	0.2798	-0.0482	0.0371	58.787	50.984	66.097
10	0.0755	0.155	0.1356	0.9506	0.6443	0.4594	0.045	0.0256	-0.0545	-0.2415	0.0252	-0.0645	-0.1008	0.0033	-0.0702	0.3243	0.0032	-0.0672	0.2586	-0.0354	0.0453	62.463	37.88	59.076
11	1.5659	-0.6588	0.2635	1.4662	0.5489	1.3161	-0.0176	0.055	-0.1799	0.0367	-0.0403	0.1188	0.0785	-0.1668	0.0578	0.2326	-0.0198	0.0136	0.2118	0.0301	0.0659	-16.483	33.126	77.24
12	0.4736	-0.6563	0.3138	0.9676	-0.3906	0.5979	0.0577	-0.01	-0.0325	0.0057	0.0831	0.0063	-0.0232	0.056	-0.1408	0.2556	-0.0153	-0.0548	0.2443	-0.0114	0.0596	12.21	20.725	84.583
13	1.3654	-0.4051	0.6411	0.3434	0.4651	8.2657	0.0857	0.101	0.3707	-0.0395	0.0663	-0.1481	-0.5823	0.3635	-0.1521	0.3193	-0.0505	0.0225	0.2545	0.0766	0.2392	20.308	32.522	78.658
14	1.1753	-0.0266	0.0868	0.4605	-0.1634	1.4021	0.1201	0.1576	0.0946	-0.1329	-0.1112	0.0232	-0.074	0.0816	-0.009	0.241	0.0131	-0.0117	0.2612	0.0029	0.0195	14.556	20.153	71.949
15	1.9824	-1.4797	2.0812	2.3729	-2.0871	3.0683	-0.1372	0.06	0.096	0.1938	0.051	-0.0812	-0.2319	0.2111	0.0861	0.2577	-0.0181	-0.0003	0.2209	0.0204	0.0322	-7.469	41.285	80.188
16	2.9341	1.0497	1.1046	3.5141	-0.1291	0.5098	0.1027	0.1459	-0.4284	-0.1734	0.0471	-0.2408	0.0581	0.0686	-0.1499	0.234	0.0013	-0.0126	0.352	-0.0925	0.08	47.771	6.197	97.263
17	1.3223	0.5031	0.411	1.0284	0.5701	1.0596	0.1901	-0.3139	-0.1788	0.1952	-0.05	-0.1231	0.1681	-0.2386	-0.14	0.1864	-0.0455	-0.0606	0.4113	-0.0318	0.0602	41.098	4.601	108.171
18	0.5718	-0.6391	-0.1938	0.7891	0.1544	0.1374	-0.1004	-0.0724	0.0667	0.1083	0.1332	-0.0727	-0.025	-0.0096	-0.0327	0.2915	-0.02	-0.0561	0.2658	-0.0225	0.0746	12.176	22.219	93.374
19	13.5119	2.7612	1.9809	1.1934	1.656	2.7858	0.0287	0.0576	0.5478	0.1554	0.2099	-0.0509	0.321	0.4272	-0.2387	0.3368	0.0703	-0.1842	0.3686	-0.1605	0.2841	25.537	34.775	109.482
20	1.4216	-0.5736	0.5337	0.3384	-0.2064	0.2057	-0.1496	-0.2217	-0.0266	0.1537	0.1654	-0.0594	-0.0715	-0.0507	-0.0157	0.3033	0.0279	-0.0759	0.3147	-0.0636	0.0509	23.132	18.759	105.812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	93 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	260 - 319
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	25 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	38 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	94 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	205 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	80 - 154
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	155 - 174
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	175 - 278
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	279 - 319
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-5 - 23
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	24 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	94 - 167
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	168 - 177
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	178 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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