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- PDB-5um0: Crystal structure of 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphogly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5um0
タイトルCrystal structure of 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase from Neisseria gonorrhoeae
要素2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / SSGCID / 2 / 3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / mutase / pyruvate synthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase from Neisseria gonorrhoeae
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
B: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
C: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
D: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5918
ポリマ-107,9914
非ポリマー6004
17,078948
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.580, 73.030, 96.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / dPGM


分子量: 26997.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
: NCCP11945 / 遺伝子: gpmA, NGK_0248 / プラスミド: NegoA.01013.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B4RIY7, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent)
#2: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 948 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition: E10: 20% ammonium tartrate, 20% PEG 3350: NegoA.01013.a.B1.PS38022 at 14.0mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 284241 e10: puck: qsy1-3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月30日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.5 Å / Num. obs: 84511 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.116 % / Biso Wilson estimate: 24.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 14.12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.93.0740.3562.45621362130.870.43599.4
1.9-1.953.1960.2773.2760310.9130.33599.8
1.95-2.013.2970.2254.0458890.9430.2799.5
2.01-2.073.4210.1815.2657210.9610.21699.5
2.07-2.143.7180.1536.7955720.9750.17999.8
2.14-2.214.4670.1368.9253740.9830.154100
2.21-2.294.8230.11111.3951740.9890.12599.9
2.29-2.395.030.10212.550120.9920.11499.9
2.39-2.495.2760.09713.7248130.9930.10799.9
2.49-2.625.6260.0914.945840.9940.1100
2.62-2.766.1450.08317.5343640.9950.09199.8
2.76-2.937.1460.07920.541480.9960.08699.8
2.93-3.137.2360.07322.7538890.9960.079100
3.13-3.387.1850.06725.3536040.9970.07299.9
3.38-3.77.0490.05927.9833400.9970.06499.9
3.7-4.146.9020.05429.7730320.9970.05999.9
4.14-4.786.9130.05130.6727000.9980.055100
4.78-5.856.9890.0530.2822640.9970.05499.9
5.85-8.277.0620.04930.1417820.9980.05399.9
8.27-42.4716.8540.04432.3310050.9970.04798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å43.3 Å
Translation2 Å43.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXdev_2650精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3gp3-A
解像度: 1.85→42.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 2071 2.45 %
Rwork0.1659 --
obs0.1669 84479 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.82 Å2 / Biso mean: 33.4262 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7280 0 50 958 8288
Biso mean--51.87 40.23 -
残基数----918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77410357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.874590
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89310.28061460.22845448559499
1.8931-1.94040.27961400.215654625602100
1.9404-1.99290.27091320.199954585590100
1.9929-2.05150.26551300.192154315561100
2.0515-2.11770.20541310.187754545585100
2.1177-2.19340.2381640.185554675631100
2.1934-2.28120.21511430.173854985641100
2.2812-2.38510.2331390.173454725611100
2.3851-2.51080.22881380.177654825620100
2.5108-2.66810.26361360.186254985634100
2.6681-2.8740.23151390.178855005639100
2.874-3.16320.21751380.172854915629100
3.1632-3.62070.20351200.157355515671100
3.6207-4.56080.1651460.1355355681100
4.5608-42.48240.16061290.149256615790100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8139-1.05780.31036.6007-1.11572.40840.01560.20190.088-0.28610.07480.249-0.007-0.2372-0.06790.11460.00240.01330.20520.01850.189319.2419-6.4009103.3218
21.34030.9556-0.25244.1361-1.3893.8201-0.02730.1566-0.1439-0.32860.06760.09690.4336-0.1069-0.060.1194-0.00430.01070.1867-0.01960.151223.1002-13.4935100.9042
31.51960.3211-0.1511.7604-0.66821.9538-0.02780.0218-0.0531-0.05520.08260.01320.1344-0.1224-0.03810.10570.00730.00180.1161-0.01430.12326.2221-7.0628107.0084
46.1071-1.5484-1.34725.38691.33837.1380.0014-0.1981-0.47570.08850.06550.39490.2749-0.2801-0.03320.3218-0.1195-0.0470.22610.07130.30768.9313-27.0212114.5926
55.03420.3456-0.27372.7925-0.43761.1736-0.0461-0.4102-0.19610.2558-0.0569-0.18670.1805-0.02510.08910.3293-0.0108-0.02130.290.06130.217725.2151-17.4338122.5948
61.71060.4064-0.28542.2547-0.13492.23620.0115-0.19340.09360.122-0.01370.17530.0736-0.2075-0.0010.1220.02070.00790.1799-0.01030.176716.3498-2.0269113.5947
74.0861-0.07230.37918.07193.33387.21190.08840.15070.3706-0.1018-0.18730.3821-0.4107-0.61880.13070.13310.05190.00590.21830.05890.248811.88076.6382105.9861
83.145-0.18870.86583.5033-0.02695.07750.23140.1016-0.3607-0.34970.0504-0.26080.58790.3944-0.23580.12320.01670.05370.1258-0.05350.317549.5351-6.997897.0859
91.45070.39920.15612.3901-0.28311.7909-0.05420.0848-0.2465-0.15030.039-0.12150.12740.07840.01640.10520.00990.02290.1107-0.03420.166143.9691-4.345398.2514
103.15811.4074-0.42156.9420.59590.15420.06980.82220.2139-0.50230.3433-1.03590.14790.1916-0.43230.5411-0.17530.22980.58-0.14330.502859.27618.625680.3719
111.32850.02250.62061.5991-0.48762.1693-0.09420.08450.0418-0.09390.0374-0.2991-0.0920.22110.05910.1255-0.01660.02710.1381-0.03570.1951.79936.0142100.5855
125.9169-0.6811.63947.79432.076.76630.0176-0.0541-0.50190.39330.3815-0.82870.51660.6124-0.35580.17950.0723-0.00770.2053-0.00690.345659.5039-9.6456110.6411
132.92950.16220.28384.99020.31215.86110.0558-0.76040.6775-0.05160.1227-0.1531-0.5764-0.1934-0.12530.3270.0360.06510.3034-0.11320.244246.934329.0869124.9908
142.03940.0121-0.47531.33540.22351.47470.0486-0.50310.44730.1932-0.023-0.011-0.31110.0047-0.00790.26620.009-0.01450.262-0.08580.207646.929223.8094127.7069
155.16231.45120.06471.35670.91142.7522-0.0893-0.33860.1161-0.0003-0.0118-0.2809-0.30740.38630.1370.22010.0069-0.04090.3115-0.01920.228267.266321.0495124.0911
164.87151.68840.74288.3769-2.01534.66460.07820.2502-0.408-0.18840.06710.34690.3116-0.0694-0.14220.2111-0.0132-0.0590.2185-0.01110.317358.43039.5797119.9632
173.78030.5114-0.57791.777-0.00232.47250.0631-0.03140.2902-0.0213-0.05720.0617-0.4942-0.02170.00660.27220.0079-0.02380.1398-0.02120.161249.003824.7717113.644
184.2221-1.2592-0.86123.2579-2.95045.30250.43730.19520.2685-0.7064-0.37640.4718-1.0418-0.3584-0.08960.50310.1154-0.10030.20760.0140.465639.830632.8637110.6498
193.6143-0.8222-1.59691.05011.67372.9823-0.3352-1.01790.24670.45970.4252-0.09690.00080.3665-0.08710.3119-0.0356-0.01290.4824-0.00970.217132.38169.5974142.9207
203.42651.8675-1.54082.8332-1.00110.71590.0421-0.89650.20990.4429-0.1511-0.0928-0.4834-0.1550.11080.32980.03820.00540.4682-0.11670.281723.028819.5005141.5933
217.3716-1.5734-0.37426.24791.10133.3615-0.0327-1.10630.17270.7609-0.3182-0.0168-0.20360.15620.31790.3677-0.1004-0.07140.7803-0.03570.27241.6613.9279146.8607
221.16590.1758-0.28911.72080.02941.45550.0284-0.55850.08560.1573-0.0888-0.0313-0.20630.05550.07190.2276-0.0073-0.01220.364-0.02560.155833.309211.4448136.0359
233.41252.3886-0.37128.38781.04292.35150.3664-0.35890.58010.9436-0.36760.5916-0.0904-0.67160.00490.5605-0.01790.12010.7673-0.09490.60129.107812.2558149.9044
244.23650.261-1.04893.9268-0.40372.08050.0996-0.43930.44120.0734-0.14830.5424-0.1372-0.3347-0.00130.23140.0559-0.04950.4298-0.12810.320614.496414.6148132.4477
253.07570.9208-2.54274.8486-3.72639.1861-0.0012-0.2329-0.3247-0.1217-0.29660.11670.1817-0.02030.2630.2490.0584-0.01410.34-0.06540.263217.219910.1856126.9077
264.0877-0.51360.34512.70290.06842.66840.0545-0.2852-0.34590.0604-0.04920.08890.0345-0.0345-0.02340.1990.0028-0.00410.27250.02850.177230.65460.0851131.6298
272.52750.6397-0.5723.9788-0.18331.39970.2768-0.8467-0.22520.8428-0.16120.0469-0.0214-0.0417-0.10660.3971-0.07320.00590.57420.0850.264826.2856-0.8136144.2411
285.66051.16743.63825.22072.31462.95160.4637-0.9906-0.9670.7277-0.2118-0.44920.74920.5148-0.33180.4222-0.0308-0.07340.72370.26820.463138.0711-6.7487142.1064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 16 )A-2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 44 )A17 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 96 )A45 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 113 )A97 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 150 )A114 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 210 )A151 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 211 through 227 )A211 - 227
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -2 through 17 )B-2 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 96 )B18 - 96
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 97 through 114 )B97 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 115 through 210 )B115 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 211 through 227 )B211 - 227
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid -2 through 16 )C-2 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 17 through 96 )C17 - 96
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 97 through 137 )C97 - 137
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 138 through 150 )C138 - 150
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 151 through 210 )C151 - 210
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 211 through 227 )C211 - 227
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 0 through 15 )D0 - 15
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 16 through 28 )D16 - 28
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 29 through 44 )D29 - 44
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 45 through 96 )D45 - 96
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 97 through 114 )D97 - 114
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 115 through 137 )D115 - 137
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 138 through 150 )D138 - 150
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 151 through 181 )D151 - 181
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 182 through 210 )D182 - 210
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 211 through 227 )D211 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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