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- PDB-5uka: Salmonella typhimurium AhpC E49Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uka
タイトルSalmonella typhimurium AhpC E49Q mutant
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年1月24日ID: 4XS8
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,51914
ポリマ－103,2015
非ポリマー3189
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.902, 171.950, 135.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase


分子量: 20640.203 Da / 分子数: 5 / 変異: E49Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: ahpC, STM0608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 MgSO4, 0.1 M MES pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.1 Å / Num. obs: 225895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / CC1/2: 0.2 / Net I/σ(I): 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ma9

4ma9


解像度: 1.9→27.259 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 24.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 11236 4.97 %
Rwork0.1747 --
obs0.1764 225895 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.57 Å2 / Biso mean: 59.2794 Å2 / Biso min: 20.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6442 0 9 542 6993
Biso mean--65.31 55.85 -
残基数----818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2549184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9772432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.92160.40634000.39627025742599
1.9216-1.94430.4033850.377871917576100
1.9443-1.9680.34893690.346171377506100
1.968-1.99290.34354070.33771257532100
1.9929-2.01910.33913950.323671207515100
2.0191-2.04670.32563420.310272177559100
2.0467-2.0760.29023910.298271037494100
2.076-2.10690.28823700.283272137583100
2.1069-2.13980.29483540.274471547508100
2.1398-2.17490.31043390.2771807519100
2.1749-2.21240.27543580.256671697527100
2.2124-2.25260.29583980.265771447542100
2.2526-2.29590.29483320.248372127544100
2.2959-2.34270.24963530.217171477500100
2.3427-2.39370.23083870.205872127599100
2.3937-2.44930.24713910.196470957486100
2.4493-2.51050.24544020.19771347536100
2.5105-2.57830.23424020.181271717573100
2.5783-2.65420.2353520.183971887540100
2.6542-2.73970.22463900.18971807570100
2.7397-2.83760.22044000.180670707470100
2.8376-2.95110.21814020.172771617563100
2.9511-3.08520.22193710.173671497520100
3.0852-3.24760.22123960.175671427538100
3.2476-3.45070.19473570.156571717528100
3.4507-3.71650.18522930.142372147507100
3.7165-4.08940.16963810.132671767557100
4.0894-4.67860.14893720.11371617533100
4.6786-5.88470.14643610.12271487509100
5.8847-27.26150.16613860.146171507536100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.9009 Å / Origin y: 23.5453 Å / Origin z: 120.5624 Å
111213212223313233
T0.2764 Å2-0.0161 Å20.0012 Å2-0.2321 Å2-0.1263 Å2--0.2195 Å2
L0.5695 °20.1124 °20.1462 °2-0.3726 °2-0.385 °2--0.2888 °2
S-0.0031 Å °0.0866 Å °0.0421 Å °0.0262 Å °0.0288 Å °-0.0604 Å °-0.0372 Å °0.0496 Å °0.0109 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 428
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 164
4X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 437
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 163
6X-RAY DIFFRACTION1allC201 - 424
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 164
8X-RAY DIFFRACTION1allD201 - 421
9X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 162
10X-RAY DIFFRACTION1allE201 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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