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- PDB-5ujt: Crystal structure of human HLA-DQ8 in complex with insulin mimoto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ujt
タイトルCrystal structure of human HLA-DQ8 in complex with insulin mimotope binding in register 3
要素
  • (MHC class II ...) x 2
  • insulin mimotope
キーワードIMMUNE SYSTEM / INSULIN / TYPE I DIABETES / T CELL / AUTOIMMUNE DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: C-terminal modification of the insulin B:11-23 peptide creates superagonists in mouse and human type 1 diabetes.
著者: Wang, Y. / Sosinowski, T. / Novikov, A. / Crawford, F. / Neau, D.B. / Yang, J. / Kwok, W.W. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II antigen
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: insulin mimotope
D: MHC class II antigen
E: MHC class II HLA-DQ-beta-1
F: insulin mimotope
G: MHC class II antigen
H: MHC class II HLA-DQ-beta-1
I: insulin mimotope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,19013
ポリマ－134,8999
非ポリマー1,2914
水11,620645
1
A: MHC class II antigen
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: insulin mimotope
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 45.8 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8155
ポリマ－44,9663
非ポリマー8492
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
2
D: MHC class II antigen
E: MHC class II HLA-DQ-beta-1
F: insulin mimotope
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 45.2 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1874
ポリマ－44,9663
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
3
G: MHC class II antigen
H: MHC class II HLA-DQ-beta-1
I: insulin mimotope
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 45.2 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1874
ポリマ－44,9663
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.038, 138.767, 159.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
MHC class II ... , 2種, 6分子 ADGBEH

#1: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 21138.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q5Y7C3
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 22246.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19707

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 648分子 CFI

#3: タンパク質・ペプチド insulin mimotope


分子量: 1581.701 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 15% PEG3350, 100mM Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→79.868 Å / Num. obs: 118542 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JK8

1jk8


解像度: 1.94→79.87 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 5832 4.92 %
Rwork0.209 --
obs0.21 118542 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→79.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9301 0 84 645 10030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09813147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2025701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.9620.36732140.3133629X-RAY DIFFRACTION98
1.962-1.98510.31781900.30483657X-RAY DIFFRACTION98
1.9851-2.00930.31941880.29333714X-RAY DIFFRACTION99
2.0093-2.03480.34531860.29493692X-RAY DIFFRACTION100
2.0348-2.06160.32422100.28323715X-RAY DIFFRACTION100
2.0616-2.08980.31111800.27523706X-RAY DIFFRACTION100
2.0898-2.11970.31142060.26783710X-RAY DIFFRACTION99
2.1197-2.15130.29911960.27493726X-RAY DIFFRACTION100
2.1513-2.18490.32961730.2633738X-RAY DIFFRACTION100
2.1849-2.22070.28482040.26613714X-RAY DIFFRACTION100
2.2207-2.2590.27192250.25843714X-RAY DIFFRACTION100
2.259-2.30010.27531900.24243714X-RAY DIFFRACTION100
2.3001-2.34440.27841780.24963745X-RAY DIFFRACTION100
2.3444-2.39220.30821850.26253738X-RAY DIFFRACTION99
2.3922-2.44420.28512030.25473730X-RAY DIFFRACTION100
2.4442-2.50110.27122000.2213748X-RAY DIFFRACTION100
2.5011-2.56360.24681810.2193782X-RAY DIFFRACTION100
2.5636-2.6330.26311880.21653721X-RAY DIFFRACTION100
2.633-2.71040.26731780.20943768X-RAY DIFFRACTION100
2.7104-2.79790.22692010.20023776X-RAY DIFFRACTION100
2.7979-2.89790.25271850.20283804X-RAY DIFFRACTION100
2.8979-3.0140.22571880.2043780X-RAY DIFFRACTION100
3.014-3.15120.22341900.19823755X-RAY DIFFRACTION100
3.1512-3.31730.20422000.18453787X-RAY DIFFRACTION100
3.3173-3.52510.20771830.1853748X-RAY DIFFRACTION99
3.5251-3.79730.17632050.17893816X-RAY DIFFRACTION100
3.7973-4.17940.19531840.16773829X-RAY DIFFRACTION100
4.1794-4.78410.17352010.1473857X-RAY DIFFRACTION100
4.7841-6.02720.21882170.18163882X-RAY DIFFRACTION100
6.0272-79.93520.23242030.22214015X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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