PDB-5ujf: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Red...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ujf

タイトル

Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Reductase Bound p218 Inhibitor

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHFR / Folate / p218 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Dihydrofolate Reductase Bound p218 Inhibitor
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ujf.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ujf.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ujf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ujf_validation.pdf.gz	754.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ujf_full_validation.pdf.gz	754.4 KB	表示
XML形式データ	5ujf_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	5ujf_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1df7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z6k-d 5z6j-d 2vm6-d 6dds-1 4pth-d 6nnd-2 4x5g-2 6nni-2 3dat-d 1rx2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MytuD.01062.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.490, 59.490, 102.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19963.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MMV / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid / P-218 分子量: 360.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄N₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystal Screen HT condition C6: 200mM Ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 8000, protein conc. 10 mg/ml, cryo 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 9811 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.468 % / B_iso Wilson estimate: 45.28 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 29.29

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.613	0.567	4.13	710	0.924	0.608	99.9
2.36-2.42	7.657	0.462	4.95	706	0.962	0.496	100
2.42-2.49	7.655	0.38	6.05	667	0.967	0.408	100
2.49-2.57	7.644	0.29	7.64	655	0.972	0.312	100
2.57-2.66	7.62	0.227	9.39	623	0.985	0.244	100
2.66-2.75	7.611	0.184	11.83	628	0.99	0.197	100
2.75-2.85	7.582	0.141	14.58	605	0.994	0.152	100
2.85-2.97	7.614	0.107	18.51	578	0.996	0.114	100
2.97-3.1	7.563	0.075	24.46	533	0.998	0.08	100
3.1-3.25	7.539	0.061	30.4	523	0.998	0.065	100
3.25-3.43	7.523	0.045	37.98	511	0.999	0.049	100
3.43-3.64	7.471	0.04	43.12	480	0.999	0.043	100
3.64-3.89	7.446	0.031	52.82	448	0.999	0.033	100
3.89-4.2	7.39	0.026	61.75	428	0.999	0.028	100
4.2-4.6	7.242	0.024	68.24	400	1	0.026	100
4.6-5.14	7.213	0.023	71.14	356	0.999	0.025	100
5.14-5.94	7.215	0.022	67.5	331	1	0.024	100
5.94-7.27	6.864	0.023	68.78	272	1	0.025	100
7.27-10.29	6.596	0.018	76.2	225	1	0.019	100
10.29-50	5.5	0.018	69.54	132	1	0.02	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: dev_1615)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1df7

1df7

解像度: 2.3→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	542	5.53 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1814	9803	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.34 Å² / B_iso mean: 57.14 Å² / B_iso min: 27.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	45	29	1272
B_iso mean	-	-	55.12	48.26	-
残基数	-	-	-	-	161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	1737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.426	433

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.3001-2.5315	0.2668	106	0.2247	2288
2.5315-2.8978	0.2337	162	0.2075	2252
2.8978-3.6507	0.2477	132	0.1914	2308
3.6507-50	0.2109	142	0.1583	2413

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7307	-0.4647	-0.1317	1.861	0.7251	2.9169	0.2238	-0.1802	0.103	0.3955	-0.0306	-0.1126	0.1678	-0.1473	-0.2003	0.3619	-0.0892	-0.0193	0.2781	-0.0182	0.3304	20.8634	-23.0785	-6.3324
2	1.4612	0.0805	0.5424	3.6394	-2.6452	8.298	0.0713	0.0703	-0.4652	0.1501	0.1262	-0.0579	1.8264	-0.1633	-0.1743	0.6243	-0.0317	-0.0775	0.334	-0.0469	0.4451	25.5202	-31.2864	-3.7233
3	8.2344	0.7155	-1.4741	2.3158	-2.5284	4.6702	-0.2404	0.6134	-2.1448	-0.4095	0.2913	-0.4919	1.8779	-0.4169	-0.0377	1.161	-0.1141	-0.0509	0.5016	-0.0834	0.8015	23.6018	-38.7063	-4.0722
4	7.3735	1.1172	0.2236	6.875	1.3486	5.5033	0.5012	-0.5817	-1.1428	0.3884	-0.5102	0.056	1.5426	-0.4621	-0.1867	1.074	-0.0972	-0.1293	0.5744	0.1924	0.6376	21.2516	-37.2528	8.3665
5	8.9235	0.1221	-5.0431	7.1606	4.8917	6.3539	0.302	-2.2294	0.3489	-0.3083	0.7306	0.11	-0.3089	1.784	-0.2563	1.426	-0.3234	-0.2942	0.9769	0.2636	0.4814	26.8235	-31.6515	12.3245
6	2.5021	1.1974	0.4383	2.8957	1.3612	6.9357	0.2049	-0.3281	-0.1028	0.5795	0.0247	-0.0088	0.1533	0.609	-0.237	0.4323	-0.0898	-0.012	0.3086	-0.0556	0.345	26.9175	-21.9791	1.7711
7	6.837	3.063	-5.0245	3.0173	-3.0469	4.1298	1.187	0.8861	1.5142	0.884	0.5486	1.9395	-0.9891	-1.7214	-1.6829	0.5427	0.0533	0.1115	0.6988	0.0875	0.9292	10.5643	-18.1606	-10.2141
8	1.2507	1.1808	2.5301	5.2539	2.3792	5.3183	-0.5015	0.5408	0.2442	-0.3342	0.4776	-0.2923	-0.4039	0.7058	0.0603	0.5408	-0.173	0.0311	0.4087	-0.0277	0.3502	26.7199	-11.5583	-0.9774
9	2.5586	-0.2707	-0.9229	1.7076	-1.9338	4.8486	-0.2275	-0.1025	0.3693	-0.3905	-0.1893	-0.1743	-1.4977	0.2012	0.1379	0.3466	-0.064	0.0571	0.421	-0.0786	0.3724	27.9496	-17.2446	-13.8294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 24 )	A	-1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 49 )	A	25 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 60 )	A	50 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 76 )	A	61 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 87 )	A	77 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 88 through 115 )	A	88 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 125 )	A	116 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 139 )	A	126 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 159 )	A	140 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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