+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uig | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of adenosine A2A receptor bound to a novel triazole-carboximidamide antagonist | ||||||
![]() | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a | ||||||
![]() | ADENOSINE BINDING PROTEIN / Adenosine / A2A receptor / GPCR / vapor diffusion / allosteric / Parkinson's disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / axolemma / asymmetric synapse / membrane depolarization / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / neuron projection morphogenesis / excitatory postsynaptic potential / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, B. / Bachhawat, P. / Ling-Hon Chu, M. / Ceska, T. / Sands, Z. / Lebon, F. / Kobilka, T.S. / Kobilka, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the adenosine A2A receptor bound to an antagonist reveals a potential allosteric pocket. 著者: Sun, B. / Bachhawat, P. / Chu, M.L. / Wood, M. / Ceska, T. / Sands, Z.A. / Mercier, J. / Lebon, F. / Kobilka, T.S. / Kobilka, B.K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 975.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 988.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4eiyS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49540.879 Da / 分子数: 1 変異: M1007W, H1102I, R1106L,M1007W, H1102I, R1106L,M1007W, H1102I, R1106L 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein is a chimera with BRIL inserted between L208 and E219 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-EDT / {[-( |
#3: 化合物 | ChemComp-MES / |
#4: 化合物 | ChemComp-8D1 / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.045 M MES, 0.045 M MgCl2, 28% PEG400, 5% Jeffamine M-600 (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→131.22 Å / Num. obs: 18101 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 11 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4EIY 解像度: 3.5→131.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.59 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.781 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.5→131.22 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|