[日本語] English
万見
- PDB-5ugv: DapB from Mycobacterium tuberculosis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugv
タイトルDapB from Mycobacterium tuberculosis
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / lysine biosynthesis / DapB
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / NADH binding / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / NAD binding / NADP binding ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / NADH binding / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / NAD binding / NADP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pote, S.P. / Mank, N. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus.
著者: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7707
ポリマ－57,0472
非ポリマー1,7235
水1,63991
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,54014
ポリマ－114,0934
非ポリマー3,44710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area15250 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.507, 88.566, 77.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 242 / Label seq-ID: 25 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase


分子量: 28523.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: dapB, MRA_2798 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A5U6C6, UniProt: P9WP23*PLUS, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 27944 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1353 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 0.798 / Rsym value: 0.652 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YL6

1yl6


解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19982 1400 5 %RANDOM
Rwork0.16496 ---
obs0.16679 26507 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.517 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2--2.41 Å2-0 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 102 91 3772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.9965127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.76638305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6725487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08623.714140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42815551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8771524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.353.4741954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3393.4741953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6635.2012439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6655.2032440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6174.1311798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6154.1311798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6966.0122689
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.60728.8763779
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.60628.883780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27452 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.254→2.312 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 89 -
Rwork0.25 1787 -
obs--89.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9465-0.2043-0.52092.1589-1.09023.4958-0.08790.1360.0320.1276-0.0813-0.0896-0.13440.45510.16910.0443-0.0617-0.05410.23960.03550.089862.93262.6363.769
22.5432.09870.32133.58652.53924.08780.14220.0939-0.16070.2760.1198-0.38910.07010.2175-0.2620.14520.0715-0.09350.084-0.02960.224259.9349.19927.362
31.97650.6643-0.60274.25090.99461.2530.155-0.0081-0.32060.52690.0353-0.66420.05810.1477-0.19040.17230.0653-0.15420.0736-0.05760.285957.21940.9929.425
41.34831.6741-1.52552.4283-1.72243.72020.04530.14420.07780.26330.15470.0115-0.34660.1298-0.20.2177-0.0351-0.02940.17380.00210.182853.82960.81216.104
52.5641-0.14860.73041.9621-1.0546.1573-0.0783-0.17170.12830.2066-0.07310.0142-0.4118-0.42120.15130.04080.0148-0.01660.0521-0.0070.037247.60772.19455.229
61.84930.01292.48150.04820.34166.3120.03150.0850.0987-0.0076-0.02140.0134-0.08440.1798-0.01020.16430.00620.02580.0922-0.03070.128447.11162.6932.46
72.1521.4721-0.37533.0829-0.59732.30110.19370.06860.40450.5973-0.03840.5668-0.3895-0.1893-0.15540.28050.08380.1310.06680.0380.306134.83856.78628.479
80.81750.17280.17996.2086-0.36024.9426-0.00760.0301-0.0381-0.3352-0.1288-0.19180.21920.28650.13640.04810.00140.02040.03230.01180.093651.55465.00744.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3A162 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4A202 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6B105 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7B122 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8B212 - 243

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る