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- PDB-1yl7: the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipico... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1yl7 | ||||||
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Title | the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (Rv2773c) in complex with NADH (crystal form C) | ||||||
![]() | Dihydrodipicolinate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / lysine biosynthesis / dihydrodipicolinate / reductase / NADH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | ![]() 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / NADH binding / cell wall / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NADPH binding / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Janowski, R. / Kefala, G. / Weiss, M.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of dihydrodipicolinate reductase (DapB) from Mycobacterium tuberculosis in three crystal forms. Authors: Janowski, R. / Kefala, G. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 375.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 310 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 73.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 98.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1yl5C ![]() 1yl6C ![]() 1p9lS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Rv2773c occurs as a tetramer. The asymmetric unit contains two independent tetramers ABCD and EFGH. |
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Components
#1: Protein | Mass: 25703.240 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P72024, UniProt: P9WP23*PLUS, EC: 1.3.1.26 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NAI / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris/HCl, 26 % PEG 3350, 140 mM MgCl2 + 3 mM NADH in the protein solution, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8042 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→99 Å / Num. all: 80382 / Num. obs: 80382 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 18.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3491 / % possible all: 76.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1P9L (MONOMER) Resolution: 2.34→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.937 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.261 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: TLS REFINEMENT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.528 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.34→2.466 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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