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- PDB-5ugj: Crystal structure of HTPA Reductase from neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugj
タイトルCrystal structure of HTPA Reductase from neisseria meningitidis
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HTPA Reductase Lysine biosynthesis DHDPR
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Dihydrodipicolinate reductase, conserved site / Dihydrodipicolinate reductase signature. / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Keown, J.K. / Richards, E.W. / Pearce, F.G. / Goldstone, D.C.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly.
著者: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F.
履歴
登録2017年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5534
ポリマ－128,5534
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area42150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.866, 66.748, 133.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLYAA4 - 26537 - 298
21LEULEUGLYGLYBB4 - 26537 - 298
12LEULEUGLYGLYAA4 - 26537 - 298
22LEULEUGLYGLYCC4 - 26537 - 298
13LEULEUGLYGLYAA4 - 26537 - 298
23LEULEUGLYGLYDD4 - 26537 - 298
14PROPROLEULEUBB3 - 26636 - 299
24PROPROLEULEUCC3 - 26636 - 299
15PROPROLEULEUBB3 - 26636 - 299
25PROPROLEULEUDD3 - 26636 - 299
16THRTHRASNASNCC2 - 26735 - 300
26THRTHRASNASNDD2 - 26735 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / HTPA reductase


分子量: 32138.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: dapB, NMB0203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9K1F1, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 mM CaCl2, 0.03 mM MgCl2, 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, and 0.1 M Trizma/BICINE pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.44 Å / Num. obs: 30159 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.832.80.4110.669193.8
8.96-47.442.90.0280.996199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ARZ

1arz


解像度: 2.7→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.881 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.37 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 1592 5.3 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2088 28567 91.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 237.57 Å2 / Biso mean: 62.326 Å2 / Biso min: 15.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20.81 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7776 0 0 36 7812
Biso mean---33.97 -
残基数----1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.94310723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28551056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37424.154325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.587151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5541547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025931
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A139240.16
12B139240.16
21A140800.16
22C140800.16
31A138320.17
32D138320.17
41B148260.12
42C148260.12
51B140560.15
52D140560.15
61C143400.16
62D143400.16
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 119 -
Rwork0.313 2168 -
all-2287 -
obs--93.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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