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- PDB-5ufv: Crystal Structure of a Cellulose-active Polysaccharide Monooxygen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufv
タイトルCrystal Structure of a Cellulose-active Polysaccharide Monooxygenase from M. thermophila (MtPMO3*)
要素Glycoside hydrolase family 61 protein
キーワードHydrolase/OXIDOREDUCTASE / Copper proteins / Oxygen / Fungal proteins / Biocatalysis / Oxidation-Reduction / Hydrolase-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase D
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Span, E.A. / Deller, M.C. / Marletta, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Energy Biosciences Institute022711 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: The Role of the Secondary Coordination Sphere in a Fungal Polysaccharide Monooxygenase.
著者: Span, E.A. / Suess, D.L.M. / Deller, M.C. / Britt, R.D. / Marletta, M.A.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
C: Glycoside hydrolase family 61 protein
D: Glycoside hydrolase family 61 protein
E: Glycoside hydrolase family 61 protein
F: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,75212
ポリマ－152,3706
非ポリマー3816
水5,314295
1
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4592
ポリマ－25,3951
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.937, 134.302, 79.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIC / Beg label comp-ID: HIC / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 228 / Label seq-ID: 1 - 228

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999981, 0.002231, -0.005684), (-0.001878, -0.998111, -0.061414), (-0.00581, -0.061402, 0.998096)123.729622, 96.395447, 3.46145
3given(0.203696, -0.628624, -0.750559), (0.574216, 0.697637, -0.428462), (0.792959, -0.343707, 0.503072)50.86433, 45.534679, -36.938599
4given(-0.199567, 0.555324, 0.807334), (0.781281, -0.407099, 0.47315), (0.591417, 0.725179, -0.35262)60.197929, 18.703251, -16.54344
5given(0.169741, 0.593623, 0.786638), (0.589495, -0.700828, 0.401666), (0.789736, 0.39554, -0.468898)-20.97295, 39.27998, 1.65841
6given(-0.170715, -0.541317, -0.823306), (0.75343, 0.46676, -0.463118), (0.63498, -0.699365, 0.328161)69.956947, 20.63604, 12.18583

-
要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 61 protein


分子量: 25395.045 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_92668 / プラスミド: pCSR1 / 発現宿主: Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: G2QAB5
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9 / 詳細: 18% PEG 6K, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 53718 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/av σ(I): 9.604 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsDiffraction-ID% possible all
2.45-2.544.20.55288197.1
2.54-2.644.70.424199
2.64-2.764.70.353199
2.76-2.94.70.268199
2.9-3.094.60.215199.1
3.09-3.324.40.159197.1
3.32-3.664.80.138199.2
3.66-4.194.70.115199.3
4.19-5.284.50.097197.7
5.28-504.60.086198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2VTC

2vtc


解像度: 2.45→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 19.171 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.238
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 2726 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.1643 50966 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.95 Å2 / Biso mean: 36.512 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-2.04 Å2
2--1.97 Å2-0 Å2
3----1.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10344 0 6 295 10645
Biso mean--35.32 31.64 -
残基数----1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.93214732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.773321890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24251370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14925.217460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65151432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.3541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4742.855474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4742.8495473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3674.276834
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3264 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.410.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.30.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.340.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.440.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.310.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.390.5
1AMEDIUM THERMAL3.542
2BMEDIUM THERMAL2.952
3CMEDIUM THERMAL3.592
4DMEDIUM THERMAL3.532
5EMEDIUM THERMAL3.022
6FMEDIUM THERMAL3.292
LS精密化 シェル解像度: 2.449→2.512 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 194 -
Rwork0.249 3585 -
all-3779 -
obs--94.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6912-0.0457-0.5250.8109-0.05671.2527-0.01130.08150.22910.03520.0212-0.0739-0.07730.0422-0.00990.0089-0.0073-0.01560.01370.02450.069941.40861.08225.793
21.43440.10160.57810.75140.45791.35370.09810.0261-0.12460.1-0.040.02270.1243-0.0408-0.05810.0247-0.0088-0.0160.0196-0.00810.049682.26433.68524.922
30.68040.19660.19840.91390.08021.3176-0.05760.08220.0703-0.06360.0733-0.0242-0.0430.1412-0.01570.0193-0.01340.00320.0360.01030.019256.774-4.76132.019
41.26940.31-0.56570.7768-0.28991.27650.0195-0.120.07840.0024-0.0143-0.0115-0.03780.1274-0.00530.02970.0093-0.01750.0503-0.02250.020461.9053.005-10.039
51.0411-0.0108-0.12570.53030.02130.82010.1068-0.107-0.13510.0431-0.0326-0.05160.05390.026-0.07420.0621-0.0236-0.05290.02480.02560.051342.51231.29946.509
60.46950.15010.45611.0534-0.11921.7389-0.03370.0775-0.07910.05140.1455-0.0702-0.07980.0125-0.11180.01490.01710.0020.0923-0.04750.03644.00224.8019.24
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 228

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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