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- PDB-5ufc: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) Tn4-22 wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufc
タイトルCrystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) Tn4-22 with H-trisaccharide bound
要素Tn4-22
キーワードIMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor
機能・相同性H type 2 antigen, beta anomer
機能・相同性情報
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.888 Å
データ登録者Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates.
著者: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tn4-22
B: Tn4-22
C: Tn4-22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7446
ポリマ－83,1563
非ポリマー1,5883
水4,810267
1
A: Tn4-22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2482
ポリマ－27,7191
非ポリマー5291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tn4-22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2482
ポリマ－27,7191
非ポリマー5291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tn4-22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2482
ポリマ－27,7191
非ポリマー5291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.916, 98.916, 162.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Tn4-22


分子量: 27718.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 2 antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 2 antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 11 mg/mL Tn4-22, 1 mM H-trisaccharide, 85 mM sodium acetate, pH 4.6, 170 mM ammonium acetate, 15% glycerol, 25.5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.888→49.458 Å / Num. obs: 74657 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.7 % / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.888→1.96 Å / Num. measured obs: 57174 / Num. unique all: 6177 / Rpim(I) all: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5UFB

5ufb


解像度: 1.888→49.458 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 3698 5.04 %
Rwork0.1977 --
obs0.1994 73413 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.75 Å2 / Biso mean: 32.69 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.888→49.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5559 0 108 267 5934
Biso mean--29.09 33.09 -
残基数----720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7832291
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8884-1.91320.3775740.35131565163958
1.9132-1.93940.26831460.263527412887100
1.9394-1.96710.26711280.246326742802100
1.9671-1.99650.2931430.241426532796100
1.9965-2.02770.2981410.236527332874100
2.0277-2.06090.27091570.228326782835100
2.0609-2.09650.29141530.234126932846100
2.0965-2.13460.25511490.230126532802100
2.1346-2.17570.29051640.226126842848100
2.1757-2.22010.27251390.226726992838100
2.2201-2.26830.25261520.215327272879100
2.2683-2.32110.27861410.20326832824100
2.3211-2.37910.23751240.210227222846100
2.3791-2.44350.27471410.219727342875100
2.4435-2.51540.2691400.209227172857100
2.5154-2.59660.27571610.220827062867100
2.5966-2.68940.28261390.230727012840100
2.6894-2.7970.28551590.225426992858100
2.797-2.92430.24291430.235627302873100
2.9243-3.07850.27081380.217527482886100
3.0785-3.27130.25051390.227327382877100
3.2713-3.52380.23141520.212927352887100
3.5238-3.87830.19961430.174327682911100
3.8783-4.43920.18311540.15327592913100
4.4392-5.59170.17961260.146828392965100
5.5917-49.47490.15381520.150929363088100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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