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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uf7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MUNC13-1 MUN DOMAIN | ||||||
![]() | Protein unc-13 homolog A | ||||||
![]() | EXOCYTOSIS / ALPHA HELICAL / NEUROTRANSMITTER RELEASE / SNARE MOTIF | ||||||
機能・相同性 | ![]() dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion ...dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / innervation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / syntaxin binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / syntaxin-1 binding / positive regulation of neurotransmitter secretion / Golgi-associated vesicle / synaptic vesicle priming / spectrin binding / neuromuscular junction development / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / excitatory synapse / amyloid-beta metabolic process / calyx of Held / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / terminal bouton / neuromuscular junction / phospholipid binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / presynapse / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / protein domain specific binding / axon / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453 has been removed, addition of two ...Alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453 has been removed, addition of two residues (EF) as cloning artifact. | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Xu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Syntaxin opening by the MUN domain underlies the function of Munc13 in synaptic-vesicle priming. 著者: Yang, X. / Wang, S. / Sheng, Y. / Zhang, M. / Zou, W. / Wu, L. / Kang, L. / Rizo, J. / Zhang, R. / Xu, T. / Ma, C. #1: ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Functional synergy between the Munc13 C-terminal C1 and C2 domains. 著者: Liu, X. / Seven, A.B. / Camacho, M. / Esser, V. / Xu, J. / Trimbuch, T. / Quade, B. / Su, L. / Ma, C. / Rosenmund, C. / Rizo, J. #2: ![]() タイトル: The Crystal Structure of a Munc13 C-terminal Module Exhibits a Remarkable Similarity to Vesicle Tethering Factors 著者: Li, W. / Ma, C. / Guan, R. / Xu, Y. / Tomchick, D.R. / Rizo, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 0 | This entry reflects an alternative modeling of the original data in 4Y21, determined by: Yang, X.Y. ...This entry reflects an alternative modeling of the original data in 4Y21, determined by: Yang, X.Y., Wang, S., Sheng, Y., Zhang, M., Zou, W.J., Wu, L.J., Kang, L.J., Rizo, J., Zhang, R.G., Xu, T., Ma, C. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 323.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62849.934 Da / 分子数: 1 / 断片: MUN DOMAIN (UNP residues 942-1407 and 1453-1531) 変異: Removal of alternatively spliced loop between residues 1407 and 1453, addition of two residues (EF) as cloning artifact. 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.33 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4Y21. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Mg(NO3)2, 0.1 M MES pH 5.8 - 6.3, 0.15 M NaCl, 18-25% PEG 3350, 10% glycerol, 5 mM DTT, 30% ethylene glycol PH範囲: 5.8-6.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.896→39.018 Å / Num. obs: 34107 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 85.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.896→2.95 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SWH 解像度: 2.896→39.018 Å / SU ML: 0.38 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.28
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 293.18 Å2 / Biso mean: 112.1631 Å2 / Biso min: 45.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.896→39.018 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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