PDB-5udj: IFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with Gppp-AAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5udj

タイトル

IFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with Gppp-AAAA

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / mRNA cap / Guanosine-triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of human IFIT1 with capped RNA reveals adaptable mRNA binding and mechanisms for sensing N1 and N2 ribose 2'-O methylations.
著者: Abbas, Y.M. / Laudenbach, B.T. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Habjan, M. / Pichlmair, A. / Damha, M.J. / Pelletier, J. / Nagar, B.

履歴

登録	2016年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5udj.cif.gz	303.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5udj.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5udj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5udj_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5udj_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	5udj_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	5udj_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5udiC 5udkC 5udlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5udk-d 5gk5-2 2zoz-2 5udi-d 3ab3-1 5lc1-2 5udl-d 5lc1-6 6i1f-d 7jwk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(G3A))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
230 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.536, 112.536, 93.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-765- HOH

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56 分子量: 55564.328 Da / 分子数: 1 / 変異: L457E, L464E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖	RNA (5'-D((G3A))-R(PAPAPA)-3') 分子量: 1697.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 94 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 67695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 22.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.69-1.72	12.2	1.9	0.704	1	100
1.72-1.75	13.8		0.787	1	100
1.75-1.78	14.5		0.821	1	100
1.78-1.82	14.7		0.87	1	100
1.82-1.86	14.8		0.9	1	100
1.86-1.9	14.8		0.931	1	100	0.904
1.9-1.95	14.8		0.949	1	100	0.689
1.95-2	14.8		0.968	1	100	0.551
2-2.06	14.8		0.978	1	100	0.418
2.06-2.13	14.8		0.984	1	100	0.327
2.13-2.21	14.9		0.988	1	100	0.274
2.21-2.29	14.8		0.99	1	100	0.226
2.29-2.4	14.8		0.993	1	100	0.187
2.4-2.52	14.9		0.995	1	100	0.153
2.52-2.68	14.8		0.997	1	100	0.124
2.68-2.89	14.8		0.997	1	100	0.107
2.89-3.18	14.8		0.996	1	100	0.11
3.18-3.64	14.6		0.997	1	100	0.085
3.64-4.59	14.5		0.999	1	100	0.064
4.59-50	13.8		0.998	1	99.8	0.061

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2142	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→40.299 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	3325	4.91 %
R_work	0.1591	-	-
obs	0.1602	67662	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.78 Å² / B_iso mean: 30.7515 Å² / B_iso min: 8.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→40.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3760	116	26	382	4284
B_iso mean	-	-	52.96	30.82	-
残基数	-	-	-	-	464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.283	5524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.951	2507

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.689-1.7131	0.3033	124	0.2484	2647	2771
1.7131-1.7387	0.2555	140	0.2361	2624	2764
1.7387-1.7658	0.2597	132	0.2189	2660	2792
1.7658-1.7948	0.2492	137	0.2119	2628	2765
1.7948-1.8257	0.2211	147	0.197	2635	2782
1.8257-1.8589	0.1879	119	0.1841	2643	2762
1.8589-1.8947	0.211	130	0.1803	2675	2805
1.8947-1.9333	0.1911	146	0.1718	2637	2783
1.9333-1.9754	0.216	122	0.1713	2660	2782
1.9754-2.0213	0.1809	147	0.1693	2646	2793
2.0213-2.0719	0.2001	154	0.1675	2633	2787
2.0719-2.1279	0.1852	140	0.1574	2672	2812
2.1279-2.1905	0.1592	129	0.1474	2661	2790
2.1905-2.2612	0.1844	143	0.1399	2648	2791
2.2612-2.342	0.1611	127	0.1436	2700	2827
2.342-2.4358	0.1797	124	0.1413	2683	2807
2.4358-2.5466	0.1832	129	0.1429	2676	2805
2.5466-2.6809	0.1709	142	0.1511	2701	2843
2.6809-2.8488	0.2104	129	0.1563	2693	2822
2.8488-3.0687	0.1831	152	0.1635	2696	2848
3.0687-3.3773	0.1788	155	0.1704	2690	2845
3.3773-3.8657	0.1659	141	0.148	2747	2888
3.8657-4.869	0.1516	154	0.1322	2767	2921
4.869-40.3103	0.1675	162	0.164	2915	3077

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0619	0.1336	0.0026	0.1671	-0.1275	0.1274	-0.0104	0.089	0.0521	-0.0887	-0.0197	-0.0436	-0.0158	0.0975	-0.0025	0.1232	0.0039	-0.0104	0.1505	0.0154	0.1575	46.1348	18.3105	-161.0563
2	0.2154	0.0507	-0.0219	0.2035	-0.0609	0.1625	-0.0155	0.0212	0.172	-0.0149	-0.0088	0.0741	-0.1102	-0.071	0.0034	0.1472	-0.0009	-0.0039	0.1162	-0.0085	0.1905	43.2329	28.7131	-156.2124
3	0.2364	0.2814	-0.099	0.4465	-0.1778	0.6356	-0.0058	-0.04	0.0075	0.042	0.0179	0.0239	0.0366	-0.0296	0.0014	0.1093	0.021	-0.0022	0.102	0.0116	0.1091	30.5827	6.0519	-153.655
4	0.0776	-0.0589	-0.004	0.0391	-0.0074	0.0329	-0.0043	0.1233	-0.0144	0.023	-0.0072	0.1612	0.0802	-0.035	-0.0002	0.1932	-0.0203	-0.0208	0.1581	-0.0087	0.1632	21.7016	-7.4624	-176.7911
5	0.0272	-0.0452	-0.0121	0.0454	-0.0031	0.0477	-0.0834	0.1487	0.0254	-0.0229	0.0845	0.025	-0.0092	-0.0601	-0.0001	0.1765	-0.0403	-0.0103	0.1855	-0.0123	0.1368	24.377	-1.9037	-182.5603
6	0.0335	-0.0694	-0.0017	0.0651	0.0131	0.0256	-0.0795	0.0757	0.0647	-0.0445	0.0759	0.0123	0.0627	0.1565	-0	0.1905	0.0128	-0.0077	0.1658	-0.0091	0.1303	39.1243	-5.1364	-178.37
7	0.1315	-0.0504	0	0.0751	-0.0034	0.1061	0.0307	0.0224	-0.0539	0.0532	0.0652	-0.0433	0.1622	0.1349	0.0717	0.2513	0.0795	-0.0213	0.1908	-0.0389	0.1773	43.052	-16.8448	-173.9806
8	0.1121	0.129	-0.1527	0.2029	-0.2337	0.4811	0.2951	-0.0992	-0.2929	0.0114	-0.0175	0.1425	0.2	-0.2899	0.191	0.3116	0.0163	-0.1291	0.1587	-0.0539	0.3263	46.0497	-32.9201	-170.6066
9	0.0028	0.0009	0.0052	0.0053	-0.0022	0.0067	0.0111	-0.0942	-0.0746	0.0477	0.0354	0.0889	0.0875	0.074	0	0.1927	-0.0055	-0.003	0.1654	0.0009	0.152	32.684	-4.3078	-165.943
10	0.0027	-0.0123	0.0028	0.005	0.0099	0.0089	-0.0986	0.0593	0.0239	0.0153	0.0417	0.0268	0.0085	-0.0398	0.0002	0.1439	0.0206	0.0007	0.1252	0	0.1547	34.6826	8.336	-160.4128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 45 )	A	8 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 127 )	A	46 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 284 )	A	128 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A	285 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 335 )	A	312 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 336 through 373 )	A	336 - 373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 374 through 412 )	A	374 - 412
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 413 through 467 )	A	413 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 4 )	B	2 - 4
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and resid ' 1 '	B	1

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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