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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ucg | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the PP2C Phosphatase Domain and a Fragment of the Regulatory Domain of the Cell Fate Determinant SpoIIE from Bacillus Subtilis | |||||||||||||||
![]() | Stage II sporulation protein E | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / PPM Phosphatase | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() endospore-forming forespore / myosin phosphatase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-serine/threonine phosphatase / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Bradshaw, N. / Levdikov, V. / Zimanyi, C. / Gaudet, R. / Wilkinson, A. / Losick, R. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A widespread family of serine/threonine protein phosphatases shares a common regulatory switch with proteasomal proteases. 著者: Bradshaw, N. / Levdikov, V.M. / Zimanyi, C.M. / Gaudet, R. / Wilkinson, A.J. / Losick, R. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 669.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 564.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38428.723 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 465-809 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: spoIIE, spoIIH, BSU00640 / プラスミド: pET47B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P37475, protein-serine/threonine phosphatase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 mM LiSO4, 8% PEG8000, 0.05 mM NaF, 6% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.9→60 Å / Num. obs: 24917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 42.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 284918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3T91 解像度: 3.906→50.054 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 234.68 Å2 / Biso mean: 93.255 Å2 / Biso min: 19.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.906→50.054 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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