PDB-5ucg: Structure of the PP2C Phosphatase Domain and a Fragment of the Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ucg

タイトル

Structure of the PP2C Phosphatase Domain and a Fragment of the Regulatory Domain of the Cell Fate Determinant SpoIIE from Bacillus Subtilis

要素

Stage II sporulation protein E

キーワード

HYDROLASE / PPM Phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

endospore-forming forespore / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.906 Å

データ登録者

Bradshaw, N. / Levdikov, V. / Zimanyi, C. / Gaudet, R. / Wilkinson, A. / Losick, R.

資金援助

米国,

英国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM18568	米国
Wellcome Trust	082829	英国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG 2051-10	米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund for Medical Research	JCC Fund	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A widespread family of serine/threonine protein phosphatases shares a common regulatory switch with proteasomal proteases.
著者: Bradshaw, N. / Levdikov, V.M. / Zimanyi, C.M. / Gaudet, R. / Wilkinson, A.J. / Losick, R.

履歴

登録	2016年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ucg.cif.gz	669.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ucg.ent.gz	564.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ucg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ucg_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ucg_full_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示
XML形式データ	5ucg_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	5ucg_validation.cif.gz	77.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mqhC 3t91S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h09-1 3h09-2 5mv5-d 20181 5l8q-d 7al3-d 6f5j-d 6nbt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stage II sporulation protein E

E: Stage II sporulation protein E

B: Stage II sporulation protein E

C: Stage II sporulation protein E

D: Stage II sporulation protein E

192 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Stage II sporulation protein E

B: Stage II sporulation protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
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2

E: Stage II sporulation protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Stage II sporulation protein E

D: Stage II sporulation protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.622, 125.622, 330.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Stage II sporulation protein E / Stage II sporulation protein H 分子量: 38428.723 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 465-809 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: spoIIE, spoIIH, BSU00640 / プラスミド: pET47B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: P37475, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

Stage II sporulation protein E / Stage II sporulation protein H

分子量: 38428.723 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 465-809 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: spoIIE, spoIIH, BSU00640 / プラスミド: pET47B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P37475, protein-serine/threonine phosphatase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 mM LiSO4, 8% PEG8000, 0.05 mM NaF, 6% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.9→60 Å / Num. obs: 24917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 284918

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.9-3.97	6.8	1.448	1181	0.847	0.563	1.563	0.992	97.4
3.97-4.04	7.3	1.222	1218	0.736	0.465	1.314	0.999	98.2
4.04-4.12	7.8	1.055	1193	0.676	0.388	1.129	1.006	99.2
4.12-4.2	9.2	1.071	1225	0.735	0.365	1.135	0.987	100
4.2-4.29	10.6	0.903	1206	0.85	0.287	0.949	0.983	99.9
4.29-4.39	11.3	0.836	1213	0.876	0.257	0.875	1.002	99.8
4.39-4.5	12	0.667	1241	0.924	0.199	0.697	1.001	100
4.5-4.62	12.6	0.53	1222	0.963	0.155	0.553	1.021	100
4.62-4.76	12.9	0.46	1231	0.964	0.132	0.478	1.029	100
4.76-4.91	13.1	0.371	1230	0.979	0.106	0.386	1.042	99.9
4.91-5.09	12.8	0.307	1229	0.982	0.089	0.32	1.002	99.9
5.09-5.29	12.3	0.297	1245	0.985	0.087	0.31	1.005	100
5.29-5.53	11.4	0.268	1240	0.986	0.082	0.281	0.997	100
5.53-5.82	13.4	0.255	1233	0.987	0.072	0.265	1.011	100
5.82-6.19	13.4	0.231	1261	0.991	0.065	0.24	0.967	100
6.19-6.67	13.1	0.166	1270	0.994	0.047	0.173	0.982	100
6.67-7.34	12.7	0.103	1269	0.996	0.03	0.108	0.948	100
7.34-8.4	11.3	0.06	1280	0.998	0.019	0.063	0.888	100
8.4-10.57	12.9	0.039	1315	0.999	0.011	0.041	0.821	99.9
10.57-60	11.2	0.031	1415	0.999	0.009	0.033	0.783	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T91

3t91

解像度: 3.906→50.054 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3225	1091	5.06 %
R_work	0.2762	20467	-
obs	0.2786	21558	86.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 234.68 Å² / B_iso mean: 93.255 Å² / B_iso min: 19.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.906→50.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13166	0	0	0	13166
残基数	-	-	-	-	1685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.525	17928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.875	8224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.9061-4.0838	0.3014	52	0.2959	1013	1065	35
4.0838-4.299	0.3817	95	0.2868	1732	1827	60
4.299-4.5682	0.3272	165	0.2807	2751	2916	95
4.5682-4.9206	0.3255	161	0.2555	2905	3066	100
4.9206-5.4153	0.3062	151	0.2657	2930	3081	100
5.4153-6.1976	0.3552	161	0.3285	2946	3107	100
6.1976-7.8036	0.3612	156	0.3178	3014	3170	100
7.8036-50.0582	0.2711	150	0.2372	3176	3326	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0801	0.2901	-0.2512	1.3272	0.5118	1.0279	0.357	0.3336	0.2761	-0.6231	-0.1405	-0.1782	-0.0035	0.6145	-0.19	0.8805	0.2827	0.138	0.8612	0.0736	0.4164	65.0887	-57.5885	-26.2392
2	1.438	0.7442	-0.8201	2.5797	0.3347	2.9035	-0.0102	0.2106	0.253	-0.3512	-0.0629	0.5421	-0.1668	-0.8338	0.197	0.5178	0.1601	0.029	0.5561	-0.1909	0.1386	50.5136	-47.8654	-1.7844
3	0.2763	0.0148	0.1394	1.0136	-0.0619	0.6144	-0.1794	0.1662	0.0058	-0.0595	0.0634	-0.4453	-0.3642	0.5994	0.2003	0.7393	-0.5268	-0.3784	1.2029	0.3336	0.839	18.9878	-3.7848	16.6143
4	2.0837	1.1781	0.6237	1.3741	0.0487	2.7093	-0.5431	0.5093	0.7121	-0.2962	0.452	0.5228	-0.8496	-0.1294	-0.2277	0.4862	-0.2607	-0.0904	0.6395	0.301	0.2054	-10.2808	-8.0358	20.8578
5	1.5676	0.309	-0.2149	0.6471	0.0273	0.3712	0.1232	1.0415	0.0435	-0.5798	-0.001	0.335	-0.3066	-0.256	-0.0961	1.2182	0.1338	-0.5111	1.1893	-0.1192	0.8128	20.075	-58.7846	-32.9643
6	0.2104	0.3766	-0.2689	1.1803	-1.0261	2.7446	-0.0631	0.0805	-0.8097	-0.006	0.0161	-0.4303	-0.0176	0.5752	0.0287	1.0046	0.0334	-0.4669	0.462	-0.1536	1.3229	25.1878	-78.0828	-15.3939
7	0.3441	0.4972	-0.241	1.1563	0.0665	1.0185	-0.0268	0.0387	-0.3851	-0.0215	0.0769	0.2152	0.6881	-0.417	-0.0632	0.8701	-0.2223	-0.4214	0.723	-0.0119	1.7606	-2.6701	-75.3962	4.1754
8	1.2163	0.9006	-1.4874	2.233	-0.8273	2.7262	0.3112	0.213	0.2352	0.1607	-0.2082	1.0456	-0.5492	-0.702	-0.022	1.007	-0.0261	-0.5411	0.7149	-0.095	1.3127	-6.6656	-53.4471	-11.596
9	0.8656	0.0684	0.1541	0.1052	-0.0251	0.8126	0.1521	-0.546	-0.27	0.2724	0.0601	0.6114	0.3513	-0.66	-0.166	0.7772	-0.1183	0.2157	1.0386	0.481	1.0046	-15.6551	-40.2634	32.8598
10	3.1977	0.6579	-0.1333	1.2896	-1.8818	3.5879	0.2285	0.3355	-0.8709	-0.5232	-0.1655	-0.2498	1.0944	0.515	-0.4653	0.4318	0.0846	-0.2945	0.5153	0.2673	0.5837	12.7854	-37.7119	22.1703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 465 through 591 )	A	465 - 591
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 592 through 809 )	A	592 - 809
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 467 through 591 )	E	467 - 591
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 592 through 809 )	E	592 - 809
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 465 through 610 )	B	465 - 610
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 611 through 804 )	B	611 - 804
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 469 through 610 )	C	469 - 610
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 611 through 807 )	C	611 - 807
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 469 through 591 )	D	469 - 591
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 592 through 808 )	D	592 - 808

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)