[日本語] English
万見
- PDB-5uc1: Structural Analysis of Glucocorticoid Receptor beta Ligand Bindin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uc1
タイトルStructural Analysis of Glucocorticoid Receptor beta Ligand Binding Domain Complexed with Glucocorticoid Antagonist RU-486: Implication of Helix 12 in Antagonism
要素Glucocorticoid receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / adrenal gland development ...regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / motor behavior / estrogen response element binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to dexamethasone stimulus / TBP-class protein binding / synaptic transmission, glutamatergic / Hsp90 protein binding / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / nuclear receptor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / nuclear speck / synapse / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-486 / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Heterocephalus glaber (ハダカデバネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Min, J.
引用ジャーナル: Mol. Cell. Biol. / 年: 2018
タイトル: Probing Dominant Negative Behavior of Glucocorticoid Receptor beta through a Hybrid Structural and Biochemical Approach.
著者: Min, J. / Perera, L. / Krahn, J.M. / Jewell, C.M. / Moon, A.F. / Cidlowski, J.A. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,27719
ポリマ－51,2692
非ポリマー4,00717
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.361, 48.361, 385.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor


分子量: 25634.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Heterocephalus glaber (ハダカデバネズミ)
遺伝子: GW7_10599 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5AQS2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 36分子

#2: 化合物 ChemComp-486 / 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE / RU-486 / MIFEPRISTONE / ミフェプリストン


分子量: 429.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35NO2
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.0 and 20 % MPD (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 20767 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.453

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M2Z

1m2z


解像度: 2.351→35.094 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1030 4.98 %
Rwork0.2039 --
obs0.2063 20699 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 57.6788 Å2 / Biso min: 34.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.351→35.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 210 19 3435
Biso mean--60.42 52.9 -
残基数----410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8734776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0162001
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3509-2.47490.36051360.30112575271189
2.4749-2.62990.30051470.2612845299299
2.6299-2.83280.31471520.229428703022100
2.8328-3.11780.30251510.230728202971100
3.1178-3.56850.26881500.214228553005100
3.5685-4.49450.24821430.179928633006100
4.4945-35.09780.2111510.18672841299299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る