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- PDB-5ubc: The structure of the Arabidopsis thaliana Toc75 POTRA domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ubc
タイトルThe structure of the Arabidopsis thaliana Toc75 POTRA domains
要素Protein TOC75-3, chloroplastic
キーワードMEMBRANE PROTEIN / POTRA / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


Toc complex / TOC-TIC supercomplex I / protein targeting to chloroplast / protein import into chloroplast stroma / chloroplast organization / protein-transporting ATPase activity / embryonic morphogenesis / chloroplast envelope / plant-type vacuole / plastid ...Toc complex / TOC-TIC supercomplex I / protein targeting to chloroplast / protein import into chloroplast stroma / chloroplast organization / protein-transporting ATPase activity / embryonic morphogenesis / chloroplast envelope / plant-type vacuole / plastid / chloroplast / intracellular protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chloroplast envelope protein translocase, IAP75 / membrane protein fhac / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TOC75-3, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.862 Å
データ登録者O'Neil, P.K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1K22AI113078-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2RO1-GM061893 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: The POTRA domains of Toc75 exhibit chaperone-like function to facilitate import into chloroplasts.
著者: O'Neil, P.K. / Richardson, L.G.L. / Paila, Y.D. / Piszczek, G. / Chakravarthy, S. / Noinaj, N. / Schnell, D.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TOC75-3, chloroplastic
B: Protein TOC75-3, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2762
ポリマ－72,2762
非ポリマー00
水00
1
A: Protein TOC75-3, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1381
ポリマ－36,1381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein TOC75-3, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1381
ポリマ－36,1381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.368, 50.453, 94.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein TOC75-3, chloroplastic / 75 kDa translocon at the outer-envelope-membrane of chloroplasts 3 / AtTOC75-III


分子量: 36137.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TOC75-3, TOC75, At3g46740, T6H20.230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9STE8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES:NaOH, pH7.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 16654 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.48 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.48 / Rsym value: 1 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOHKL2000データ削減
SCALEPACKHKL2000データスケーリング
PHASERPHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UAY

5uay


解像度: 2.862→47.207 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2804 1673 10.05 %
Rwork0.2244 --
obs0.2301 16654 89.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.862→47.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4501 0 0 0 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2056211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3311647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8618-2.9460.34011440.30421252X-RAY DIFFRACTION91
2.946-3.04110.32741430.26981265X-RAY DIFFRACTION93
3.0411-3.14970.27991370.25021278X-RAY DIFFRACTION92
3.1497-3.27580.3051340.25571254X-RAY DIFFRACTION91
3.2758-3.42490.32021450.24681274X-RAY DIFFRACTION91
3.4249-3.60540.27591400.2411248X-RAY DIFFRACTION90
3.6054-3.83120.35761370.23511238X-RAY DIFFRACTION89
3.8312-4.12680.24991400.22421209X-RAY DIFFRACTION89
4.1268-4.54180.24941430.19691246X-RAY DIFFRACTION89
4.5418-5.19830.22631420.19051243X-RAY DIFFRACTION90
5.1983-6.54660.31681360.22711251X-RAY DIFFRACTION88
6.5466-47.21380.25631320.19911223X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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