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- PDB-5ub8: Crystal structure of YPT31, a Rab family GTPase from Candida albi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ub8
タイトルCrystal structure of YPT31, a Rab family GTPase from Candida albicans, in complex with GDP and Zn(II)
要素Likely rab family GTP-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / G-PROTEIN / RAB / GDP / P-LOOP / GTPASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


spitzenkorper / exocytosis / recycling endosome / extracellular vesicle / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rab family GTPase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN27220120026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YPT31, a Rab family GTPase from Candida albicans, in complex with GDP and Zn(II)
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Likely rab family GTP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6234
ポリマ－25,0491
非ポリマー5743
水2,288127
1
A: Likely rab family GTP-binding protein
ヘテロ分子

A: Likely rab family GTP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2468
ポリマ－50,0982
非ポリマー1,1486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4050 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.303, 43.392, 41.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-450-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Likely rab family GTP-binding protein


分子量: 25048.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: YPT31, CaO19.10153, CaO19.2622, orf19.2622 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: Q59KX4, UniProt: A0A1D8PTI2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15% (w/v) PEG3350, 25 mM zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 8864 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 13.13
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CPJ

3cpj


解像度: 2.35→29.572 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.9
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 836 10.02 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1893 8343 92.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 0 30 127 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5861985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.81539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3459-2.49280.26711250.25331112X-RAY DIFFRACTION83
2.4928-2.68510.29141300.23661165X-RAY DIFFRACTION87
2.6851-2.95510.29541440.22931231X-RAY DIFFRACTION92
2.9551-3.38220.25321360.19381292X-RAY DIFFRACTION95
3.3822-4.25920.20061470.15791330X-RAY DIFFRACTION98
4.2592-29.5740.1671540.15161377X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.83732.52051.40542.47540.40142.7328-0.02650.1571-0.3756-0.08940.228-0.33670.20010.5708-0.19330.23130.0840.00220.24370.03060.268449.576829.933610.5986
26.74123.7068-0.92924.8528-0.31542.56610.0845-0.1268-0.46210.0171-0.0206-0.44980.13240.4134-0.060.18110.0337-0.04820.21770.00910.185145.973828.021316.4269
33.2765-1.9642.47931.323-1.06055.247-0.0915-0.0173-0.23170.137-0.05410.03080.1045-0.17040.11310.2117-0.04770.0510.13640.01310.205830.742732.992414.6115
42.6896-0.2406-3.67237.80433.07065.91480.15630.12920.3135-0.11170.2233-0.3736-0.35070.5504-0.22110.12070.0405-0.00280.10210.06170.234138.168135.649510.0733
52.20460.19051.39272.23770.30322.5177-0.00610.12750.1969-0.0498-0.0655-0.2646-0.10610.48610.05540.1534-0.00530.0480.20630.05370.153639.882839.83116.7058
64.70514.9584-1.36715.2309-1.51322.0325-0.5222-1.30910.10131.4074-0.45350.33022.23610.61350.98441.28450.1760.04340.6055-0.10080.596352.562351.899423.6092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:42)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 43:92)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 93:116)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 117:133)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 134:181)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 182:186)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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