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- PDB-5uaz: Crystal structure of the yeast nucleoporin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uaz
タイトルCrystal structure of the yeast nucleoporin
要素Nucleoporin NUP53
キーワードPROTEIN TRANSPORT / nucleoporin / Nuclear Pore Complex / nucleocytoplasmic transport / dimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to spindle checkpoint signaling / regulation of protein desumoylation / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / nuclear pore nuclear basket / protein localization to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / regulation of mitotic nuclear division / NLS-bearing protein import into nucleus ...response to spindle checkpoint signaling / regulation of protein desumoylation / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / nuclear pore nuclear basket / protein localization to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / regulation of mitotic nuclear division / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA transport / nuclear pore / phospholipid binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / nuclear membrane / cell division / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.753 Å
データ登録者Blus, B.J. / Blobel, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the yeast nucleoporin
著者: Blus, B.J. / Blobel, G.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP53
B: Nucleoporin NUP53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9634
ポリマ－24,8392
非ポリマー1242
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.497, 100.487, 85.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-508-

HOH

21B-533-

HOH

31B-561-

HOH

41B-566-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP53 / Nuclear pore protein NUP53


分子量: 12419.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP53, YMR153W, YM8520.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03790
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (wt/vol) PEG 3350 0.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen cryo-stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月22日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.753→43.282 Å / Num. obs: 18275 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 21.66
反射 シェル解像度: 1.753→1.816 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 98.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3D

3p3d


解像度: 1.753→43.282 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4
詳細: Phenix RESTRAINTS LIBRARY GEOSTD + MON.LIB. + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 895 4.9 %
Rwork0.1564 --
obs0.1585 18275 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.753→43.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 8 135 1611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.252113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7527-1.86250.26431510.20822820X-RAY DIFFRACTION99
1.8625-2.00630.20741640.17312832X-RAY DIFFRACTION100
2.0063-2.20820.20621520.15172870X-RAY DIFFRACTION100
2.2082-2.52770.19491490.15392872X-RAY DIFFRACTION100
2.5277-3.18450.21271240.17022958X-RAY DIFFRACTION100
3.1845-43.29510.18351550.1443029X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58931.80040.74492.0598-0.70152.04270.05070.0369-0.17580.0413-0.2547-0.20670.03060.247-0.04170.1570.00080.02180.1965-0.05180.185522.072812.1608-8.7506
21.0917-0.49190.65321.1459-0.10910.9504-0.19390.36830.4506-0.4896-0.2429-0.6149-0.57780.1105-0.0310.3442-0.01110.0250.35160.03340.340128.416613.8207-14.3079
31.10561.12370.50341.29420.38382.4783-0.1775-0.20360.1711-0.01970.1929-0.0820.31730.17850.00110.27420.07040.02360.2333-0.0330.212722.71459.4931-17.76
41.02350.72440.32170.99130.4821.03690.1964-0.2513-0.23960.2681-0.2536-0.21050.3115-0.0078-0.07180.2312-0.0432-0.01680.23090.01870.210424.13418.3492-4.0663
51.32040.1257-0.43581.1999-0.13570.42330.0603-0.20070.145-0.239-0.03910.1007-0.08990.0637-0.00470.2117-0.04060.02460.2578-0.07760.219713.680510.732-6.4174
62.480.1543-1.57522.86010.00891.01110.1363-0.1708-0.04570.23380.11630.07730.01890.12530.04240.1569-0.0232-0.01290.1649-0.01620.13961.393712.10296.078
70.07010.28320.15831.12110.45821.23610.1333-0.46460.278-0.04940.02110.54560.0989-0.7488-0.0140.2106-0.00370.03790.3541-0.02250.2711-7.249913.78699.4559
82.6842-0.4852-0.17373.47240.26552.8605-0.089-0.22110.08490.15660.21290.02680.0184-0.0170.00170.16250.0208-0.00450.1619-0.03650.14180.936712.26159.5715
90.7658-0.0566-1.02620.9242-0.55411.81990.128-0.1620.068-0.00790.0543-0.0457-0.51390.00750.00560.2929-0.04730.03920.2229-0.04720.21958.307614.88652.1192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:273 )A-1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 274:283 )A274 - 283
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 284:312 )A284 - 312
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 313:330 )A313 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 331:355 )A331 - 355
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID -1:273 )B-1 - 273
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 274:283 )B274 - 283
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 284:330 )B284 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 331:355 )B331 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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