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- PDB-5u9b: Solution structure of the zinc fingers 1 and 2 of MBNL1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9b
タイトルSolution structure of the zinc fingers 1 and 2 of MBNL1 in complex with human cardiac troponin T pre-mRNA
要素
  • Muscleblind-like protein 1
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Zinc fingers RNA-binding / Structure from MOLMOL / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / double-stranded RNA binding / in utero embryonic development / RNA binding ...myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / double-stranded RNA binding / in utero embryonic development / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #210 / : / ZAP-like CCCH zinc finger / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Muscleblind-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Phukan, P.D. / Park, S. / Martinez-Yamout, M.M. / Zeeb, M. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM36643 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Interaction of the Tandem Zinc Finger Domains of Human Muscleblind with Cognate RNA from Human Cardiac Troponin T.
著者: Park, S. / Phukan, P.D. / Zeeb, M. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscleblind-like protein 1
B: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3274
ポリマ－15,1962
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Muscleblind-like protein 1 / Triplet-expansion RNA-binding protein


分子量: 10577.180 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc fingers 1 and 2 (UNP residues 1-92) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBNL1, EXP, KIAA0428, MBNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR56
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4618.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic33D 1H-15N NOESY
141isotropic23D 1H-13C NOESY
151isotropic23D HNCA
1111isotropic23D CBCA(CO)NH
1101isotropic23D HN(CA)CB
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic23D 13C,15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Zinc fingers 1 and 2 of MBNL1, 0.4 mM unlabeled RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3'), 90% H2O/10% D2O
Label: 15N,13C-MBNL / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMZinc fingers 1 and 2 of MBNL1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.4 mMRNA (5'-R(P*GP*UP*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')unlabeled1
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxstructure calculation
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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